BtaINT0023894 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000011156 | ATP8A1
Description
probable phospholipid-transporting ATPase IA [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_777263]
Coordinates
chr6:63072536-63087267:-
Coord C1 exon
chr6:63087222-63087267
Coord A exon
chr6:63072577-63087221
Coord C2 exon
chr6:63072536-63072576
Length
14645 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAGGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
ATCACCTTTTCTCTTTCCAGTTT
3' ss Score
10.6
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACGACATAAAGCTGATAATGCAGTAAACAAGAAGCAGACACAAG
Seq A exon
GTAGGAATTTTACATTTTGTTTCTCATATCTGTCAAAAACACTCATGGTGATATCTACCAATCACTTCGATTAAATATAATTCAACTGAGAACACTGTGTATCTCTTAAGTTTTGTTTTGGAGTGTTTATTAGCATGACACTTATTTAAGTGTTCACCTTAGAGTGATTTACAGGGGTAATGTAATATTTTTGAAATGTAAAGTTTTTAATACATTAAGTGCCTCATAGCAATGTATTCACAAGTACTGTCCATAAAATCTGCAGTTGTTTTATCAGTGTTAAATGCTACAAAATGTGTGTGTGTGTGTGAGATCTATAGATGTTACTCTAGATAAGATTTATAGAAAATAGTCAGGTGTGATGTTACTTGGCTACAAGGCATGTTGGAAGCACTTTGAGTTATCCTGTACTTACAGGTGATAAATGCTTCAGAAATAAGTAGAACCAAGCCAGCTTCTGGGAAGCACATGGCATGCTGATATGGCTCTGTACTGTGGGTCTCATTTTGATAGAGTTGAAACCCAGATGACCTTTAACACAAGCAAATAGATCACTGTTGCTTTCAATTAAAAAAAAAAAAAATACCCAGGGGCATATGAAACAGACATCTTACCCCATCCCTGAGCTTTCCCCATCTGAGAATATCATCTCTCTCTGAAGTTCCTTGTTGTGGTGAGGATCAGCCATGTCTGCCAAAATTAGCTGGTAATTAAAAATGATATTTTTATACAGCTATGATTTTTGTGGATTTCTGTCAAAATGCCTCATTTCTCTTCTCACCACCTTCTACCAAAGGAATTATCTGCTGATAGTTGATGCATTTGAAGATGGTACATTTATTAAAGCATTACCTAAGAAATTAAACATTTATTGAGATTATACTTATTATCGGACACATGAAAAACTATAAGATGGGAACTCTGTAAAGGTGAAAAGTGATCTTGTGTGGAAAATGAAGGGTTCGCATTACGTGATCCCTAGATTTTTGTAACAAGTAATGATTTCTGTGTCAAATGCTTTACGGATTCAAAAGCAGGAGAGAGAATTGTGGGGTAACTTGAGCTAGGTTTTGAATTTGGCGAAAAGTTTGGATAAACAGAGGCACTTGGGAAGGGCATATATTGCCTGTTGTGCTGCCTGAGGAAGGAAGAAGAGACGTTTTCTGAATAGAGATGAAGACAGCCGTTGGGTTGCTTTGTGGAACCACTGCTAGAGGGCCAGATGGAGAAAGAACATTCATGGCAAAGGAAAGCAAAGACATGATCGGAAAGGTTGTTGTTGTTGTTCAGTCATTAAATCCTGTCTGATTCTCCACTCTCTCTTGGAGTTCACTCAAATTCTCGTCCATTGAGTTGGTGATGCTGTCTAACCATGTCATCCTCTGCCATCCCCTTCTCCTCTTCCCTTCAGTCTTTCTAATCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTTGGCTCTTCTCATCAGGTGGCCAACATATTGAGAAAAGTAGGTTAAATTTACAGGGCCTTGAGTGCCAAGCCAGGGGATTCCAACTTTTCTTATATATACTGAGTAGCTGGAGAAAGTTTACAAGCCAAAAAGAGAAAAGATAAATATGCAGATTAAAGTTGGAGAGCAGAATGTCATTCAATAGGGGGCTGTTAGAAGCCTGAGGATTAAGCTACTCTAGGAGTATAGTCAGAAAAGGACAGCCATAGATACTGAAAAGGGGAAAAGCTCAAATGTTTCAGGTATGGGTATTTTTTGCAATGTGCAGTTTTTGCATTTGTTTTCCTGTTACTCAGAAAGTTCAGCAACAGCTTTTAAATCAGAAATATTTAACTTTTTTTTCCAGTGCTTAATGTATCCTATGGCAGAGGGGTCATAATCTCAGGGACTAGCAGTTAATTATTTTCAAGCCTTGGCCCAAGAATTCAACATTGTACAGTTGGAGAGTAGCCATCATAGCTGCTACTCTAGGCTACCACACCCTGTACTAATCAGTTCTCTGATTTTCCAGGTACTTGCCTACTACCAAAAAAATTCCCTTTTGCCTACTAATCAGGAAGAATACTCTGTCTTAGTTATCATTCTTGTTTCACCTATTCATTCTGGATTAACAGGATTAGCTCTGTAGGTTAAAAGTGAGAGGAAAGGCTTCTATAGTAGCCTCTTCATGTCAAAAAGAAAATATTAAGGCTTACATATGGGCTTCCCAGGCGGTGCTAGTGGTAAAGAACCCACCTGCAATGCAGGAGACATAAGAGACGTGGGTTTGATCCCTGGATCAAGAAGATTCCCTTGGAGTAGGGCCTGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCTTGGAGAATGGACGGAGGAGCCTGGCAGGCTACAGTCCATAGGGTTGCAAAGAGTCAGACACAGCTGAAGCGACTTAGCATGTACTCAGGGCTTACATATAAAAACCATTTTAAGTCAGCAGAATACTTGGAAAGCCCATATCCAAGAAATTATGGTCTTTAATTTGACTTGAATATTTGCTAAGAGAATTGTATCCTTTTTTTTTCTTTGCCCAGTTTGAATATTGGTCATCTTTGATTTTGAAATTGATCAGAGTTAACAGAAACGTTTGAGTAGGATACCGCTTGTTGTCAGAGGACTCAGATTACTTTATATGAAAGCCATCTGTTATTAGGCCAGACTGAAATTCGATTTGCTTTCCTGAGTTGAAAGGCAGGAATGGGTGTAGGAGTGGGAAGGGAGTTATTTTTTATAGATAATTTTTGACAGACATTTGAAGTATTTAACTTTAATTTCATTTTCTCAGTGTTTACCAAGACCATGTAGTATATAAGACATCTTTCCCTCAGATTCAAATATTAATCTTTATATATTCTTAGCAAAATGAATATTTTCTCTCCTTATTTTACATTGAGGCAACAGAGGTGACTATTTCCCTCTGTCATTCCCTAGTGACTTCAGAAACACAAACCCATGATTTCACTTACCACATTTTTAGCCATTTAACTGTGGACTGATACATGTCTGATGCCTCATTTTCACCAGTGAATGAACTCAAGCAGGGATTAAATTCTAGATTCTGCGGAGGGCAGGTCTTCTTCATCTTTGTGTCCCCGCATCTCTAGCCCAGGGGCCCATCCTTAACAGGTGCTCTGTGTGAGTAAAGGAGCCACTCTCTCTTTAGATACTTCAGTACCCATACGGAACCAAGAAGAAACTAGGAATGAAAGGAGCCTCCTTGAAAATTCATTATCTAGGCTGTGAGCTAAGTGGAAAGCCGTATTTTCAAAGCTCTGTGTCCCAGACTGTTTTGCAGGCACTGATGAAAAACTACTCTGGTGGCAGTTCTTGCTGTCTCTTTACTTTGTCTGTTGAAGTCATTACGTCATTATTTTACTCTGCTCAGTCTCCTGTGAACACAGCTCCGTTTCCACGTACCACTTCCATTGCCCAAAGCCCCAGAGCACTGCCATATTCGGGATGCCCCAGTTTCCCCGACATCTACACTTACCTTTGTTTTCTCTGATTTCTTCCTCAGTATTTGAACTCGCAGTACTCGACGTACCCTATTCCATGTGTTTACATACACTTGGGAGCCAGTCTCTCATTGTAGATCCTTAATTGGATTTTCTTGGCCAAATTTAGTGCTGCAGAAATTTGTAAATGATACATTTGTAATTATCATCATAATATGTATGTTAAAACCAGTTCCCCATATGAATTTGCTCTGGTGGTTGAGCCAGTTCTCTTTTTAAACTGTAAGCATATGCTTTTATTTTTTTTTTGTGGGAAACTACTGTAGCTGGCATGCCAGTATTTCAAGAGGAATGACAGTTTCACATAAAATCACAATCAAGAGGCCTGGGAAGGGATGGAGATCTAAAAAATTAAAATGAAATAAGCCTCTTATGGAAGTAGATTTTGCTTTTTTAAAATCCCAGGTTTGGATATCTTCCCTGAAGGGTGGTATGCATACATCCTGCAGGCGGGAATGTCTGGGAGATGCCTGTGACATCTGGTATCAGCCCATCAGTCACCTGACTGGATGCTGCTGTTGAATGAGGGTCACCATTACTGCTGTTAGTTTGTTTTCATACCTCATTTTATTAGTAGGTATTGATAGCTATTGGATTAGAACAAATCTTTAATAAAGCAGTTTTGCTTTATTTTAATTTAATGGAGAAAAAGACAACAGCAATTTCTTTTTAACTAGGCACATAGCTAAAAATAATAGATCTCATCTCCAGCTGCTTCATTCTTCCCTGGAGCCACATCTGCCTCTTCGGTAGTGGAGTTGAGCAGGTGGCAGCTGATAACCCCTAGCAGGCTACGTCCCTGCAGGGCACATAGTTGCTTATCTCCTACTGGAAGCGATTTCATCTTTAAAGTCCTTTATGAAAAAGACATTGAGTTTTTGTGGGTTGAATTTGTTTTAGGTTGTTAAGGCTGTGGTGACCTACTACCAGGGCTAAGTCCATCTGGTTGAGTTCAACTATGTGCTAAGGGATTTAAAATAGCACCATTTTCCTGGCTTATTCAAAAAGCCAGTGTGCAGCTTTTTCGTCTCGCTGGAGGCATCTGCATGTCTGATCCATCCATAAGTCTGGACCTGTACTCTGCTGTGTGTACATAAGTTACCTATAAATAGTTCAAAGATGATATTGTTTCCATGAGCTTAAAATTTGGACTTAAAAATTGAGCACTATTTTACAAAGAATGTTTTCAGATACCTCTAAGATTATTAATATCTTCAAATTAAAATTTAAACATTTTAGGATTTCATAAATTGAACTTGTTAGATATTTTCAACAGAAGCTCTGGTTGAAAAGGATGTATTTATTTAGGAGAAAGTACAGCCCTAGATTGGCTTTCATTTGTCCCAGAAATAAAAGTTGCACACCAAGAAACAAAAAACCCACTGAGGAAATTGAGGGCCATAGATAAAGGAGAAAAACAGGTGTGACTCCAGGTTAGACTATTTATTATTTCACTTCAGTGGGTCTTACTGAATATCTACCTTGTGTA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Seq C2 exon
TTTTGAGAAATGGTGCTTGGGAAATTGTGCACTGGGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000011156:ENSBTAT00000014818:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(5.5=100)
A:
NA
C2:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(4.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]