GgaINT0039596 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
NA
Coordinates
chr8:2433061-2442125:+
Coord C1 exon
chr8:2433061-2433162
Coord A exon
chr8:2433163-2441999
Coord C2 exon
chr8:2442000-2442125
Length
8837 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TGTTCCACTCTGTCATGCAGGTC
3' ss Score
8.45
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAGTGAAAAATAGATCACTGGAAGATGTGGTTTTGCTAAATGTTGACACAAACCATCTAGAAAACCCTTTTAATGACCTGAACAACCTACCCGGTGAAGTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTCGGCCCTGAAAAATAAACTGAAAAAGCAGTCTACAGCTACGGGTGACGGAGTAGCCAAGGCGTTTCTTCGGGCGCAGGCATCACTGTTTGGATCCTACAGAGATGCACTGAGATACAAGCCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PD(9.4=50.0)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=64.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]