RnoINT0023672 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034200 | Atp8a1
Description
ATPase phospholipid transporting 8A1 [Source:RGD Symbol;Acc:1309619]
Coordinates
chr14:42015347-42035416:+
Coord C1 exon
chr14:42015347-42015391
Coord A exon
chr14:42015392-42035375
Coord C2 exon
chr14:42035376-42035416
Length
19984 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
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3' ss Score
10.58
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTTGAGAAATGGCGCTTGGGAAATTGTTCACTGGGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034200:ENSRNOT00000044017:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0012215=E1-E2_ATPase=PU(1.5=27.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]