RnoINT0168164 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014712 | Zfp39
Description
zinc finger protein 39 [Source:RGD Symbol;Acc:1306633]
Coordinates
chr10:45225503-45239179:-
Coord C1 exon
chr10:45239053-45239179
Coord A exon
chr10:45225596-45239052
Coord C2 exon
chr10:45225503-45225595
Length
13457 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
ACACTATTTCCCATCAACAGGAC
3' ss Score
9.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTGGTGTCATTTGAGGATGTGTCTGTGGACTTCACCTGGGATGAGTGGCAGGACCTGGATGACGCTCAGAGGAAGCTCTACAGGGACGTGATGCTGGAGACCTACAGAAGCCTGGAGTCCTTGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACACTGCGTGACCAAACCTGAGGTGATCTTTAAGTTGGAACAAGGAACTGGGCCATGGAGAGCAGAAGACATTCCAAAGCAGAGCCGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014712:ENSRNOT00000019991:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.023 A=NA C2=0.406
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]