BtaINT0004439 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1MEU8]
Coordinates
chr26:16139606-16148582:+
Coord C1 exon
chr26:16139606-16139782
Coord A exon
chr26:16139783-16148425
Coord C2 exon
chr26:16148426-16148582
Length
8643 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TGCTTTGTAACTTTTTAATTAAA
3' ss Score
-11.96
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCTGCAGTTCTTTCCCTGCTCTCATTGATTATGTCCCAGGGAAACATAAAAAATTCTTTGAAAATTATGCTTGTATGAAAAGTTATGTTTTGGAGAAAACAAGGGAACACCAAGCATCCCTGGACATGAACAACCCTCGGGACTTTATTGATTGTTTCCTGACCAAGATGGAACAG
Seq A exon
GTAAAATGTTAATGACAGCTCGATTATTTGATTGCTTGTGCATTTTTAGGGCTGTTGAATTTACCAGCAATGTTTCAGTGGTTTGGCCAGCAATGTTGACAAACATTTTAAGTACATGATGTATGTCCAAATCTGTAGTATGCATTATGGAAGATACAATGTTTAATTGTTAAATTAGTTGAATATATTGATTCTACTCTTCACCTACTAGTAATCTTCCTACAGAAGTACAGAATGACACCTCAGATGAAATGGAAACAATTAGAAACAAGTCAAAAAACACAAAATATCATGGAATAATATGAAGTTGAACATGATCATTGCACACACTGTATGAGGGAATGGAAAAGAATGGCTTAATCTAGCTGGGCTTCCTGCATACCAAGTGGTTGGAAATAAATCTTAATATATTTGCATTGAAGGACAGGGGAAGGAATTTTAGATGGTGAATACTGTATATATTATATACAGTATACATAGGCCTGTGATGAAAAAGAGTAGGTGGATGGAAGAGAGAGAGAGCACTTTGAGTTTCAAGTAAAAATGAATTGGTATAGATATGGAGCTGGAATTATATGTCTGTGGGCATGAATTATATACCATGTGTTGAAAAGACACACTTTTTCCTTCTTGGCACCCTTGTCAAAGACTAGTGCACTCAAAATTTGACCCTTTATTTGTGTAAGTAAGTAAGTAAGTAAGTGTTAGCTGCTCAGTCGGGCCCGACTCTTTGCGACCCCGTGGACTGCAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGAGATTTTCCAGGCGAGGATACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGAGGATCTTCCTAACTAAGGATTGAACCCGGGTCTCCTGCACTGCAGGCAGATTCTTTACTGACTGAGTTGCAAGGGAAGCCCTAGATTATTTGTGTAACCTGACATCTATTCCATTAATCTAAATGTCAGTCCTTATACTGGTAGCATATCATCTGGTCATCTTAATTATTAGTTTTGTAATTATTTATGAAGTTGAGAAATGTGAGAACTCTAATTTTGTTGTTAATTTTAAAAAGTGTTTTGGCTATTCTGAATGCTTTGAATTTTCAGGTTAATTATAGGATAAACTAGTCAATTTAGGCAAAGAAATTAGTGATTTTTATAGGGATTGCAGGAAATCTGTTGATCGACTTATGGAGCAACATCATTTTAAAATATAGGTGAAATTCATATAACATGCAATTCACCATTTTAAAGTATATGATTTAGTTGTATAAACTTGCACTCAAAATGTTGTGTAATCACTAGTTCTCTTATTTCAAAACTTTCCTATCGCTCTCCAGAAACATACCATATCCATTAAATGATCACTCTCCATTCCCTCCACCCCATCATGTGTTATCCTGTTTTCTGCTTTATGTCTATGGATTTGCTTGTTATGAATATAGTGTGGGACTACTCAGGTGGTGCTAGTGGTAAAGAACCCTCCTGACAGTGCAGGAGACATAAGAGACAAGAGTTCAATCCCTGGGTTGGAAATATCCTTTGGAGGAGGGCATGGCAACCCCCTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGATAGTGGAGCTTAGCAGGCCACAGTCCATGGAGTCACAAAGAGTCTGACACGACTGAAATGACTTAGCATGCATGCATGAATATAGCATATAAAAAAACTCATAGCATTGCCCCTTTTGTTTTTGGCTTCATCTAGTATGTTTTGGATTCTTATCTAAGTTATAGTGTATACCAGTATTTGTTACTGTCTTGTATGGCTGCATGATATTCCATTTTAATATAAGTACCATGACTTTTTATACATTTATGTATTTGTGGACATTGTTGGTGTTTCCCTTTGGGTCTTAATGAACATTGTTGCCACAAAAATTTGTGTACAAATTTCCTCATGGACATATTTTCATTTATGTTGAGTATATTCCTAGGAGTGAAATCTATGAGGCCTATGGTAATTTTAAGTCTGACATTTTTAGAAATAGCCAGACTTTCCCATGGTGACTGAAGCATTTATATTCCTACCAGCAATGTAAAGCATTCTTATTTTCCCACATAGTCACCATTATTTATTTTCTAGTTTCTTGTAGTTATTAATGCTAGTCTGGTTAATGTGAAGTGATCTCTCTTTGTGGCTTTAGTTTGCATTTCCTCAACGAACAACGATATAGAATATATTTCATGTGTCATTACCCATTTTTATTTCTTCTTTGGAGAAATATTGTTATTTAAGTCCTTTACCCCTTTAAAATTAGGTTCCTTGTCTTTGTTGTTGAGCTTTGATATTTTGGTATTACAAAAATAAAGTAAAAATGGATATTTTGGGTATTATATGCTTACATATATGCATGCATGCATGCTCAGTCACTCAGTTGTGTCTGACTCTTTGCAACTCCATGGACTGGAGTTGGCAACCCACCAGGCTTCTCTATCCATGGAATTTTCCAGGCAAGAATACTGGAATGCATTGTCATGCCCTCCTCCAGGGGCTCTTCCCAACCCAGGGATTGAACCCAGGTCTCTCACACTGCAGGTGGATTCTTTACCATCTGAGCCATAAGGGAAGTGCAAATTACTAGAGAAATACAAATAAAAACTACAATGAGGTGTCACTTCACACTGGTCAGAGTGGCCATCATCAGAAAGTCTACAAATATGGCTCAATGGTGAAGAATCTGCCTGCCAGTGCAGAAGCCACAGGAGATCTAGGGTTTGATCCCAGGTCAGGAAGATTTTCTGGAGAAGGAAGTGGCAACCCACTCCAGTATTCGTGCTGGGATAATTCCATGGACAGAAGAGTCTGTCAGGCTGTAGTCCATGGAATCAAAAAGAGCTGGACACGAATGAGTAACTAGGCTTGCATGCCGTAAATGGTAGAGAGGATGTGAAATAAAGGGAACCCTCCTACACTATTGGTGTGAATGTAAATTGGTGCTGCCATTATGGAGAACAGTATGAAGGTTCCTTTAAAAACTATTAATAGAGTTCTCATATGATCAGCAATCCCACTCTTAGGTATGCATCCAGAGAAAACTATAATTTGATGTTATGAACCCCAGTGTTCATAGTAGCACTATTTACAGTAGCCAAGACATGAAAGCAACCTAAGTAATCATCAACAGATGAATGGATAAAGAGGATGTGGTATATATATATATTCAATGGAATATTACTCAGCCATTAAAAATGAATTAAATAATGCCATTTGAGCAATATGGATGGGCCTAGAGATTATCATACTAAGTGAAGCAAGACAAAGACAAATATTATATATCACTTATATGTGGAACCTAAATATATATATATATATATATAAGTTAACTTATTTATAAAACAGAAACAGACTCAGACAGAGTAAACAAACTTATGGTTAGGTAATAAAGGGAAGGGGGTGATTAAATGGGAGTATGGGATTAATAGATACTACTATTAATCTTATTAATATTATTAAAACTACTATATATAAAATAGGTAATTACTGTAAAACACAAGGGACTGTATTCAATATCTTGTAATAACCTATAACGGAAAAGAATCCAAAAAAGTGTATATCCTCTGCTGTATACCTAAAACTAGCACAGTTTTAAAAATAAGCTATACTTCATTTAATTATTTTTTTCCTTTTGCCCTTCCTCTGCTGGAAACATGAGGGGATTTTTCTCCAGTTGTACTGTCAGAATTTGGTCAAGCTCCTAGAATAAATTTCAAAAATTATGGTAGCTCCTGGATGACTCAGTCATCCTGTGGAGTCTTCCTTCTCTCAGAGTTTTCCACACTGAGCTTTTAGCAATTTCTCAAATATTATTCAGATTTTCCTACCCTACCACTGAATTTCATTGTGATTTCCATTCGTGCACTCTTCTTTGGTAAGTCTGACTCCCTGTATCGCCCTGCCAACCTCTCCAATTTAGGGGACAGTGATTTTCCCTTTGTGCTCAACTCTCTTAGGAGTCTTAAAAGAATTGTTGATTTTAGTCTGTTCAGCTTTTCACTTGTTGTTAGGAATGGAGTTGAAACTTCCAGGGTCTTTACATGTGGAGATATCAGGTTTATTTTTCTCTGTTTATGCATTCATACATTTTCATTCTGTTTTTTATTTCTAGCCTCATTTTATTGTGGTCAGAGAAGATAGTTTGTATCATTTTTATCTTTTTCAATTTGTCAAGAATTGTTTATGACCTAACATATAGTTTACTGTGGAAAAAGTTATATGTACACTTGAGAAGTTCATATAACATAAGTGCATATAACATAAAAAGTTATATACACAGGAGAAGACTGTGCATTCTGCTCTTATTGAGTGGAGTATTCTTTATATATCTGTGAGAATAATTGACTCTAGGGTTGTTCAAGTCTTATATATTTACTCATTGATCTTTTGTCTAGGTATGCTATAAATTATTGAAAGCTGAGTTTTGAAACCTCCCACTGTTATTGTAGAACTCTCCATTTATCCTTTCAATTCTATAAATGTTTGCTTCATATATTTTGGGGGCTCTGTTGCTTGATGAATATGTGTTTATAATTATATGACTTGATGAATTCACCTTTCTTAGTCCAGTATAAAACATCCCATTCTTATTTGGTCCCTTTAAACTATTTTTGATAAAAATTTTCCAGTCTTGCTTTATTTCAGATCAGATCAGATCAGATCAGTCACTCAGTCATGTCTGACTCTTTGCGACCCCGTGAATCACAGCATGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAACACCTGAAGTTCACTCAGACTCATGTCCATCAAGTCAGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGCCATCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTCACATGAGGTAGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTAGCATCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTCATAATTTGCAAAATCTCCTTTCCTCTTTCTCATTCAATGTATTTGTGTTTTGGCATCTCAAATGTACAATATATTGTACCACATACAAGGTTTTTTGTTGAGAGTAGTTGACATATAACATATTAGTTATTAGATTATAGTGTCACATAATGATTCAATATATGCATATATTAAAAATGATTACTACAATATATATAATTAACATTAATTATCACACATAGTTATGGATTTTTTCTTGTGAATCTTAGGATTTGCTCTCTTAGCAATTGAAATAGGGAATATGTCATTAACTATAGTCATCAGACTGGTTCCAAATAGGAAAAGGAGTACGTCAAGGTTGTATATTGTCACCCTGCTTATTTAACTTCTATGTAGAGTACATCATGAGAAACGCTGGACTGGAAGAAACACAAGCTGGAATCAAGATTGCCGGAAGAAATATCAATAACCTCAGATATACAGATGACACCACCCTTATGGCAGAAAGTGAAGAGGAATTCAAAAGCCTCTTGATGAAAGTGCAAGTGGAGAGTGAAAAAGTTGGCTTAAAGCCCAACATTCAGAAAATGAAGATCATGGCATCCTGTCCCATCACTTCATGGGAAATAGATGGGGAAACAGTGGAAATAGTGTCAGACTTTATTTTTCTGGGCTCCAAAATCACTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGATGTTTGCTCCTTGGAAGGAAAGTTATGACCAAACTAGACAGCATATTCAAAAGCAGAGACATTGCTTTGCCAACAAAGGTTCGTCTAGTCAAGGCTATGATTTTTCCAGTGGTCATGTATGGATGTGAGAGTTGGACTGTGAAGAAGGCTGAGCACCGAAGAATAGATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGACTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATTCTGAAGGAGATCAGCCCTGGGATTTCTTTGGAAGGAATGATGCTAAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGCGAAGAGTTGACTCATTGGAAAAGACTCTGATGCTGGGAGGGATTGGGGACAAGAGGAGAAGGGGACGACAGAGGATGAGATGGCTGGATGGCATCACTGACTCAATGGACATGAGTCTGAGTGAACTTCGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGTGTGCTGCGATTCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTGATCTGATCTGATCTGATAGTCATCATGCTGTTTATTACATCACCAGGACTTATTTATTTTATAACTGGACTTTTTGCACCTTTTATTCCCTTCATTCATTTTGATCTCTCCTCCCAACCCTTGCAGCCACCAATGTATCCTCTCTATTTATAAGATCAAGTTTTTAAAATATTTCATATATGAATTTGATCATATGGTAACTTGTCTTTCTGTGTCTCATTTATTTCACTTAGCACAACTTCAAGGCCCATCCATGTTGTCACAGATATCAGGATTTCCTTTTTTTTAAATGGCTAAATTATATTCTATATTTGTATAGATATATTATGAATATGTAGTGGAATATTTAGATAAACAATTTAAAATCTTATTCTTTCAATATCTGTCTTAAACCGTGATTTTCAATCGATTAATTATTCACATTGAAGAATTTATTTCTGCCCTATAATTTTTTGCTCTAATGTATTTCATAATTTTTGTTTCTTAGTTCCTTCAATATAGCCTTAGTTTTGTTTGATCTTTTCCTAATGTACCTTTTTAAAATTCCATCCAAATTTTTTTTGTGTTTTAAAACTAATTTCTTAGTACTTATAAAAGAGATTACTGTTAACATTCTAAATTCATAACAATTCAGTATGAACTGATTCCTCAATAGCTTCAAATCATGTACATTAACTCTGCTCCCATCCAGCTTCATCCCCCCTTTATTTCATTGGTGTCACAAAATCACATCTTTATATTTTGTGCCTAGAATCATATACTTATAATGATTGTTTCGTGTTTTTTTCTTTTAAATAATATGGGAAATGAAATGAGGCTTTTAAATTAGAATACAGTAGCTTTTGCTTTTCCATTTACCTACATAGTTATTTTTAACAAGGAACTTTGTCAATCTGGCTTTGAATTATCATCTTGTCCTTTGGTTTTGTTAACTGGAACCCCTTAGCTTTTAATTTGGGGATGTCTTATGTCTCGTAATTTATGGAGGGATGGTTTTGCCAAATGCAAAATTCTTGGTTGACATATTTACACTTGAGATTTTAAATATATCTTTCCATTGATATTTGGCCTCTACAGTGTCTGTGGAAAAAATGAGCTGTTATCCTAATGATGATCCTTTGTACATGATAAGTTACTATTCTCTTGATGTTTTGAACGTTCTCTCTTTTGCTTTGGCTTTTGACAGTCTGATTAAAATATGCCTCAAAGTGAGTCTATTTGGTTTCATTACTCTTGGAGCTTGTTTAGCTTTTTGGATTTCTAGATTCATGTACTTCACAAAATGTTGGAAGTTTTCAGTCATTCTTATTCAAATACTTATTTTCTGTTCCTTCCCTAACTCTTTTCTGGGATCTCATAAAGTGGATGTTAGTTAGTACAATTGATTGAGTGCCATGGGTCCTTAGGTTCTATTTATTTTTCTTTATTCCTTTTTCTTTCTGATAATCACACTGGAAATTTTTATTCTGCTTCAGATTTGCTGTTTCTTTCTCGGATTTCCCATAGTCTACTGTTCAAACTCTCTGGTAAATTTAAAAATGTTCAGGTAGTGTGATTTCTAGCTCCAAAATTCTGGTTTTTTTGTTTTTATAGTACCTTTCTTGTTATTCTATACTTATTCATACACTTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTACATGATAAGTTACTATTCTCTTGATGTTTTGAACGTTCTCTCTTTTGCTTTGGCTTTTGACAGTCTGATTAAAATATGCCTCAAAGTGAGTCTATTTGGTTTCATTACTCTTGGAGCTTGTTTAGCTTTTTGGATTTCTAGATTCATGTACTTCACAAAATGTTGGAAGTTTTCAGTCATTCTTATTCAAATACTTATTTTCTGTTCCTTCCCTAACTCTTTTCTGGGATCTCATAAAGTGGATGTTAGTTAGTACAATTGATTGAGTGCCATGGGTCCTTAGGTTCTATTTATTTTTCTTTATTCCTTTTTCTTTCTGATAATCACACTGGAAATTTTTATTCTGCTTCAGATTTGCTGTTTCTTTCTCGGATTTCCCATAGTCTACTGTTCAAACTCTCTGGTAAATTTAAAAATGTTCAGGTAGTGTGATTTCTAGCTCCAAAATTCTGGTTTTTTTGTTTTTATAGTACCTTTCTTGTTATTCTATACTTATTCATACACTTTTCATTATTTTCAATATCTTTTCAATATTTTATTTAGTTCTTGATGATTTTCATTAGCTATTTAAGCATATTAAAGACATGTATCTTAAAGTTTTTGTTTAGTAAGTCCATATCTGGATTTCCTCAGAAATGATTTGTGTCAACTTATTATTTTTGCTATTACTGGTCCATACTTCCTCCTTTTTTGTATGCTTTGTAACTTTTTAATT
Seq C2 exon
AAATCATCTCCTAAAGAAAAGCACAATCAAGAACTGGAGTATACAGTTGAAAACTTGGCACACACTGTATTGGATTTGTTTGTGGCTGGGACAGAGACGACGAGCACCACACTGAGATATGGGCTCCTCCTCCTGCTGAAACACCCAGAGGTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020375:ENSBTAT00000008918:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.151
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(12.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]