RnoINT0046426 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011063 | Dennd1b
Description
DENN domain containing 1B [Source:RGD Symbol;Acc:1308441]
Coordinates
chr13:56161619-56173172:+
Coord C1 exon
chr13:56161619-56161720
Coord A exon
chr13:56161721-56173046
Coord C2 exon
chr13:56173047-56173172
Length
11326 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
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3' ss Score
9.97
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTCGGCCTTGAAAAATAAGCTGAAGAAGCAGTCCACAGCTACGGGAGATGGAGTGGCTCGGGCCTTTCTGAGGGCGCAGGCAGCTTTGTTTGGCTCCTACCGAGATGCTCTGAGATACAAGCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011063:ENSRNOT00000035129:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.017 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PD(23.0=50.0)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=64.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]