HsaINT0007969 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154188 | ANGPT1
Description
angiopoietin 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:484]
Coordinates
chr8:107321896-107336271:-
Coord C1 exon
chr8:107336150-107336271
Coord A exon
chr8:107322129-107336149
Coord C2 exon
chr8:107321896-107322128
Length
14021 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
3' ss Seq
TTATTTTCACTTCCTTGTAGTTT
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154188:ENST00000517746:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.226
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development