HsaINT0046705 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:28404]
Coordinates
chr1:197564338-197576304:-
Coord C1 exon
chr1:197576203-197576304
Coord A exon
chr1:197564464-197576202
Coord C2 exon
chr1:197564338-197564463
Length
11739 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TGTTCCTCTCTGTCATGCAGGTC
3' ss Score
10.45
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCTCGGCCTTGAAAAATAAACTGAAGAAGCAGTCTACAGCTACGGGTGATGGAGTAGCTAGGGCCTTTCTTAGAGCACAGGCTGCTTTGTTTGGATCCTACAGAGATGCACTGAGATACAAACCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047-DENND1B:NM_144977:13
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=PD(9.4=50.0)
A:
NA
C2:
PF0345514=dDENN=PU(40.3=64.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)