GgaINT0046062 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009287 | ATF2
Description
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-2 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O93602]
Coordinates
chr7:16190328-16197035:+
Coord C1 exon
chr7:16190328-16190534
Coord A exon
chr7:16190535-16196929
Coord C2 exon
chr7:16196930-16197035
Length
6395 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAC
5' ss Score
7.48
3' ss Seq
ATAACTTTCTTCTCCTTTAGAAT
3' ss Score
10.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATCACCAGCTCAGCCTACACAACAAACACCAAATACAGGTGGTCGGCGAAGAAGAGCTGCTAATGAAGACCCTGATGAAAAACGAAGGAAGTTTCTTGAGCGAAACCGAGCTGCTGCTTCCAGATGCCGACAGAAACGGAAGGTCTGGGTACAGTCATTGGAGAAGAAGGCTGAAGACCTGAGCTCGCTAAATGGCCAGTTACAG
Seq A exon
GTATACTTCTTATTCCAAGTAAAAATGATTAAATGACTCTTGAACAGTGATTCTGCATCAATGGAACTTAAACTTGGCATAACATCTGAAATGTAAAATACTTCTAAATGATATCTCAGGTCAGAATTGAAAATCTCATATTGAATTGCGTATTCCAGCAAAGTAAGAATATAAAAGAGTGTTCCGATTTTAAGATGGGTAAACTTAGGATGATTCCCATTTGTCCCTTGTTCCATTTTAAATAACTTCCAGACAGTGATACTAAGTGACTTGATATGTTGGAGTAAAGGCTTAATAGCCTTACCTTAAAAAATGCTTTGGACTTATAGATTTCTATCACAGTCTGAGTTATTTAAATAACGTTTGCTTTTATTTCCTTTGGTTCTTCTTAACTTCACTGTTTTTTCCTTTAAAGTGAATGTAGTGCTCGTGAAAGGTGCCAGATTGACATCACTGGAAACTGAAGGCCTCTTTTGTACACAGAACAGGTACAGCACAGGCAGTGTCAGTGCAAATTTCACCACACTGCTCTCCCAGTGTGCATAACTCTTAGAGGGTGAGATGTATACTGTAAGAGGGTAGTCTAGTGTATATATATTACCAGTTATTTCTCCACACAATCAGAGGTTACCAGTCATTGGAAAATTGTCATGTTGATGCATTTTTTCCCCCTTAAACAATCCATGACCCTTTCATTTAAATTGCTACTACTGCTAAAATATACTTTCTTCATCTTCTACCACAGCACACAAGAATTGGCAGGAAGTATTGTTTCAAAATAAAAAGTCTGAAAGTGTCATTTTAAGAATTAAGGAAAGGAAAGCTTGATATTGTTTTCTAAATGAAGCATTTGTTTAGAAAATGTAATAAAAAGTACTGTGATATTTTGAAGTTTACCTTGTTTCCTTAGGGTTGTTCAGTGAGTCAAATTCACAGATCTTTCCTATTAAAACTCTCGTTTGGTGCTACCAATGAAGATGTCCCAGCTCAACCAACAGAATACTAGAGCATGTTCTATCTTGTAATCAACACTTTAAAAGTATTGGCCACCTCCAGTTTCCTGACTAGAATAGAACAGTGCATTTAGAAGGGATCCACAAAGGTCATTGAGTCCAATTGAGACCAAAGCACATTATTGATGGTATTATCCAAATGCTTCTTGAACATTGACAGGCATGGAGCACTCACTACGAAGCCTGTTCCAGTGTTTGTCCAACCTTAAAGAAATTTTTCCTAAAAATAAAAAAATATATCTACTCTGTCTTTAAAAATTCTCAGCATCTTCGACTGTGAAATATAAGAAATTCAGAGCTAAGCACATAATGTGAAATTATTATTCATTCTAGAATCACTACCTGACATCATAGCATTGCTTAAATTACTTGCAAATGCATAATCTTCTCATACCTGTTCACAACCTGAGGACTTGACTTTCATGTAGTCATAGCCCTCACTGTAAATCCATTAATTGCAAAATGACATGTAGCACTATAGGTTAAAGAATCTAAGAAACAAGTGAAGGTATAGTATATTTTTCTTATAGGAAGAAAAACAAAGAACAAAAACAATTGGCTGTATTTTAGTTTTCTTAATGAAAATGGTTTTCGGTAAGATATGAACTACCTTTAACTTGTACATGTCCATTTTTATAGTTGAAAGCTATGAAAGTACCATGTTTACATTGGTAATAAATTGTCACGGTTCGAAACCAATAATGAAAGTTGTCATACATCTACGTATATATGCACACACACCTTATTTACTGTAGCTGCTGCTATAAGAGTGACATTAGTACAGAATAACCTAGTAGTCTTCTGTTTATTAGAGCAATCCTAGTTTTGTTCTGTGCACGTTCAAACATCCATATAACAGATAAAGTGTAGAACCAGACTTGTTTGCAGATATTTTAATAAAAATAACACATCCATATAAAGGCATGCAAATATACTACCTGATGATGATGAAGTGCCCCATAGCAGCAGTAATGGTACAGGAAAAAAAAATTAAAAAGCTTTGTCTCATTGAGAAGGCCACAGGTTTTCTCTTCTTTAAGAGCTGCAGTTTTTCTTAATAGCTGTTTGTAGCACGATGTGGTTCTTGGTAGAAATAAAATTAAGAATAAGAATAGAATCTGAAGTCAGAAATGAAATCAAGTTTTACACTTTGTTTTATGGCAAATACTAAAGCATATTTCATCCTAGGATTTTGTCAGTGATCTTAATGTCTCCTAAACTATTAGTGTAACTGTGGCTGCTCATGTAAAATATTGTTGTATTTATTTGTGTGCATTGCTTAGATCTATAGTCGCATCTGAATCTTGATTGTGGTTTTTAACTATTTGTTTACATATCTGGAATCCAGAACATTTCCAGATTTCCAAGCAGTAATTCTGTAATAATTCAAGAAAAAGCAATTCCTTACTTTGCCAAAAGTGAAACTGTTAACTGTGAAGAACAGACTGATTTGAAGAGTGTTGAATGTCAGAGAAATAAACTGTTATGTGAAAGCATTCGGCCATCCTGAAGTAATATTTTATTTAATAATCTAACACAGCTCATCAGCATAGTGAGCAGAAATGACCCATGGTTACTTACGTTATATTTGATAGTGAACCTGTTACATTTGGAGCCTTAGTACAGCTTTATGGACTGAGTGGTAGGGTTTAGTAGTGCTTGTTTAATATCTAAGTGACCTGCTGAGATGTCATAATTACAAAATTAGGTTAATACCAAAATGACTAGAAATTGCATTGCAGTGCTTCGCATAACACTTTCAACTTCTTTCAACACAGTAGTTTTGATGTTATCTTTGTGTGAGAGATTCTTAAGTAAATGTCGTTTTTAAAACTGGGAGCTCTCTAACACCACATACAGATTTGAAGAGCTATAGTTGATTGATACATATTCTTTTGTTCCAGTTTTTCAGCTTTCTGGAGATGCATTTGTGTATGAGAATGTAATTTATTCAAGCTTTTTTTACTGAAACGAAGATTTCAGTGAAATCATGTCGATAACATTTATTAGATTGGCCTTTATCAATCTATACTATGGGCTATGTATGTTATTTCCTGCTTCCAACCTTTTGAAATATATTTATTGTTTTCTTTTTGTGCTTTCTACTCATATGTTGACTCATTTAATGATCTGAGACATGTTATACCTTGTTGTTTTGCCTCTGTGCCTGGCCTGAATATGGTATGCTATGTAACACGTTCTTAAGGAGCTACTGACGATGTGTGCCCAGTGGCTGCTGAGAGGTATCTCAGTGATACCAAAGTCCATAGCATGCGTCCTATTTGGTCCCTATCACTTGAAAAACTTCAGAGGACGAAGAATTAGTGAGTTTGTGTTACCTCTGTGTAGTAGAAGAATAGTCTGTCTTCCTTAGGAGGTCTTTTTGAGCTTTAGGAGATGTCCATTATCAGCAGTTGGTGGTTTGTACTAGTGCTACAGAAGCTGCTTTAGGAAGGCTATGTAAAAAATAAATGCACAATCCATTATCCCCAAAAGTGCCACGTCTGCCTGTCTCGGGCAGTAGGCCTGGTAAATATACCTCACAAATGCTGCCCAGCACCCTGCTTAGTAAGGGTTAATCTGGTCCCATTGTTACACATGCGTTTTGAATGCAGGGAAAATAGGCAGATGCAGAAGAACATATTGTACACAGTGCGATATACCGTGATGTACAGAAGGGAAAATATCTTTTGAGAAATGGAGTACAGGTGGAAATAGATGTGCTTTCCCCCCCAATCCTGCTTTCCCATGTTAGTATGCTTTTGAAATGTGTAAACATAAAAATTCTTCAAGGTAGTATATGAGGTATATTTCATGCTTGTTTAAAGAAACACTCATACCTGCTCTTGACTTGATAAATGAAGGGGGCTGTTCATCTTCAGTGTGCAAGAAGTCTCAGTCTTTCTTCGTGCCAACTGTTGAATTGTTTGTTCTGTGTGTTTCTTCTTGTTAGCCTATTTTCCATAAAGACCACCTGTTAACATGACCTGAGGTTAACATATTTTGAAAGAGCTGGAAGGATGTCATATTGTCAGATGCATGATAAGAAAACTGCAAGGTATATAGGAGTTGATTCTAACAACCTGCTTTTGTTATCAGTCCAAAGTGGCTCTTACTAGTAGCATGTAAATGGCAGCTATTGATTTGTCTTTCCTTCATATTCCACATACCAAATGTGTCTGGGACTTATTCTCTTCTACTTTTGGGAATGGTTTGTAAATGGAATATGATGCTATTGGCTCAGTGTTGATGTTACTAACAGTGCTAGCTATGTTTTCAGGGAGCATGCCTCAAGTTATTAATTTAGTATAGGAACTCTTTTTTTTTTTAATCTGCTTTAAAATAAAGTCTTTGCTTTTTTTCATTTCTTTTAGCAAGGCACTGCCTTTTCAACTCTTTTTCATGAATACTAGATTTATTTACGCTGGTAAACAGCTGCTTCATTTTTATATACGCTGTTTATGTATAAAATGCTTACTTAAATGGGGGAGATGAAAGTAGAAACTTTCTGAATACTTTTTCCTGGTTTGATCATTTATTTTGCCAATGTTCCTTTAAACTAACAGAAGTATGATTCATGTTCTTGGACATTGCTGCTGCTTTACATTATCAAGAAATGTCTCAAAACTGCATCAGCACTTTTCTGTATCAATTCTGTGCAGCTGCCTGCTTGGCATCCAGACACATGGATCCTCAGTAAATAACATGGCGAACTAAGAGAACTGAAAGCTGGAGGCACAAATAGAGTGCTCTCTTAACAGCCCAGGATTTCAGGACATACAATTCCAGATGGTAGAGCTTTAGTAGGTGTTGTGTTTTTTCTTTTTTCATTGTAAGCTTTTTCTTTGAAATCACAGTTCTTTTTTTTTATTAGAAACATCAGTGAAGTCAAATTTCTCTCTTTCAGCTCTTCTTTTTGTTTTAAAAATTCTGCAAAGGATATTTGGCACAGTGAAATGACTGAACAGAAAATTAGTCCTTACTAATTTTTTAAAGAAGATTTTGTAGATTTAAAATTGGTCTTTGAATTTGAGGGAGAGGGCATAAAGAAAAGCCGTGTCATACAAATCTGATATTTTTGCTACAGTATTTTTAAATTACATTGCCTGGTGTAAGTACACCAAATAAATTCTATTCTTGAATATGTTTTCCTTATTTTAGAATCTCCTCTTCTGACTGGAGTGCCTTAGCTTACATGGACAGATCAACGTTTGCATGGGTTTTCTTTCCCACATAATTTTATTTGTCATCTAATTTTCCTATGTTTGCTTTTCTTTAAGTTGCTTCCAAATGCATAAACATGTGCATTCATGGGTAATATATATTTTACTGATGTGCGCGGATTTGTATGGTTTAAATAACTCCAAGTATTTCACATCAGTGAAAAGCACTTACATTTAAAATAAACTAACCCCTGACAAGATATCACATATCAGGGTGTGAGGCTCATAAAGCATTGCAGATAACCGGAGTCTGTAGATACCTACCGGTTTTTCTAATGTTCTAAGTGAAAATCAATCTCTCACCATGCCACACTGTTCTTAATTTGGAGTGTCAATGTAGTTATGTACTGTTTCTCATTCATAGATATCAAGTTCTTTTACAGGGAAGGTAAGTATCATTGTCCTCCATCTTACAAATGGGGAAATTGAAGCACAAAGAAGAAAAATGACCTTCTTCAAGGTCACCCAGTAGTAGAAAGGCACAGCCTGGGAACGAGTGCTCTCACTAGATTCTGCAAGTGCTGTCTCCTAGATTACGCTCCACTTCAGCAGTATAGACTGACACTTCAGGTTTTGTCATCATTCTTAATTATTCCTTCCTACAATACTTGGTTTATACGTGATTGTTAAGGAGAGATGTGAAAAACAACAGACAGTTTCTAGATTATTTTCCATTACGTGAGACTTTTGAAGTCCAAGTACAAATATAGTTCCCAAAATCAATGCGGCATAGGCTTACTTGAAAAAAAATACATGTATTATTGGCTGTGGCATCTGTTGAATGTGAGTAGCTAAAGGTGGATTTACTCTGATGAGAATTCGTAAAACTCAGTAGGAGAGTCTTACAGTAGCTGGATCATGTGAATGAGAATATATGTAGACTCTGCATCTGCAAACTGAATAACATGTTGTATTTTCCATGAAAGTGTTTCCTAATTTAAGAAAATCATCAAGTAAAGTTAGTCAAGCTTCAGATAAGATTTGAGTATTGTAAGATGAAAGAAATGCATACATTTTTGCTATACATACACCAAATGGAAAATTCTTGTATTTCATTTACTCTTAAATGAACAACTGAAAATCCTATAAAACTGAATACTTACCTTCAAAATGCGTGTAGTTTGAGCCTGGTAAAGTACATAACTTTCTTCTCCTTTAG
Seq C2 exon
AATGAAGTCACCCTGCTGAGAAATGAAGTGGCACAGCTGAAACAGCTTCTTCTGGCTCATAAAGATTGCCCTGTAACCGCCATGCAGAAGAAATCTGGCTATCATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009287:ENSGALT00000033263:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.957 A=NA C2=0.729
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0017016=bZIP_1=PU(70.8=66.7)
A:
NA
C2:
PF0017016=bZIP_1=PD(26.2=47.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]