BtaINT0022491 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002295 | ATF2
Description
activating transcription factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:784]
Coordinates
chr2:21813465-21825635:+
Coord C1 exon
chr2:21813465-21813671
Coord A exon
chr2:21813672-21825529
Coord C2 exon
chr2:21825530-21825635
Length
11858 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
ATAAGTTGTTTCCCCTCCAGAGT
3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGTGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002295:ENSBTAT00000002963:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.971 A=NA C2=0.694
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PU(70.8=66.7)
A:
NA
C2:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]