BtaINT0025105 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020654 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain, 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:37126777-37133108:+
Coord C1 exon
chr2:37126777-37126880
Coord A exon
chr2:37126881-37132797
Coord C2 exon
chr2:37132798-37133108
Length
5917 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
ATTGTTCTTTTGATATATAGGGT
3' ss Score
6.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AGAACTGGTCAATAGAAGAACAAGCAATGGAAATGGATTTGAATATTCTTCAACAGGTAGAAGATCTAGAAAGGAGAGTTGCATCAGCAAGTTTGCAAGTGAAG
Seq A exon
GTAAAATTGACTTGGAATGAAATCTGTTTTTAGGATGATGGAAGGTAACTATATGTGTTATATGCCTGATATATGCCAGTTACTCTGCTAAATGTTTTCACTTTATCTCATTTAATTCTCAAAATGATCCTGAATTAATTTTCCCCATCTTACAGGTAAGGAACAAGACTCAAAGTAAGTAACCTGTCAGTGGTCATATAATAAATGGCCAAATGTGAATTCAAATCAAGTCTGTCTGACTCCAGAGCTTGTGTTCTTTTTTTTTTAGTAAATCTTGCTGCTCCTTAATAATTTTCAAAACTGTCATTTCTAGTATGCAGTTTTTTACCACAAGCATTATTTCACCTTTTTACCCATGATACATATAATGCTCTGTCAAATTCCTGCTATACTTTTTCATATAGACGAACTTCTTTACATCCAAGCCATGTTATATGTCAAAATTTCATTATATATAATTTAAAATTAGAGAATATATATCCAAATATACATTATACTATGATAAACATATTCGTGTGTATACCCTACATATATATGTAAATTTTAAATTAATTTATTTATCTACTGGGCACATGTATTTACCATGTCACAAGTATTTACCATGAACAGAACTGGCTTCTGATGGACAGGCAGGAGGAAGGCTTTATCTTTGTGCAAGAATTTTCAGTTTTGGAAAGAGGGGTGTAAAGGTTTTCTCAATTGATAATAAGGTGATGTCTCTGAGAATAAATGGATGGATGATGAATAAGTGTGAAATACCTGGAAAAGTTTAGAAAAATGTAGGCTCTGTGTAATTTGATTTGATATTTTGTGTTTTATTCAGATGAGAAATTTATGCTATAACATTATCCTGTGATATTTGGAAATTTTTGAAGCTCTCCCAAAAATGTCACTTTCCAGTTCTAATATCCCTTCTTGCCACAAACATAATTAATTACCGACTTCAAGAGGCAAAATTTATCATTTGTTGAATCTATTTTGCTAGCAAAAACTATATCTTCCTCCTAGTACTATAATATAAAAATGCCTCATTTACTTGGCATCTTTAACAAATGAGCTCTTCTACCAAGTTAATTTTCTAGAGAAATGAAAATTATTCCATTTAGTGCCATAATTTTTTTAACATATTTGTTGTATCGCTTATGGTATGCATTATACTGCCTTCTTAAATTGAGAATAAAGAGTTTGATTTAAATTATCTTGGTGACACAGGATCATGAGTGTGAAGACCAATTATTAGATAATGATTCCCTAAGGAAATGTGAAGATGGCCCCTACGTTAAATGATCCTAGTGTGCTTTGCTTTTTGTACAATCGTGACTGCTTTTCATAGTCTGTTTTTGTCTTCTCTCGTGATCGCTTGCTACTACTTGCTGGTTAAATTCGATTGGTTCTACTTGCCCAAATTTCCTCGAACTTCATTCATCTAATTTACTAGTTCTAATTGGCTGTTGGCTGGGAAAGCACATCTTCATGGTTTTTAATATTAAAGTCAGGGTATGGGCCTGAAGCATTTTCCTGGTGACATACTCATATTTTTGTGCATTAACCTTATCACATTACTAGCTGCTTAGACATTCTTGGCTGTGTTCTAAATATATAAGAAAAGTAGAATTTGTTTTTTCAAGTGAAATGTTTTAACATTAAAATAAGTATTGCTGAAATATTCTGTATTATTCTAATAAAATGAATTATATTCTTTAAGACTCTAAAAACACAAATGATGAAAATAACTGCAAAATATTATTTTAATATCTATACAAGATTTAATGATTTTTTTAAGAAAATAGAGTTATATGTTTAATGTGGGGAGCTAGCCACTGTGAAGAGACATTAAACAGGTGGCCTGTGGGACTACTTAGGTGCATTCATATATATTTTTAATATTACTTATAATTTGGAAATTATTTATTATTTTGTAGAAGAATCTTCAGACCTCTAGTCCTAGTTCTGTTGAGAGTTTATAAAACAACTACTCTTCTAGTTCCTCATAAGATAGCTCCTATGTCTCCTTCTTAGTTTTCTCTTTTACAAGTTAATTAATTCTTTCAACCAGAAATAGGTTCCATGTACAAAAACACCAGTGTCAATATCCTTCTTAAAATGTTGTGTCCATAGCTGTACATAGCGCTGTCTGAATGTGTGCATGGGACTGTTACTTTACTTAATCTGGCACTATTCTTCATTAATGCTGTTTGAATTTGTCCGAACTTTTTAGCATCCACATCATACTCGTGCTTTGCCAAGTATGCACAATGAAACAACAAAGCAAAAAACAAACAAAAAAAACCCTAGGCCTCTTTCCAAAGAGCTTTTAAGGGAGTTCTAGCACATGTAGTATTTCTGTTATTAGCTGCTTAAACTTCAGATCTAAAATTTACATTTATCATTTTTTTAAATAAATTTCGTTTGGGTTATTTTTCAGCATTTGGAACTATTTTTATCTTGGTCGTGTCATATGGAATATTAAACTTTCTTCCTAATTTTAAATCATCTGCAGATTTAATAGCAATCAACAAAGTTACTCCCAGTGTATTAACAGGACAAACCAAGTGCAGAGACTTTGACCGTTAGCACTGGGGACCTTTTCTGAGGTGATCCAAGTTCTGACAATCACCATTCTTTGGAAACGGTTTTCAACCCTCTAGACTTCTCTAATCTGGTCTTCGTTTTTTGTCTTGTCAACTGCTTTGCAGAGATCCACATACACTATGTTTACAGGGTTCCCTTGATTTGGCAAATTTAGTACCCCTTTCAAAATCTGGGAATGAGGTTTATTTGACATGACTTCTACCTAACGCACTTACACTATTCATAATTCTATGCTTACTTCACAAATATAAATGTTCTACTGAGTAAAGAAGAGGACTTGATTGTAATATAAAGATAAAATAATTATCTCTGAAAAGGTGTAATAAAAACGATAATGCTTCTTCTGTTTTGCATTTGATATGCATTTACTAAGTACCTAGTCAGCATCAGACAATAGGCACCACAATTTTGAATAAAATATGGTTTCTGCCCTCAGAAAACTTGTCATCTAATAGAGAGATAAGACATGTATACATCTCTGCAGAATCTGTTAAACTGATCATAGAGAAGTACAGAATCATGCATGAATTTAGAAAAAGAATACACAACTTCTGGTAGAGACATGGAAAAGATGAGGGAACATTCATGTAGAAGTTGAGATAGAGCTTGAGAAAGTGAGTCAGCTTTTGACAAGGAATGCCATACTAGAAAGAGTAAACAGCCTGAGCAGAGCACGAAGATCCAGAAGATTAGGACATGTTTTGTGGAGTTGTAAATTGTGGAATTTGACTACAGTGTAGGATTTGTGATGAGAACAGTACAGGAAGAGGTAGACTGAGGTACGGGAATGTCATAGTAAAAATGTGGACTTTGCTAAACAGTAGGGAAATTCTGACGGATTTTGAAGTAGATCAGTATAAGCAAGCTGAGTTATAAGATCATCCGTTTATTCAATCAACATGTAAATATTGAGTGCCTACTATTTACCTTCACTGTGCTGGAGATAATATGAAAGTAGACATGGTCCCTGTCCTCATGGAATTTAGAGGTAGAAAGATTAATCACAGTAGTATAAAATTGCAAGTACCACAAGTCTTGCTGTTGTTCAGCCTCTCCGTCGTGTCTGACTCTTTGCGACACTATGGTCTGCAGCACGCCAGGCTTCCCTGTCCTTAATCATCTCCCAGAGATTACTCAGACTCATATCCATTGAGTCGGTGATGTCATCTAACCATCTCGTCTTCTGTCATCTCCTTCTCCTCCTGCCTTCACTCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCTGAAGAATCAGCTCTTTGCATCAGGTGGCCAAAAGTATTAGAGTTTCAGCTTCAGTATCAGTCCTTCCAGTGAACACTGAGGACTGATTTCCTTTAGGATGCACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGATCAAAAGCATCAATTCTTCGGTGCTCAGCCTTCTTTGTGGTCCAATTCTCACATCCATACATAACTAATGGAAAAAATCATAGTTTTGACTAGACGGACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTTAATATGCTGTCTAGGTTTGTCATAGCTTTTCCTCCAAGGAGCAAGCATTTTTTAATTTCGTGGCTGCAATCAATGTGATTTTGGAGTCCCAAGAAAATAAAATCTGTCACTGTTTCCATTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAGTGTTGAGACCAGATGCAATGATCTTTGTTTTTTGAATGTTGAGTTTTAAGACAGCTTTTTCACTCTCCTCTTTCACCTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTTGCTTTCTTCCATAAGAGTGGTATTATCTGCATATCTGAGGTTATTGATACTTCTCCCTGAAATCTTAATGCCAGCTTGTGCTTCATCCAGCCTGGCATCTTGCATGATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGGTAACAATATACAGCCTTGACATACTCCTTTTCCAATTTGGAACCAGTCCATTGTTCCATGTCTGGTTCTAACTGTTGCTTCTTGACCCGCATACAGGTTTCTCAGGAGGCAAGTGAGATGCTCTCATATTCCCATCTCTTGAAGAATTTTACACATTTTGTTGTGATCCACACAAAGACTTTAGTGTAGTCAATGAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTTGATGATCCAGCAGATATTGGCAATTTGATCTCTGATTCCTCTGCCTTTTCTAAGTCCAGCTTGAACATCTGGAAGTTCTTGGTTCACATACTGTTGAAGCCTAGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTCCTAGCATGTGAAAAGAGTGCAATTGTGCGGTAGTTTGAACATTCTTTGGCACTACCTTTCTTTGGGATTGGAATGAAAACTGACGTTTTTCCAGTCTTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGC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Seq C2 exon
GGTTGGATGTGTCCAGAACCTGCATCAGAAAGGGAGGACTTGGTATATTTTGAACATAAGTCATTTTCTAAATTGTGCAAGGAGCATGATGGAGAATTTACTGGCGAAGAAGAAGGCAGTGCACATGCACTGGAACGGAAGAGTGACAACCCCCTAGATATAGCTGTAACCAGGCTGGCTGATTTGGAGCGGAACATTGAAAGAAGGTATCTGAAGAGCCCCTTAAGTACCACCATTCAGATCAAACTGGATAATGTGGGCACAGTTACTGTCCCTGCTCCTGCACCATCCGTTAGTGGTGATGGTGACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020654:ENSBTAT00000027534:37
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.012 A=NA C2=0.315
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]