RnoINT0168828 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005624 | Zfx
Description
zinc finger protein X-linked [Source:RGD Symbol;Acc:1562664]
Coordinates
chrX:63195505-63203643:-
Coord C1 exon
chrX:63203278-63203643
Coord A exon
chrX:63195573-63203277
Coord C2 exon
chrX:63195505-63195572
Length
7705 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGAC
5' ss Score
5.41
3' ss Seq
CTCTTTCTGTCTTTCTACAGGTG
3' ss Score
14.26
Exon sequences
Seq C1 exon
CGGCGGCGCTGGCTACGGGTACCGGAGCCCGGGCGCGGCGTCGAGTGTGCGCGCAGGGGCGTGTTCGCTCCCCATGGCGGCCATTGCCCTCGTCGCCATGATGAGCACTTGGATTCCAGGCGCTTGGCGGCAGCGCCACCTTCCTGCCCAGCCTCCCACAGCCCCGTGACTGGCTGCTGTTTCCGCTGTATTTCAACTCAGCTGCCGCAGGCGGCCATCGCGGCTGTCTTGGCGCCGGAGCCACCTCATCCGTATTGCCCCGGGGCTTCGAGCCTTTCCCTGGCGCTTGCTGCCGCTTCAGGTTGATCTGCAGCGGCGGCAGTAGTGGAGCCGGAGACATTTTATTATTACTTTATTTCCTCAGAG
Seq A exon
GTAGACATGGCCATTAGGGTGACCCTGGTGCGGTGGTTCTCCGCCAATCGTTGCTTTCACGAGTCTGTGAATAAAGAAAGAAAAGTGATGGGAAAGTTCTCACCACTCTTTTGACCAATAGGGGGGAAAAGGCATCCTACGAAAGCGGAAGACTAAGTATCGGAGGGAAGTTTTTGTGTTCCTTTCTGTAGAAATAAGTTTCTTGGGACGCTGTGTTTAAATTTTAGTATATTCTTTTTTTTTTCTTGAGGAAGATTAAAGGGCAGAAAGTTATTTTCTTATCGAACAATGTAATGTGATTATTATCTAGCGTTCGTTTATTCGCTGTGGTAGTTTGTGAGATTTTTAGAGTGGAATTCCACCCTTGAAAGTTCTTTCGATCTCACCCCGCACAACTTTTCTGGTAATCCCATGCTAGCCGTGCTAGATGCTAAGGAGGAGGTTCTTGTAGGAGGTGGTTGCAGGAGGCTTGTTGTTCAGAGGTAGAAGAGCAAATGTTGAAATGTAAGAAGTGCCGCGCGAAAGCTACAACCGAGTTGCTGTGGGGTTTCAGAGGACGCATGGTTTCCTTATGAAGCATCAGGAATGAGTTTCTGAAATAAGTGGCATTTTGAGGTTCCAAGCCTGGTGTTTTTAGGTGGTGGCCCAGACAGGCAAAGGGCGTTTCAAGGGTGAAGTTTCTTTAGAGAACGCTAAATATTTACTGTTTAGCTAAACTGAATAGTATAGGCAGGAGGCTTGGAAAGATGGGTTGCAGAGTGAATGGTGGAAGGGCTTATCCTCCGTGGGGAAGCAGTGGGGGAGCCCTCAGACTCGAAGGATGACGACAACACCCGGATCTGTGCTTGATAGCTATCAGCTCGGTTGGGCTAGAATAAGTTTGAGAGAAGTAGATTGTAGTATAGGCTGACCAGTGTTTTCATAGTGATGGTAATTACAAAGAGTGGTCAGAAGCCAGATTTTATTACCCCTTTAAAGTATTTTATTACATTTTTGAATGATCATTTTCGTTAGCTGCTCCTTTTTCTCTACTCGCTGTAAATAACGTTTCGCTCAGAGTTGTTGTTTCTCTAGTAAACAGTAGAGTTTCCTATAATTTCATTTATCATTATTGAAAATTAAGACTGGTGCTTCTTGAAGAAGATGAGAACGTACGAGTGTTCCCATGATGACTTTTTTAGGAAGTCAGTTTTGTAAAGTGGTTTGGAAGGATGGTTATTGAAAAGCAGTGGCCTTCAGCTGCCCTTTGCAATCTGTTTTTCTCCCTGCTGAGAGTTTTGTTTGAGAGGCTGAAAAAGGTTATTTGCTAAGCAAGCCTTCCTGCATTTTTGATTAATATTTGACTTATCGAGATGCTTATGTGGGAAATGTGCTTCACAGTTGTACATTTATTCACTCTCAGTGGCTTCTCTTCTGAAGACAGCAACAGGTTGGAAATATTGCTCCTGAAGAGTGGTTTTCCTAGAGGCCATGGCAAACTTTAATTAAAGAAGTTTTCTTAAGCTTGGTGGTGTTGGCACATGCCTTTCACTCCAGCATTCAGGAGGCAGGGGGATTTTTGTGAGTTTGAGGTCAGAATTAAAAAGAAAAATCACATTTAAAAATTCTCTTTAAAAAGACTTTCAAGATGCAGTTCTTGGGTGGGGGGCAGAGAGCAGTCAGAATGCATAATATACAGTGTGAAGTTCTTAAGTTTAATTGGTACAGTTAAGTGGTTCTTTGTAAAAAGGTAGATGGTGATTTTTTTTGTTTTTGCAATTTCCTTTTTTCAAAAAAAAAAAAACCTGCTCTCAGATTCTTTCAAAGACATTTCCCCTTCCATTGCTTGAAAATGTTTAGTCTCTCAACATTGTTAATGATAAGGTGTTAATTATGCTTATGCACAGTGGCAATTCACCTTTAAACTAAAAAAAAAAAACAGTTAAAAGGCCCCTGAAATCCTTCATCCTCATCAAAGATATAATTTTTGTTTGTTTTGAGACCCAAATCTTATTAAGTAGCTTGGCTAGCCTCAGCCTCAGCCTCCTAAATCTCCAGCCTCAGCTTCCTGAGGCATGCATATCCCCACAACTGGCTTAGAGTCCTCCCCTCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAGCCCCCTCCCCTCCCTTTTTTAAACCTAACTGAAAGTCTAGCCAGTTACCTGGTTGTCAGTGTCTCTTCATAGTCTTGAGTTTTTTCCGTGCATACATTTCACTTTGCCTTTTGTCTCTGTATAAGGAATGCCCTACCTCTATCTAGCCTTGGTGTCTGCACACACAGTGGCCTGCCTCCTTTGGGATGGAGCTCTGTCCATTCTTTTTGGTTGGTTTGAGACAGAGTTCTCTGTAAATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCATTATGGTAGGCCAGGCTGACCTCACCTCTGAGTGCTGGCATTAACCTTGCCTAATTTGGTCTCTTGTAACTTTGCTGGTTCCTTTCCCTGTCCTTACACGTTTTTTGTTTTTCTTTTGTTTACCTCACCTGTAACTTTCCACTTCACCTTTTACTAAAGCCAATAATTCCCAAGTCAGGAAATTTCAGCCACATGCTAATGTTGTCAAGTATGTTCTGTTTCATACACTCTGCTTTTTCTTTCTCCTATGGTGGGGTTTCCCTCAAGGTTTATCTGTTAGCTTCTCTCTCTGGAATCTTCTCTGTTAGTTCAATGTCTCTTACCATACCCACATATCTAGTGTCTAATCCAGCATTTGAGGTGTCTAGTGTGTCTTAACATAGCTGCAAACAGACTTATCCAGCACATAGATGACCAGTACTATTTATAGGATTATTTTAAAGCTCAGGGTCCCCAAACAACTCCCATTTCTTACTCTTTCTGTTGTTAACACCATCCGTGTTCCTGAGCTGTTATTTTTTGTTCCATGAACAATGTGGACATCTTTAGCATTTAATCTTTAATGTTTTAATGAATGTTTGTATGTTTGTCTTCTCAATAGAATGTAGACACAGGTTCTCATTTGTCTTTGTCCCCAAGCAGTACCTGGCATATGATCATCATCTTCCCAAACAATTATCTAAATTATTGGGCTCAGTAAATTTGATTTGTTGAATAGTTTCCAGCTATTCAAATTCAGTTATCTATCCTGTATGTTCTTTGACCAAGGGATATTCATTTTAAGGCACACCTATCTTGTTAGGACAACAGGTCAAACCCAGGTGCTGAGTAACCTCTATACTTGCCCCAGATTTGATTGGAATATAGCCAACCTGCTCCTATTCCTGCCAAATTCTTTATCCAGACAGCATTTTTAAAAATCCATGTAATCTTAAAACCTTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGGGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCCAAAACTTTGGTTTTTTTGCTCCGCAGGAAGTACACTTTAAAGAAACTAAATGGCCTTAATGTATATAGCTGTTTGTTTAAAGTTTTAATTATGAAGTTTTTCAGAATTGTTAAAGAGTAAATATTGAGTTGACAAATTTTAGTTTGTTGCGATGTTTGAAATGCTCTCACAGCTTACAACTTCAAGGATGCATCCCCTTTAGCCACATTCCTCTTTTCTACATGCAACCATTGTTCAATATGTATGTAACTAAAGTAATATCAGGTATTGCCTTATGCGTCTTAACTTTATTTATAGTGCATTGTTGTATATATTTAACATGCTTTGTTTGCTGGTTTGTTTGTTTATTTATGCATGCTTTTTGAGAGGGTTTATCTGTGTAGCCCTGGTTGTCCTGGAACTTGATCTGTGGACTAGGCTGGCCTCAAATTCAGAGATCTGCCTGCTTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAAGGGATGTGCCATCACCTCCTGAGAGTACCAAACATAGTTTTAAAGATCCAATTTATTGGTTTCCAATGTGCTACAGGGATTCTTCCAGGTCCCTAATGGTCTTAGAGGAGGCTGATGAGGTCAGAATTAGCTTCATAATGCTGTCACTTGCCCTTTTTATCCACATTCACCTGTATATTATTCAGGCATTAGAGAGTACATGATTTATGATGTCATAATTGAGTAAGTGCAGAAACAGTTGGAATTTATCTTTCCTCTGTGAAGTGAGTCATTAGATTTGCAGAAATAAAACAAGTTTCAATTTTAAAAAACTTAACATAGTAAAATGTTATTCATGCTTAAAATTTTTAATGAATTAATATTTTTAAATGTTTAAAAACAAAAGACAAGATCTTGCCCCAGTTCCAGAGGGGCCTGAAACTTGGTAATCAAGCTTTTAACCTCTCAAGTCCTGAGGTGGCAGGCATGTGCCATTATACTGTACTCTTAGTTTAAATTTCTCTGAGTGACATAAAAAACATCTTATGGTTCTGTCATTTTGAAAGCTTAAGAGTCCTGAAACCAAAAAGTTTGAAAACTACTGTTGTAGTTCATTCATACTTTTGGGGGACAAGCAGTACTGGGTATCAGAGCAAGGTCCTTTTGGGTGCTAAGGAAGCTCTTACTAATACTGTATTTCAATATATAAAAATGCCGATCTATTTATTTTTATGGGGGACACATTAGGCTGTTGGCAGTTTTGAGCAATTTCCAGCAGTGCTGTCGTGAGCATCCTCAAACAGTTGTTCCCCTTGTAGTAGAAGTGCAGTTGCTGTATTGAGGAAGTCTGTGCATTGTCAGTTTTACTGGGAATTGCCAAAACACCAAATTGCATTTCATTTGACACTCTCACCAGCTGTTTCTGAGCTTAGTTCACCAGAACATTGCCAAAAGATTAGATTTTGCTGTTTTCCTAATCTGTTGGGTATAAATGCGATCTCCTTGCTAAAAGATTAGATTTTGCTGTTTTCCTAATCTGTTGGGTATAAATGCGATCTCCTTGCT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Seq C2 exon
GTGCGTATAACTGTGCCCAGCTAACCTTGTAAGATGAATTGGGGAGCATTCCCTCTTTTTTGAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005624:ENSRNOT00000065194:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]