BtaINT0017828 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000014051 | ANGPT1
Description
angiopoietin-1 precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001070265]
Coordinates
chr14:59338006-59355161:+
Coord C1 exon
chr14:59338006-59338127
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr14:59354932-59355161
Length
16804 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
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3' ss Score
7.62
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000014051:ENSBTAT00000018675:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.192
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=PU(96.1=62.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development