RnoINT0168440 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000037428 | Zfp605
Description
zinc finger protein 605 [Source:RGD Symbol;Acc:2318406]
Coordinates
chr12:52649154-52658275:-
Coord C1 exon
chr12:52658126-52658275
Coord A exon
chr12:52649247-52658125
Coord C2 exon
chr12:52649154-52649246
Length
8879 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TCTCTGCTTCTAATTTATAGGTA
3' ss Score
9.58
Exon sequences
Seq C1 exon
CATCGCTCAGGAGTAAAACAGTTTCTGTGAGAGACAAAAAAAGGTCGATGTGTTCTTAGGTTCCAAAGATTTCTCCCTGGAATCAGGACAGAAAGACATCATGACATATTGAGTTTCTTAATATAGCAGAAGATGATGGAATCATCCAAG
Seq A exon
GTGAGTCATTTGTTTATATCCTATGGCATGGGTTTTTTTCCACCGTATGTAGAGGTGATAAGGCTTATATGAAACTGCAACAAGAAAAGCCTAAAATTTAGACTCTAAATGGATTTGAATTATAATAGAAAATATAAAACTGTTTAATAGCCATTTTAAACAGATGGTCTAGAGAACAAAGTCCCAAATAGCAACTCTGTAATTACTCTATTTCCTGAGATTTGAAGGTCTTCAGGCTGGAACCGCATCAGTAAGGTGAGACTATCCACAGAACTTAGTCAGACAGAAATCGTAATGTACAGTGTAAGAAGAGCTATGCAGTTACACCAATAGGGATCCTGCCCCGGAGTTCTTAATCTGGTCTAGATCATTTGTTTCATATGAATTTTATTTGTCTGTTATTATTTTGTCTGAGAGAGGGTCTTTTTTAGATCAAAGACCATTGCCATCATCTTTAGTAAAAGGATAACCCTTGTATCTTCATGTAGTCTTAATTCCTGGGTCATTCTGTTTTGAGAGCATATGTGAAAGAGTAGGCAAGAATTTGAGGCTAGCATGGGCTACATTATGAGCTCCTGCTAACCTGGGTTACATAGTAAGATTTTTCAAAGTGGGTAGGAGAGAAAAAAATAATTGGCATTCTGTTTTGTTTTGTTTTTTACAAAATGTATCTGAGAATTTAGCCCATACACTCACATGAAATCTACCTACTTGACTGGGAGTGGGAGCTCATGCCTTTAATTTCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGATTGATCTCTGAGTTCAAGACCACCCTTGTCTACAGACCTAGTTTCAGGACAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAACCAAAAAGCAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGAAAGGAGGAGAAGAAGAAAAGAAAAAGAGAATTGGTTTCTACAGAAGGAATGTCTGGTTCTTCCTTCCAGCCCCACACTCCCAGAAATAAAACTCAGGCTCAAAATGTATTTACAAATACCTTGGTTATATAGCTAGGCTCTACTCTGATGAGATCAAAACTTAGATAACCCAATTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCAACCCAATTATTTTAACATACAGTCTGCAACATGGCTGGTGACCTATGCTCATGTACCATGCATCTGTCTGTCTCCTCGCACCTTCCCAGCAAATCTCCCTGTTCCTGCCTCTTTCCCAGAATCCCTTCTTTCTCTCTCAGATGTCCCACCTCTATTTCTTGCCTAAGTCATGAGCCATAGGCTTTTTAATTGACAGGTAAATTGCTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATATAAATACACTGTCGTTGTCTTCAGACATAGCAGAAGAGGGCATCGGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTGGCTGGAAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCGGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCATCTTCTTAAATCTTAAACAACTTAAGCTTGAGTGAGATTATGACTATCCACTCTTCAACTCCAAGAGACCCAAGAAGGAATAAATATTACCTGAGTATGCAGGAAGCTCAGAGATGCAGCTTCTGAAAATTATAGAAATGACAGCGACAGGTGATTGAACAGTCCCCAGTATTGTCTGTACAACATTGGAGCGACTGTCTTCAGCCTTCTGGCCCAGAGTGTGACACACTTTTTCTGAAGCAGGACTTAGGAAAGACTTGCTTACCCTGTATTGGCAGAGCTTGGCAGTCGACTTCCCTGCATCCGTTTGTCCTTTCTGGACAGCATGTCTGCAGTTGAAGCATGGCATTTTCTTTACCGGTGGTTAGCTTGCCACAGTTGAAGCAACTCCACGTGGAGTTATTGGTGCTCATCATCTTCTTTGAAATGAAATAGGATATTGCCAGGAGTAGACTTGTCTCATAGTCAAAAGATCTTTTTGTTGTTGGAATCCCTAACCCTATTAAGCCTAAATGACAAGCATAATCCAGATGTTATAAGTTATATGTCAGATTGGACAGATACAACACTATATTAACTTGTTCCCCAGCTGTAAGACCTCTTGCTATTAGCAGTTTCTCTCAGTTACGTGGTTCTGATCCATCATGGCTTCTTCTCCTCTACCTCTGTCCTCTTCTCCACTTACCTTCCTACTCTCCTCCTGCCCGCCTCCCACTCTTGAACCTCCTGTCCCACCTTTCCCCTCCACTGCCTAATCATAGGCTGTAGTCTTTTATTGACTGGTGGACATTAGGAGAAGGTTCACATGAGATCACCTGAGTACGTGATGGACTGCTTGTGGGCAACGCCTCTTGAGGAAGCAGTATTAATGGTAGAATATAAACGGCATTAGGTCAACTCACTACATCTTTTAATAATGAAATAATTTTAAATGCCATATTCTGTGGATCTCTGATAGACCATCTTCTGTCTATTTATAGCATATTAGACCAAGCAACAGGATTATAATTTTGGGACAATTGAGAGTACAATCTAATATGACCATGGGTTCAATTGATTGACTGTTAACTTACATTACTTAATTATCTTAAAGTTTGTACTAGAAGCTGTTGAAAGGACTGGGACTAAACTAAATTTATATTATTAAATGAGTTTCATAGTCATAAAACCTATACAAGAGTTGAAACGTACAAATATTATGTTATAACAAATTAATCTTAAATTTTGTATCAATATCCAACCTCATACCAATGAAAACCTTGAATCTGTATCAGTGTACAAAGTTTTGTACCAATGTAACAAAACATAAAGATCTCTTCCAATGTAAGATTGTGGCTATAAAGTGTTTTTTGGTTTAAGAGTAGATTCAGTAATCTACCCCATTTGTCTAATTTCTTGTAGTTATCCCCCACCCTTTTTTCTTTTCAATCCCCTTCCCTTTATCTAAGGAAGAAAGACAAAAGGGTAGAGAAAAGAAATTCCTTAATCTAACCTCTCTCGTGCATTTTCTCTCTATCCAAGACCATAACTATTTGTATCATCCCTTAAAATGTCCACATATGTATAATTTATAAAGTAACCAAACCCATGCCCCTAATTTAAGAGACTGGGACCACTCTTTTTAGAATTGCTTCCTGTTGAATTGGGGTGAAGAATTCCTGTTTGGGAGACCAAGAAAATTAGAAAAATGGATAGTTTTAAGAAAGCTAGCTGTAGGATTTGGTGTCCAGTCTCTGTATGTTAAGAAAATTCAGACTTAAATGAAGTCCTGACTGGATGGAATGGACCAACCAAAGACACCTGGGATCAGCAGCCTTTCCTGAAGCTGTTCTGGAAGCAGCTCTTTTGAGGAAACAGCAGGAAAATAGGCATCCCAGAATCTTCACGATGGATTTTGCCGGCCTGCTGTTTTGGCCTTCCATTCTGCAATATACAAACTTTACAAGCAATATCTGAATCTATGAAGACATTTGTATGGGATGTGCATGGTGTACAGACCAATTGAGGATGATTTCCTGCTCTTTGTTTAAGCAGGTGCAAGGCAAGTTTCTTTCTTTAGAAGTTAGTTTGATCATATAATCAAACTGTGATATAAGTCTCCATTCATACCACATGAAAGGTGGTATGTAATAATAAGTCATGAGAATGCTATAGCCAACAAGACTTACTGACAATGTAAGCTGAAGTTCTGGCTGGAGACATATATATGTCCCAGTCAATTTCAGAGTTGTTTCAATAGAGGGTTTAGCAACACATATTACCAGTGCATTTGGTCCTCTTGATTTTCTCCTGTCTGAAGCTGAGATCTTCCAAGGTCTCCCTCTACAAAGCTGATCCTTATTACTTTGGAAGGAGTCCAAAGCCTTCTCTTCTTTCCTGTTAGCACAAATACAGTTTCTCTTCCAACATAACATGTCCTTCGTGTGGCAGTCTAAAGTCACTAAAAGTCTACATTGATCCACATTAGCAGCCCCTTTCCTACCTAGGTCTGTCTTATTTTGGCCTCTCTCATAGAGGGTGTGTAATACCATCATAACCACCGAACTTATAACCACCTTCGTTTTAATAATTTAAAACAATTAAAGCCATCGGAAACCATTATTTGTTGAGACAGGGTTTTTCTGTGTAACCTGAGTTGACTTTGACTTGTTTTGTAGATTAGGCTGGCTGTTAACTTATGAGGAACCTTTCTGTCCCTGCCTTTGTCTCCCATGCATTGAGGTCAAAGGCTTGGATTTATTGATTTATTTATTATCAATGAATCCTTGAAGACATTTGTATCAATTCTTGTTTTTTCTCCCTTCTTTGAGGATTATTATCTATGTGGATTTATTTAACATGCTCTTTTTTCTCTTAATTATTATTCTCTATATTCAATTTTATTCAGATTCCCTTCTATTTGTTGTATAAGCTTATTCCCAAGTAATATTGTATATGGTTAGAGGTTTTTCCTTGTGTTTGTTTATATGTCGTGTGCTAGCGTGAATTGTAAGCAGGTCTCCCACGGGAGCCCATGTTGCTCAGACGAGTATGACACCCTATTTTATGTTAGTTCTCGTGGGAACCCCGCATTCCAAGGAGACAGGCTGGCTGCTCAGACTAGTGTGAAACTACCCTCTGTTAGCTCTCATGAGCATAGCTTTTCTTTTTTTATTGGATAAAAGCAAAGCAACTCTGCCGAACCCCAACTCTGGGTCCCCACATCGACCAGCAAAATATATCTTTCCTAGGGCAAAATGCTTTTTGTCAACAGAAAAGCACTATTTGAAATTATAAACATACCTTATGTGAATAAATATGCCCATATTCCCTTTTCTTTATATGAATTAAAGACTGATGTGTATTTTTTTAATTACTCAGGCCCCCTCCCATTTATTATTAAGCAAAATATAGATACTATATAAATATAGATAGGTACTATATAGATAGTACCTTTAAGGAAAAAAATGT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Seq C2 exon
GTAATCAAACCATCAAACCTGATGTAGCTTTCAAGCTAGACCAAGAAGAGTCACGGATAATGGATGAAGAAATCCTAACTCAAAACTTTTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000037428:ENSRNOT00000041981:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]