MmuINT0014994 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022309 | Angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:108448]
Coordinates
chr15:42327773-42343951:-
Coord C1 exon
chr15:42343830-42343951
Coord A exon
chr15:42328006-42343829
Coord C2 exon
chr15:42327773-42328005
Length
15824 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
TTATTTTCATTTCCTTGTAGTTT
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TTTACTAGAGCACAAAATCTTAGAAATGGAGGGAAAACACAAAGAAGAATTGGACACCTTGAAGGAGGAGAAAGAAAACCTTCAAGGCTTGGTTTCTCGTCAGACATTCATCATCCAGGAGTTGGAGAAGCAACTTAGTAGAGCTACCAACAACAACAGCATCCTGCAGAAGCAACAACTGGAGCTCATGGACACAGTTCATAACCTTATCAGCCTTTGCACTAAAGAAGGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022309-Angpt1:NM_009640:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.190
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF089195=F_actin_bind=WD(100=62.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: