BtaINT0007073 @ bosTau6
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr16:78480806-78492971:-
Coord C1 exon
chr16:78492870-78492971
Coord A exon
chr16:78480932-78492869
Coord C2 exon
chr16:78480806-78480931
Length
11938 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
GATTCCTCTCTGTCACGCAGGTC
3' ss Score
8.12
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GTCTCGGCCCTGAAAAATAAACTGAAGAAGCAGTCCACAGCTACGGGGGATGGAGTAGCCAGGGCCTTCCTCAGGGCACAGGCGGCTTTGTTTGGATCCTACAGAGATGCTTTGAGATACAAACCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000037661:ENSBTAT00000056230:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PD(9.4=50.0)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=WD(100=66.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development