BtaINT0025085 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020654 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:37073336-37079903:+
Coord C1 exon
chr2:37073336-37073407
Coord A exon
chr2:37073408-37079873
Coord C2 exon
chr2:37079874-37079903
Length
6466 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
TAATCTCTGAAAAATGACAGGCA
3' ss Score
0.09
Exon sequences
Seq C1 exon
GCACAGGCAAAAAAGAAAAAGAAGGAAGAAGCAGCAAATGCCAAATTATTGGAGGCCGAGAAACGAATAAAG
Seq A exon
GTTAGTTTAGATGAGAATCTGTTTTTTAAGAATAAAAATTATATGGTATTATATCACTGACTCAATGGACATGAATTTGGGTAAACTCTGGGGGTTGGTGATGGACAAGGAGGCCTGGTGTGCTGCGGTTCATGGGGTCGCAAAGAGTCACACATGACTGAGCGACTGAACTGAACTGATACTAGATCGATTATATTAAAAATAGCCCTCCTAAAAATGACTTGCTGAAAAAAATGTTGATCACAGATAAAACGTGCATAATGTGTGTTTTTAGTGTTTATATATTGTATATACGTTTTTATATTTTATTATATAGGTTCTGTGTGATACTTTGAGCTCTTTAAATAGCAGACATCAAATCAGAAATATAAACTATCACATAATACCTGAATATAGTTTTAAGGGATAAGATCTCCTCAGAACTATTTATGTTCCAAATCCAGTTCTCTCCTTAGATTATAATTTTCTCTTTTTTAATGTCTAACAATTGTTTGTAACTATTAAAAAGTGAAAAGCCTTCCAAAACCAAAACCCAGCTTTATCAGCTATCACTTACCAATACTAAAATTAGCCATTGCTATTTACTGTAACTTCGTATGTTGTTTGGAGCTGTTTTGATTTTGATTTTCTGGCATGAAGCATGAGAGAGTTGGACCCTCATGCCCCTTCTAACCACTGCCCTCTGCCCCTACACACAAACATTCCATCTCTAATCTTCCAATTTTTCTGATACTTGTTTACTGAAATTAGGCAGCCAGGTGGGCCTAACAATTCAAGAGATAGCCGCTACTATTACAGCCAATTACACGATGGTGTGATCACTCACCTAGAACCAAACATCCTGGAATGAGAAGTCAAGTGGGCCTTAGGAAGCATCACTACGAACAAAGCTAGTGGAGGTGATGGAATTCCAGTTGAGCTATTTCAAATCCTAAAAGTTGATTCTGTGAAAGTGCTGAACTCAATATGCTAGCAAATTTGGAAAACTAAGCAGTGGTCACAGGAATGGGAAAAAGTCATTTTTCATTCCGGTCCCTAAGAAAGGCAATGCCAAAGAATGCTCAAATATCGCACAATTGCACTCATCTCACACACTAGTAAAGTAATGCTCAAAATTCTCCAAACCAGGCTTCAACAATATGTGAACTGTGAACTTCCAGATGTTCAAGTTGGTTTTATAAAAGGCAGAGGAACCAGAGATCAAATTGCCAACATCCGCTGGATCATATTAAAAGCAAGAGTTTCAGAAAAACATCTACTTCTCCTTTATTGACGATGCCAAAACCTTTGACTATGTGGATCACAACAAACTGTGGAAAATTCTTCAAGAGATGGGAATACCAGATCACCTGACCTGCCTCTTGAGAAATCTGTATGCAGGTCAGGAAGGAACAGTTAGAACTGGACATAGAACAACAGACTGGTTCCAAATAGGAAAAGGAGTATGTCAAGGCTGTATATTGTCACCCTGCTTATTTAACTTACATGCAGAGTATATCATGAGAAATGCTAGGGTGGATGAAGCACAAGCTGGAATCAAGATTGCTGGGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGACACCACCCTTATGGCCAAAAGCGAAAAAAAAAAACTTGAAAGCCTCTTGATGAAAGTGAAAGAACAGAGTGAAAAAGTTGGCTTAAAATTCAACATTCAGAAAACTAAGATCATGGCATCCGGTCCTGTCATTTCACGACAAATAGATGGGGAAACAGTGGAAACAGTGGCAGACTTTATTTTCCTGGGCTCTAATATCACTGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGATGCTTAGTCCTTGGCAGGAAAGTTATGACAAACCTAGACAGCATATTGGAGAAGGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCACTAAGAGTTAGACAGGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGAAGCCTGTTGGGCTGCCGTCTATAGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGACAGCATATTAAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTCCATCTAGTCAAAGCTATGGTTTTTCCAGTGGTCATGTATGGATGTGAGAGCTGGACTATAAAGAAAGCTGAGCACCGAAGGGTTTATGCTTTTGAACTGTGGTGTTGGAGAAGGCTCTTGAGAGTCCCTTGGACTGCAAGGAGATCCAACCAGTCCATCCTAAAGATGAGTCCTGAGTGTTCACTGGAAGGACTGATGTTGAAGCTGAAACTCCAGTACTTTGGCCACCTCATGTGAAGAGCTGACTCATTTGAAAAGACCCTGATGCTGGGCAAGATTGAAAGAAGAAGAAGGGGGCAACAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACTGACTCAATGTACATGAGTTTGAGTAGACTCCGGGTGTTGGTGATTTACAGGGAGGCCTGGTGTGCTGCAGTTCATAGGGTTGCAAAGAGTCGGACACGACTGAGCAACTGAACTGAACTGATTTGATTACGTCTTTTAAAGCTAGGGAACCATTTGTCACCTTTTCTACATAGACTCTCTTACTTTGTTCTTTAGATTTCTACTCCTTTTCATGATTGCCCTTTATATTAATTTCATTCATATTTTAGCTTTATGAAATACTCATGTGGTGAGATTCACAGAATTACGTGCATTAAGCCCCACCCTTTTGAAATAATGCCCTCAATTGTAGGTGGACATAAAAATCTCAAATTTATCCCTTTGTCTCTTGTCACTCTTATTCCTGTACAGTGTGTAGAAATGACATAGATCCTGTTAATCATAGAGTTTTTAGGAATTTATATTCAGAGTGGAGTTTTAATCAGCTAGACAGGAGGATTGCTTTTTATGTGTTTTTTTTTTTAAGTGCCATTTGTATGTGATATACTCTGTCCATCTAGCTAGTCAGTTCTGTAAACATGCCATTGAAGTGTGCTGTTAAGTCAGATGCTTGCTCTTATCATATAGTTTTTATATATTAGGTAACCATACGAAGTTGCCACTTTATAAGTAAAAAAAAATTTTGGAGATTTGAAATTTCATGTGGTTCAACCTAATAGAAGACTATAGAATCTCAGAAAAGGAGCTTTTAATACTTGTAGCATGTTCCAAATTTTTCCTAAAAATCATATATTAAAAGTTTCTTATTTTTAAGGAAAAAGAAATGAGAAGACAGCAAGCTGTTCTTCTAAAGCATCAGGTCTGTATACACACAGTTATACAAATTTTTAAATGTAAATTTTATAATTTTTCTTAAATCTATTTTTTGAAAAATCTTCAAAATATTTTCTTAAAAATTTCCAATGTAATTCCTGCTTAAATTCCTTGCTTTGGTATTGGTGTCTTTTGGGGGGTTAAAAATTGGTTTCATGACTCTGTGATTTCTGTTTCATAATGTTGTGCCAACTCTTTCTACCAGGAGTTGGAGAGGCATAGACTAGATATGGTATGGGTATGTTTATTTTTGTACATCTAACACCGCATTGTGATTTGGTTGTGATATGGTTGTCATAGCAATGCATAAAGTGTAGCACTGGCTGCTGTCATATTACATACTGCTGCATGGCTTTACAGCACAGTGCATTGCATACATCTGCTTGTCTATCTATAAAAGAAATATGGTGTATATCCAAGATTTGTAATTGAATCATGCAAGCCTTAAATAGGCTGCTGTCTAAAAGTTTACATTACTGATGTCACAGTGAAAGTTGGATCACTATACAATTAGATACAATTATGACCCATATTCTCCCATCATTCTAGATGCAAAACTGCCATTGAATACAATGGGAATTTTGGGTTAGTTTGATGAGAGAATATGAAATATATTCTGGTTTTACGGACAAATTTTAGAAATTTTTAGAAATATCCCTTTGGGCGAATCGCATATATTTAAACAAAAAGAACTGTTTCAACATTATACCTATGTGATTTTTTTTAAATAAAAGGAGACTATCAAAGTAAGCTAGTGCTTACTTTATTTTCATATTGTGCCTTTTAGATTTAACTTGTGAGCCCATGGTGCAGCTTTAGTGGCTTTCAATACTGCATCAAGGGACAGACATCAGTAAACAGGAATATCTCATTTCATTGATGGTGTTATATGAACCATGACTAGTTTAAATTGGTGTTAAAGCTTTAAACAAAAACTTTCTAATTTGTCGGTGGATTATTGGATTTACAAAATGATAGTGTATTTGAAATAAAAGTAATTCTAAAACCGTGATGTAAAAGTGATTTTAAAGCAATTTCTGCCTGATCTAAATAAAAATTTAAGAACACAACCTTTAGTTTAATTGGCTATAGTACATATTTGTGGTTTTTCTAATAGCAGATGTAAGGTAACTGACCTGTTCCAGCCAACCATTATGCTTTTTGTTCTGCCAGCTTTTGAAGGAGCATCACAACTGACCATAAGTAAATCTTGTATGCTTCTGTTTACACTGTCTCCATGTTCATTGCTTTACCTTTTTGCTTTTGATTGTTCTTGTATTTGCTTTCTAAACCTGAACTAAAACATGCACAGACTGGCCATTCTTGTCTTATATTTAGTATTTACTGTGACTTGTCTATAAATGCTAAACATGCTACACAGAGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCCATTTGAAGATCAAACTGTTAACTATGATTGAGTTATATTCCTAATTTTATCTGGCTTAATAGGAACGAGAGAGAAGGCGACAACATATGATGCTTATGAAAGCTATGGAAGCTCGTAAAAAGGCAGAAGTAAGTGTATATTTCTTGAAAAATATTATCTTACCATAAATTAGTATTTTTCTTAAATGTTGACTCTTCTAAATATAATTGTTTTAGAGTATGGGTTTGTCATGGTTT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Seq C2 exon
GCATTGAAAGAGAGAGGTAATGGATTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020654:ENSBTAT00000027534:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.670 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]