RnoINT0153302 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000055991 | Tmprss11d
Description
transmembrane serine protease 11D [Source:RGD Symbol;Acc:620654]
Coordinates
chr14:23378648-23387512:+
Coord C1 exon
chr14:23378648-23378825
Coord A exon
chr14:23378826-23387252
Coord C2 exon
chr14:23387253-23387512
Length
8427 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGG
5' ss Score
9.16
3' ss Seq
TTATTTTATGTTGTTTTTAGCTA
3' ss Score
8.41
Exon sequences
Seq C1 exon
AATGTGGAGCACGTCCAGACCTTATAACACTGTCAGAAGAGAGAATCATTGGAGGCACTCAAGCTGAGACAGGTGACTGGCCCTGGCAAGTCAGTCTACAGCTCAACAATGTCCACCACTGTGGAGGTACCCTGATCAGTAACTTGTGGGTCCTGACAGCCGCTCACTGCTTCAGAAG
Seq A exon
GTGAGGCCATAGCTACTCATCCATGTAGGAATAATTAAGAAAGAAAGATACATGGTGACTCCACCCATAACACGTATGACTAAACATAATTGGATATTGACACTGGAATAATTCAATGGAGAATATTTCTGAGTCTTTTCTTTTTTATTCATGGAAATATAATTGTTCTTTCTCCTTTAGCTTATTGGTTTGCTGGTAGTTCTCTGTTTCGGATCACAGTTCTCCATCACAGCAGAGGGAGGAAAAAAAAGGATCCTACATGAGAATGCTTAATTTACATACTTGTTATAAAAGTTTATGAAATTTATACAACTTCTGTTCCCAAGATAGGAGCAACATTGTTATATATGTGGTAGTGTTACAGACAGGACATATCATAGTAATGCAAAAAATAAAATGTTAAATTGTTGTTATCTACGCTGGAGAGACAGTTAATGGCTAAGAGCACTAGTCACTTATTCAGAGAATTCAAGATCAGTTTTCAGCATCCCTACGCTGGCTCTAGTTCCAAGGCACCCAACATTTTCTGACGTCTTGCAGGCATCAGACATGTAGGCGGTGCATATACATTCAGACCGAACACGTTCATACACATATAATTGAATAAAGAAAATAAATTATTATTTTAATTTTTATTAATAAAGGGTTTTCACACTATAACATAGAAGCTAATGAGTAGACTGATAGTTGGCTTAGAGACTACAAAATCCCATTCATTTAATTTTTCAAAATTGATTTAATACCTATATCGAACACAATATTATACCTCATAGAAGTACCAAATACACCTTCGGAATGCTTATATTAGGTTGTTTACAATTAGTCATTAAGAGTGACTACAGGCTACTACTTCCACTATGATAAGTGACTGGTGGAGGGGAGCCGTGCAAACTTACTCTGTTGGTACAGGGGAAGGTCACACTGCTCTTAAGAGAAGGATTTTTCAGATCAACGTGATGAAAATACCTAGGGGACGCATCTCCTTCTCCAAGGAGAAGGAAGGGGAGAAGGGGGCGAGCATTTGTGTGAGAGAAGACAGGTTGGAGAGGGGCCACTGATACCGGGATGTAAAGTGAATAAATAAATAAATAAATTTTTACAAATGGGGGAAAACTAAAATTTAAAAAAAACACCCAGAAAAGTAAACCCCAGTGGGCCCCTAACCATACCCACTCTTTTCTTGGCTAACCAGTAGAAAACAGCATCCTTAGCATATATTCAAATTGACCCTCAGTCAAATAAACCCAAACTCACTTCCTCAACTGTGCAGCCTTTCTCTCATCTGCCTCTTTGGCCATTTTCCCATCTACGACACTTCTCAAACTGCCGTTTTCTCCCCGAAATGGTATCCTTTCTAATTCCCCATCTGTTCATCCTGGGATTCTTTGAGATAGTCACGATTCCGAAGAAATGCCATTGAGCTCTGAGAAAGCTGTCTGTCACTGCAGTGTTCTTCACAAAACCATTTACTATCTGAAGATGGAGTGAGCACGAAAACAACTGGGGGGCAGTCTCTGAACAAAGGTTCTAGGAAACCACACGTTTTTCTCTATTGTCTTCTACCACTGTTTTATAACCCAGTGTTTGCTAAATAAATTTGAAATTTATTTGGGACATCCTCCTAAAATCCTGAGATTCTGGTTTAATCGGGCATAGTTGCTGCTGCATTTCAGGTAACGCCAGGAACAAAATTCATTTCAATCATCAGTTGCCAAACAGTAAGACTGCACTGTTGGCTTTCAGTCACACCCTTAGTGTGGAAACCAAACGTGTAAATACCTGGACTCAGCAGGCATTTAATATAATTAAGGATGCACTAGAAACAGGATTACATCTGCATAGTAGTAGAACCTAGTTATCAAAACTGAGGACAGAGTAGCACTATTTTAAAAGATACAGTCCCAAGTATCACCAATGATCACCAAAGAAATGAAGGAGACATCTTTTGATTTTGCCACCACAAAACTACTTACCACGTTGGTGGACCCAACAGAGCTGTAAACCCTTATGAGCCATGTACTGTTCCCTCAGTAATGGCCCGATCATCAGTGAGAACCACGAGTAGGAACTTGTTGGGGACTAGCCAACCTTACATCCAGGTACACAGAAGTGATGAGGTTCTATTGAAGATTATTCTATTGTCATCTCCTCAGTGGTGCTTTTATGGTAATTTCACACTTTTTCCAATAATCTTTGTGTTTGCTGATAGTTCACTTGTCTCTTCAAGTGGTGTATTGAATGCCAAAAGTTTAGAAATCATAATCATTTAGGTTTTAATTCCGAAGACTTTCCTTATACAAACTAGACAGCCTCGGCTTGTTGAGCTATGAATGGAGAGAGTTACAACTATAGTTAGCGACAGCCCACGTGGTTCCAAATGCCATGCTTGACATGCTTCTGTTTCATTAGTACTTCATAGTCAATAACATTCTATACATAAACTAAGGATGCCATACTTACATGCATCCCTAAAGGGACTGGCATAATCATAATGATGCTTGTGTGTGGCGGAGATAAGATTTATATGTAAATACTTATATTCACTTTATAACTGAGGTTCATTCGTGTGTAATCAAGAACTTCTTATACACATTTTTTGTATTAACTCCACTGTCTGAAAAATCTTTTTAAATTAATTAATTAATTTTTACTTATTCACTTTACATCCTGCTCACTTTCACCCCCTCCCACAATCCTCCCCTCATTCCTTCCTCTTCTACTCTGAGAGGGTGACTTCCACCCCGCACCTGGGTTATCTCCCACCTTGGCACACCAAGATAGAAGAATTTATCCCACCTACAGACAACAGCTTTTTGGATAGCTCCCACTCCAGTTGTTCAAAACCCACATGAAGACCAAGCTTCACTTCTGCTACATATGTGTGGGGAGGCCTAGGACCATTTCACCTGGTTGGTGGCTCAGTATCTGAGAGCCCCTAGTGTCCAGGTTAATTGACTCTGTTGGTCTTTCTGGGGAGTTCCAAAACCCTCAAGGCTTACAATCCCTCCCCTTGTTCTTCCCTAAGAATCTCTGAGACTCTTCTTCCATAGGAATCTCCAAGATCCATCCACTTTGTGGTTATGGGGGTCTACTTCTGTGTGAGTCAGTTGCTGGATGGAGCCTCTTAGAGGACAGCCATGCTAGACTCCTGTCTGTAAGCATAACAGAGCATCATTAATAGTGTCAGGGATTGGATCTTGCCCATGGAATGGATCTCAAGTTGGGCTAGCTATTGGTTGGTTATTCCCTCTGCCTCTGCTCCATCCCTCGTACCTGCATTTCTTGTAGTCAGGATAAATTTTGAGTCAAAAGTTTTGTGGGTCAGTTGGTGTCCTCATCACTCCACTGGGGTTCCAGGCCACAGGAGATGGCCTCTCCAGGTTCTATATCCCCAATGCTGTGTCACAACTAAGGTCACTCCCATTGATTCTTGGGTGCCTCCTCTATCCCAATCTCTGTCACATCCTATAGATTCCCCAACCTCCCCACCCACTTCAGTTGCAGATTTCTATTCATCTCTCCTTTCCCTACTCACATCTGATCCAGAACTACCCCTATTCTGCTCCCCATCCCATCTCCCACTCAGTTCCCTCTCTCCATCTGCCTCCCATGACCATTCTATTCCCCCTTCTAAGTGAGATTTAAACATCCTCAGTTGTGCCTTCTTGTTTAGCTTAAATGGGTCTGTGGAGTATAGCATGAATACCCTTAATTTTATGGCTACTATCCACTTATAAGTGAATACATACCATGCATGTCCTTTTGGGACCGAGTTACCTCACTCTGGGTAATATTCTCAAGTTCAATCCATTTGCCTACAAATTCATGATGTCTTTTTTTTTAATAATGGAACAGTATGCCATTTTATAGATGTACCAATTTTCTTTATCCATTCTTCAATGGAGGGGCATCTAGGTTGTTTCCTGGCTATTATGAATAAAGCTGTTATGAACATAGTCAAGCAAGTATCTTTGTGGAATGGTGATACATCTTTTGGCTGTATGCGCAGGAGTGGTATAGCTGGATCTTGAGGTAGAACTATTACAAGGTTTCTGAGAAAATGCCAAATTGATTTCCAAAGTGATTGTACAAGTTTACACTTCCACCGGCAATGGGGGAGTGTTCCCCTGACTCCACATCCTTGCCTGCATGTGCTATCTCTTGAGGTTTTTGTATCTTAGCCATTCTGATCAATGTAAGATAGAACCTCAGAGCTGTTTTGATATTCATTTCCCTAATGACTAAGGTCTTTGAACATTTCAAGTGTTTCCCGGCCATTTGAGATTCCTCTGTTGAGAATTCTGTTTGGCTCTGTGCTCCATTTTTAATTGGGTTGTTTGGGTTGTTGATGTCTAACTTCTTGAGTACTTTATAAATTTTGGATATTACCCCTCTGTCAGATGTAGGCTTAGTGAAGATCCTTTTCCGATCTGTAGGCTTCTGTTTTGTCCTATCGACAGTGTCCTTTGCCTTATAGAAGCTTTTCAGTTTCTTGAGGTTCCAATTATTAATTGTTGATCCAGCTTGAGCCATTGGTTTTCTGTTCAGAAAAATTGTCTCGTACTGTCTGTTAGTTTGGTTATTTCTCTGTTTAGTTTTTGTCTGGATGACCTGTCAACTGGTGACAGAGGGGTGAGGAAGTCTCCCACTGTTAATGGGAGAGGGGAGTTGATGTGTGATTTAAGCTTTAGCAATCCTTCTCTTACAAATGCGGGTGCCCTTGTGTTTGGTGCATAGATGTTCAGAATTAAGATACCATCTTGGTAGATTTTTCTTTGATGAGTATAAAGTGTCCTTCTCTGTCTCTTTTGATTAATTTTTGGTTGAATGGTTTGCTTCCTGGGTCCATTTTCTTGAAAAACTTTTTTTCCAGCCCTTTTCTCTGAGGTAATGTCTGTCTTTATTGCCTAAAGGCGGACATACCAGAATTATACCCAACCTATGAACAGAGACTCACCATAGATGGTATGTTTCTTATATGCAACAGAAAGATGGATCCTGTTTCTGCATCCATTCTGTTAGCCTGTGTCTTTTTATTGGGGAATTGGGTCCATTAATATTGAGAGATATTAACAACAAGTGATCATTAATTCCTGTTATTTTGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGCTTCCCTTGCTTTTGATGGTATGGAATTACTTATTTCCTGTGTTTTCTTGGGTATACTTATCTTCCTTTGGTTGGAGCTTTCCTTTTAGTGTTTTCTGTATGACTAGATTTGTGAAAAGATATTATTTGAATTGGATTTGCCTTGAAATATTTTGTTTTCTCCATCTATGGTGATTGAGAGGTTTTTTTGGATATAATGGTCAAGGTTGTCTTCTGTAGGTTTTTTTAAAAGTTGGAAGTATCTACCCAGGCCCTTCTGGCTTTTAGAGTCTCTGTTGAGAGATCAAATGTAATTCTGATAGGTGTGCATTTGTATGTCGCCTAGCTTTTTCCCTTGCCACTTTTAATATTCTTTGTTCTGTAGATTCTGTGTATTGATTATTATGAGACAGGAGAATTTTCTTTTCTGGTCCAATCTAATTGGTGTTCTATAAGTTTCTTGTATGTTTATAGGCATCTTTCTTTAGGTTGGGGAAGTTTTCTTCTATGATTTTGCTGAAAATATTTTCTGGTTCTTAGAGCTGGGACTCTTCACCTCTTTCTATTCCTGTTATCCTTAAATTAGGCCTTCTCATGGTATCCAAAATTTCCAGCATGCTATTATCAGGAATATTTAGATTTAACATTTTCTTTGCCTGATTATAAAGTTCTTCTATTGTATCTTCTATGCCTGAGATTCTCTCTTCTATCTCTTGTATTCTGTTGGTAATACTTGCATCTGTTGTTGCTCTTCTCTTCCCTTGTCTTTCTATCTCCAGGATTCCCTCTGATTGTGGATTTTTTTTTTATTGCTTCTATTTCCACTTTCAGGTCTTGCACAGCTTTATTTCCTTCCTTCACTGGTTTGATTTTATTTTCCTGTATTTTTTTATCCCTTTTTAAAGGCTTCTATGATCTTTATAAGAGTGGATTTAAGGTCATTTTCTTATACTTTGGTTGTGTTAGAGCTTGCTCTCATAGGGCAGCTCTGTTCTGATGGTATCATATTTCCCCGACCTTTGTTGATTGTGTTCTTTTGAGAACTTTTAGCCATCTGGGTGGCTTCTACCCCTGGATGTTTCTGTTGTAGTAGTTATTGGTAGGGGGTTTTCCTCCAGGGTCCTGGTGTGGGTATCCTTGGACTGTATGATTCTGAACCAGCAGCTCTGTATGGTTCAGGATCCCCATGTCTGATGAAGGTCAGCAGAGAGATCGGGGGAGGATGGAAGTTCCACTGGGATAGCAGATTGCTTATAGCAGCTTGGGGTTCCCCAGAAGACTCACTGATTGGGAAAGTTGGGTACGGGAAGGGAAATTAACCTATATGGTTCAGGATCCACAGGTTTAATGAAGGTGGGTGGAGAGGTGGTGGAAGAATGAAGGTTCCCCTAGGATAGCACACTGATCAGTCCTAAAAACTATTATTAAAGTATTATCTAATCAAATTTTGCTTCCCTTCAATCTGAGGAGCAATATTAAGTTAAACAACTTTCAAAACTGAAAATGTTTCTTTTCATCAGGATCCACAAAAATTCTTCTAAGTTTTATTTTGTCTTCTCTCCCCTTCTAGGATCTGACTTCCAAGTCCCCATTCCATTCAATAGCCCTACTGGGCCGTTTATATTTGAAATACTTCTAAATTTTCACATGCCTATTAAACCTATAGGATATTTTATGTCTAAATGCTTTTAATTTATGACAACAGCAGTGTGTATAAGTTTTGTATTGTCCTTTACTATTTCCACTGAATCATGGGAACGCGCATCTGTTTAAACTGCCTCTGCACAGGAATCCATTACATGAAGCCATCATGTTTTACTTCATCTCGCTAGAATGCAGTAATTTCCCACTACTGCCCCCAAAAGACCACATGCCCCAACATTCATACGCACATGCATGCAAAGGAATACTATCTTTTTATAAACCTTTAGAAATTTTTATGATATATGCCCAGAAGTAGATATGCAAATTGATTAATAGAGTAGAAAGCTTTCCAAATGTTTAGTTTGAGTAGTAATCCAAAAGAGCCAACTTTCCACCTGTCATTTGGTAATGTGCTTCTGCTTAATATTTGTCATTCTTATTAATATGGATGAGGTATTCATTGCTATAATTTCTATTGCTTGTCAACCAGTGGGTGGGAGCATCTCTTCTTATATTTAAGAGGTGCATAGGCCTCACTTTTCATGAATTTTCTATTAATAGCCCATGTCCATTCTACACCGGCTTCCCAGTCTGTTTACTATTTGTTTATAGACATTACTGTAAGGCTTCAAAGCTTGTAGACATTACCTGGGGATCAAGGTGGCATAATGCAAGCAAGCAAAGGATTGCAGAGACAAAAGGATCTGGGATACAAGATAACCCTCAGCCATCTAACATATTCTAAGCAAGACTGGGCTATGTGAGCCTATCTCAAAACGCAAATATTGAGCATTACCAGTACTCTTTTATAGCTTCATATTTACTGAATAAACTTGTAATGTTGAACTTAATTCTAATTTATTAAAACTTATCCACTTTTTACCTTACATGTGTCTGTTTAGGGTGTACCTAAAACACTCTATAGTCCAAATTTACAATATTAATTTCCTACATTTTTGTGTTAGAAAATGATCTTTCTATACATGTGTCCATATTTACATGCACACACTATATATCTGCATATACATATATATAAACATGCATAAAATTTAATACATAAAAATTATTCATGTATTAACAAGAAAGATAGCCTTCAACCTCACTACTATCTGAATAGATCTTTCTTTTCAAAACAACAACAATCAAAGAGAATAAGTTAAAGTAGAAAAGATAATTATTTCTGAATCATTTGTTGCACAGACAGGAATATCAAAGAAGGAGAAGAAACAATAGCATTCCCCTTCACCTATCATTAATGTGTTAGGATATACTCACTGGGAAAGAAAAAATGGTCCAACAAGTTATTATTTAAAGATGTGTTTTCAAAAAGTCTTTTTTTCTGTATATTTAGAAGTAAATTGCTAAGCAGCTAGTAAAGAATTCAATACAATTTTGAGACTACAGTTGAGGGAAACATTAATGAGATGTTGGCAGTAAATACAAAACACATTATATTAAATTCTCAAAGAATTACTGTTATTCAAGTAAAACCCAAAGTTCAGATAGATGGAGTGATGTTGAATTCCCTATTTAATAGCATGTTTTTGTTTTTTGTTTTATTTTATGTTGTTTTTAG
Seq C2 exon
CTACTCGAATCCTCAACAATGGACAGCCACCTTTGGTGTTTCTACAATAAGTCCTAGGTTAAGAGTGAGAGTAAGGGCTATTTTAGCCCATGCTGAGTACAACTCCATAACTCGTGATAATGATATTGCAGTTGTACAACTTGACAGACCTGTCACCTTTACCAGAAATATCCATAGGGTATGTCTCCCAGCAGCAACCCAAAATATCATACCTGATTCCGTCGCATATGTCACAGGATGGGGATCTCTCACTTATGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000055991:ENSRNOT00000088552:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008921=Trypsin=PU(19.5=73.3)
A:
NA
C2:
PF0008921=Trypsin=FE(38.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]