HsaINT0016842 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000123636 | BAZ2B
Description
bromodomain adjacent to zinc finger domain 2B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:963]
Coordinates
chr2:159337567-159347646:-
Coord C1 exon
chr2:159347486-159347646
Coord A exon
chr2:159337773-159347485
Coord C2 exon
chr2:159337567-159337772
Length
9713 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
ACTATTCTCTTGATATATAGGGT
3' ss Score
6.05
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGTTGGATGTGTCCAGAGCCTGCATCAGAAAGGGAGGACTTGGTATATTTTGAACATAAATCATTTACTAAATTGTGCAAGGAGCATGATGGAGAATTTACTGGCGAAGACGAAAGCAGTGCACATGCACTAGAACGGAAGAGTGACAACCCCCTAGATATAGCTGTAACCAGGCTGGCTGATTTGGAGCGGAACATTGAAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123636:ENST00000392783:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.118 A=NA C2=0.176
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development