Special

BtaINT0036777 @ bosTau6

Intron Retention

Gene
Description
centrosomal protein 350kDa [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24238]
Coordinates
chr16:62676472-62685957:+
Coord C1 exon
chr16:62676472-62676641
Coord A exon
chr16:62676642-62685770
Coord C2 exon
chr16:62685771-62685957
Length
9129 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ATAAGAAATTTACTTTACAGGGC
3' ss Score
5.95
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTGGGGGTCACAGTTTAGGCATTCAGGAGGATCATTCTAGCAGAAAGTCTGCCTATGATCTCTCCTCTGTGGATGTTACTTCCCAGCACTCATCAGGGGCCCAGTCTGCTGCATCGTCTCCTTCTTCTTCTTCTAAAGGGAAGAAAGGAAAAAAAGAAAAGATAGAAT
Seq A exon
GTAAGTGGAATCTGTGTGATGATCTTTTTCTCTTTACCAGTGGCTTTGTGACTGATCTAAAGTTAACAATTTGATTTCATAAGTTAGATAACTTCGTTATGATAATAGTATAATTGACTTTCATACTTACTTATCATTACAATAATACCTTTTGATATATAGCATTATAAATCTTTTGCTTACTATGAAAGGAATACATTAACAATGGTAAAATATTAAAAGTTGTAGAAAAACAATTGTACAACAATTATAAACCACTGTTGATTCTTCTCCTCAGAGATAACTACTATTGATGTTTTTGGTGCCTATTTTTCCAATATGTACATAAAACCAGGCACACTCCCACATGCATTTTAATGAAATAATATTTTGCAGCTGCTTTTTAAAAACTTTGTATCCTGTATGTTTCTGAGTGTTGTTAAATATAATGGTCAAATTTCTGTATCTACAAAGGGAAGATGATAATAAATGCTTTCTATGGTAATTTTGAAGCCTACATATATAATATGTACATCTCAGTACTTGCCACAGTAGCTGGCCCTTTGGCATTCTTGACTAATTGAGAATACCTTTCAGTCCCCTCAGTTCTACTGGCTATAATTTGCTCAGTAGGCCTAATGATGAGAAGATAACAGTCATTAGGCAAAGGCCTCTTAGATTCACAGGATGGTCTCTAGGGAATGATTTTGCTTCCACAATTATTTTTTCTAATAGTAAAAAATTGCTTGTTGAGTTAAAAAAAAAAAAAAGACTGGGGAGGACAAATGTATAAATATAGAAAGCTATTTAAAAATGAAAAATCATCTGTATTCCCTCCACCTAGAGATAACCAATGTTAATGTCTTTTTAGATTTTATTTTACTGTGATAAAATATACATAATGTAAACTTATCATTTTAACCATTTTCAAGTGTTGAATTCAGTACTGTTAATAAGCATGTTCATTGTGTTCCACAACCATCATCATTACCCAACTCCAGAACTTTTTCATCCTGCCATGCTGAAACTTGGAACCCATTAAACAGTAATTTCCCTTCCCTGAGCTGCTGCTAACCACTGTTCTACTTTCTGTTGCTAAATTTGACTACTCTAGGTACTTCATATAAGTGGCATCGTCCAATATTCTTTTTGTGTCTGGCTTATTTCATTTAGCATAGCATCTTCAGATTTCATCCACATTGTTGCATGTATCAGAATGTCCTCCCTTTTTAAGGCTGAATAATATCCCATTATATGGATATACCACATTTTGTGTATTCTTTGATCAGTTTATGGGTATCTTGGTTGTTTCATCATTTTAGCTATTGTGAGTAATATGGACATGAACATTGGTGTACAAATACTGTTTGAGTCCCTACTTCCAGTTCTTTTGTGTATATATCCAACTGTAGACTTGCTGGATAAAAAGTCATTTCTATATTTTAGCTATAACATTTTACATTCTCACCAGTAATGTACAAGGGTTCCAGTTTCTCCACACATATACTAACGCTTGTTTTGTAGTTTTTGTTTTTTTAAGAATAGATATCTCAATGCATGTGAAATGTTAACATTTTTAGTGAGAATACTTCTAGACAGTTAGTAGGCATATGTAAATAGAAAATGTTACATGTATGAGATCACATTTTATGTGATTTTTTTTTTTTCCTGTCAATGGGTTACAGAAACCTTTCTCTGTTAGTAAATATGGTTAACCCTTTTTAAGGGCTTCCTTGTTTGTTGTTTAGTCACTAAGTCTGAATCTTTTTGCAACACCATGGACTGTAGCCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTCCCAGGCAGGAATACTGTAGTGGGTTGCCGTTTCTTTCTCTAGGGGATCTTCCAAACACAGAGAGCGAACCCGCATCTCCTGCATTGCAGACCGATTCTTTACCACTGTGCCACCCGGGAAGCCCAGTGGCTACCTAGTATTCTGTTGTTTGAATGTATTGTAATTTGTTATCCAGTTCCCCATTGCTGGACATTTAGATTCTTTCTTTTCTGTAATAAACACTGCTGCATTTTCTATAATAAACACTGTAAGGCATTGAATAGCCTTACAAATGCATCTTTACACATTGATCTGGTTCTTTTAAGAGAAAATCCTAGAAGGAAGATAATGGACAATGAGTATAACTTGCTTAAAATTTGGATACATTTTGCTGAATAGCTCTTCAGAAAGCTAGTGCCACTTTATACTTCCAATGTGAGACTGCTAGGAGAGATTTTTTTCTTTTAATTTTAATTTTTTTATTGAACAATAATTGCTTTACAGAATTTTGATGTTTTCTGTCAGATCTCAACATGAATCAGCCATAGGTATGCATATATCCCCTCCCTTTTGAATCTCCTTCTCATCTCCCTCCCCATCCCACACCTCTAGGTTGATATAGAGTCCTTGTTTGAGTTTCCTGAGCCATACAGCAAATTCCTGTTGTCTGTCTGACAGTTTTACATATGATAATGTAAATTTCCATGTTACTCTTTCCTCCCCTCTCCTCCCCTCACCCCATGTCCATAAGTCTATTTTCTATATCTGTTTCTCCATTGCTGCCCTGTATATAAATTCTTACAGTAACATTTTTTTAGATTCTGTATATGTGTATTAGAATAGATATTTATCTTTCTCTTTCTGACTCACTTCACTCTGTATAATAGGTTCTAGGTTCATCCACCTCATCAGAACTGACTCAAATGTGTTCCTTTTTTATGGCTGAGTAATATTCCATTGTGTGTATGTACCACAACTTCTTTATCCATTCATCTGTCGATGGACATCTAGGTTGCTTCCATGTTCTAGTTATTGTAAATAGTGCTGCAAGAAACTGGGATACATGTGTCTTTTTCAGTTTTTATTTCCTCAGGGTATATGCCTACGAGTGGGATTGCTGGGTCATATGGTGGTTTATTCCTGGTTTTTTAAGTAATCTCCATATTGTCTTCCATATTGACTGTATCAATTTATATTCCCACCAACAGTGCAAGAGTGTTCCTTTTCTCCACACCCTCTCCAGCATTTATTGTTTGTAGACTTTTTGATGAGGGCCATTCTGACCAGTGTGAGGTGATATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTTTAATAATGAGCGATGTTGAGCATCTTTTCATGTGTTTGTTAGCCATCTTTATGTCTTCTTTGAAGAAATGTCTGTTTAGGTCTATTCCCTACTTTTTGATTGGGTTGTTTGTTTTTCTTGCATTGAGTTGTATGAGCTGCTTGTATATTTGGGAAATTAATCCTTTATCAGTTGTTTCATTTGCTATTATTTTCTTCCATTCTGAGGGTTGTCTTATCACCTTGCTTATAGCTTCCTTTGCTGTGCAATAGCTTTTAAGTTTAATCAGGTCCCACTTGTTTACTTTGGTTTTTATTTCCATTACTCTAGGAGGTGGGTCATACAGGATCTTTTTGATTTATGTCACTGAGTGATCTGCCTGTGTTTTCCTCTAAGAATTTTATAGTTTCTGGTCTTACATTTAGGTCTTTAATCCATTTTGAGTTTGTTTCTGTGTATGGTGTTAGGAAGTGTTCTAATTTTATTCTTTTACATGTAGCTGTCCCGTTTTCCCAGCACCATTTATTGAAGAGGCTGTCTTTCCCCATTGTATATTCTTACCTCCTTTGTCAAAGATAAGGTACCCATAGGTGCATGGGTTTATTTCTGGACTTTCTGTCTTGTTCCATTGGTCTATATTTCTGTTTTTGTGCCAGTACCATACTGTCTTGATGACTGTAACTTTGTAATATAATCTGAAGTCAGGAAGGTTGATTCCTCCATCTCTATTCTTCTTACTCAAGACTGCTTTGGCTATTTGGGGTTATTTGTGTTTGTATATGAGCTGTGAAATTTTTTGATCTAGTTCTGTGAAAAATGCCATTGGTAATTTGATAGGGATTGCATTGAATCTATAGGTTGTGTTTGGTAGCATAGTCATTTTCACTTTCCTACCCAGGAACATGGAATGTCTCTCCCATCTGGTTATGTCATCTTTGATTTCTTTCATCAGTTTCATACAGTTTTCTGTGTATAGTTCTTTTGTCTCCTTGAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCATGTCCGACTCTTTGCGACCCCATGGACTGTAGCCTACCAGGCTCCTCCCTCCATGGGATTCTCCAGGCACGAGTGGCCTTAGGTAAGTTTATTCCTAGATATTCTTTTTGTTGCAATGATGAATGGGATTGATTCCTTAATTGCTCTTTCTGTTTTTTAATTGTTAGTATATAGAAATGCAAGTGATTTCTGTATATTGATTTTGTATTCTGCAACTTTTTTTTTTTTTTCTGCAGCTTTTCTTAACCTCACTGATTAGCTCTAGTAATTTTCTGATACTATCTTTAGAGTTTTCTATGTAGGGTTTACTTCTTCTTTTCCAATCTGGATTCCTTTTATTTCTTTTTATTCTTTGATTGCTGTAGCTAGGATTTTGAGAACTATGTTGAATAATAATGGTGAAAGTGGACACCCTTGTCTTGTTCCTGACCTTAGGGGGAAAGCTTTCAGTTTTTCACTATTGAGAATAATGTTTGCTATAGGCTTATCATATATGATCTTTACTATGTTGAGGTATGTTCCTTCTATGCCCATTTTTTGAAGATTTTAGTTATAAATGGGTGCTGAATTTTGTCAAAGGCTTTTTCTGTGGCTATTGAGATTATCATATGGTTTTTGTCTTTCAGTTTAATATGGTGTATCACATTGATTGATTTGCGTATATTGAAGAATCCTTGCATCACCGGAATAGACCCAACTTGATCATGGTGTATGAGCTTTTTGATGTGTTACTGAATTCTGTTTGCTGGAATTTTGTTGAGGATTTTGGCACCTGTGTTCATCAGTGATACTTTGCTGTAGTTTTCTTTTTTTGTGTTGTCTCTGGCAAGGAGAGGTATAACTCTCTTGCGCATTGGAAGTGTTCTTTAAAACAGATTAGAACATTAGACATTTTATCAACACTTCTCAAAGCCTGTCTTTTCTTGTGAAATACTGATTCACTGCAGTAGGCCGCTTCATAGGTGTTCTGAGAACAAAAGAACTCCCATGATTCCACAAACCTGGGAAATGCTTTTAGAGTGAAACAGGCTTCTTTCTAACAGGACTTATCAATACTTTTAATATGCTGATATGGATTATTTAGGATGAGGATGAGACTATAGTGTGATATTTTTCAAATTTATTTGACCACAGAATCAGTTCTTCAGTTAGCATGTTACATACAAATTCAGCAGAATACATTTCAGGAAATGATTTTGCTCAGTTTTTTTTTTTTTGCAGTTGTTATGCTTTATTATGTTAGTTTCTCACCTAAGGTTACTAACTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCAACTGTGTGACCCCATAGACAGCAGCCTACCAGGCTCCCCTATCCCTGAGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTTAGTCGTGTCCGACTCTTCGCAACCCTATGGACTACAGCCTACCAGGCTCCTCTGTCCACGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATGGCCTTCTCTGAAGGTTACTAACTAGTTATTGGCAAAACCTAGATTCTGACTTCTAACTTATAAATCAAGTTTATGTTTTACTATAATATATTGTACAACTTAAGATATCATGATATATTAAATTATGAGCGTAAACAATATGATTCAGTGTAAGTTTTAAAAATTATAAGCTAATCCTTGATTAGGTGAAATACAGGTAATTTTTTATGGTTTTCAGTTTCCCTGATTCCTTCTCACAGTGCCTTAAGAAAACCCATATATTTTACTTACCACAGCATCAACTTAAACTTAGTATCTTATCCCAAAGTTCTAAGATGTATACATTTTGTTGCATATACTTCGATCTGGTGGTGAAAAAGAGTGCGTGCTCACTCACTTCCTCAATGTTGATGAAAAGAGTAGATGAAAGTGGTAATCATAAGAAAAAAATTATGTTAATTTAACTTTAAAACATATAAATATACTTTCATTTGGAAATCTTTTAAACTAGGGGCAGATGATTTCTTTGCATATAGGTCCCTTGAATGGAGTTTAGATCTTTCTTGCATAGACCATTGTATTGTCTACGATTTCTAGTTTTTTGAAATGAACAGTTTTTAAATTGTGTATTTTAAAAAATAATATATTAAGTGAATGAATTGTTTTTATTCTATAAGAGTGCATCTTTATTATGGTAAAGTTAGAGATAACCAGTATTAACAGCTTGTTTCTAGCCTAGGGGTCATAAATAGATATTAGATTGTAGAATCCTTTCTAATTGATGGACAGTCCTATTTGTATTTTTCTCCTCATTATGATATACTGACTAGCATATTTAATTCATTGTATACATCCTCACGTAGCTTCCTAGGATAAATTGCTATGAAGAATTCCACTGTCAAGGGTTTGGCTGGAAAATTATTTTTATGTATTTTTTGAGTTGTCCTTAAGAAAGGATATATGATTCCTTAAAAAACTAGGAATAAAGCTACCATATGACCTAGCAATTCCACTACTGGTCATATACTGTGTGAAAACCATAAATGAAAAAGACACATGTATCCCAGTTCATTGCAGCACTATTTACAATAGCTAGAATATGGAAGTAATCTGGATGTCCATTGACAGATGAATGGATAAAGATGTGGCATACACACACACACACACACATATACATATACACACACACAATGGAATATACTCAGCCGTAAAAAAAAGAATGAATTTGAGCCAGTTCTAGTTAGGTGGTAGATTTACAGAGTGAAGTAAATCAGAAAGAGAAATATCATATTATTGCACATAAATGGTATCTAGAAAAGTGATATTGATGAACCTATTTTTAGGGAAGGAATGGAGATGCAGATACTGAGAACAGACTTGTGGACACAGTGGAGGAAGGACAGTGGAACAAATAGAGAAAGTAGCATCAGCATATATACACTACCATGTGTAAAATAGATAGCTGGTGAGAAGTTCCTATATAACACAGGGATCCCAGCCAGGTGATCTGTGATGATCTAAAGGAGTAGGATGCGGGGAGGGGAGGGAAGCTCAAGAGGGAGTTGATGTATGTATAACTATGGCTGATTTACATTGTTGTATGGCAGAAATTGTCATAATGTTGTAAAGCAGTTTTCTTCCAATTAATAAATTAAAAAACAAAGAATATATGAGTTTGCACTCCCATGAAAATGGTGTGTGAGTATTATTTCATGTGTGTGCTGAATGACAGTCAAGGTTACATTACTTCAAAAATATTTGCTAATCTGATATTGAAAAATGGCATCTCATTGATTTGCATTTCTTTGGTACTTGGGTTTAATATTTTTCACATGGTAAGACTGTTCAAGTTTTTCCTTTTCAAACCAAATTTTGATGAAAAATTGTTACTTTATTACCATCACTACAGAATAATGTAGCTTAATTTTAAAATTTATTTTCTGTGTGACAAACATAGCTAACATAAAATTTGCCATTTTAACCATTTTTAAGTGAACCATTCAGTGGCATTTAATTTATTCAAACTGTTTACAACTAAGTTTCACTACTATCCACCTCCAGAACTACTTCATCCTCCTGTACTGAAACTCTCTATACCTATTAAACAGTGATTCCCTGTTCCCCCCTTTCCAGCCCCTGGCAGCCCCCATTCTACTTTCTGTCTATGTGGTTAAGTGTGTAGTTCAGTATCATTAGGTACATTCACAGTGTGCAACTGTCACCATTTCATTCATCACAGCTGTTTCATTATTCCAAACTAGAACTCTATGCCCACTAAATAATAGCTTTCATTCTCCCCTCTGCCATTGTGTTTCTATGAATTTGTCTATTCTAGGTACCTCATATAGATATGTAATGATACTATTGTTCTTTTGTGACCAAATGGCTTGTTTTACTTAGCGTAATGTTGTCAGAGTTCATGCATGTTGTAACATGTGTCAAAATGTCCTCCTTTTTTAAGACTGAATAATATTTCATTATATGTATATACCAGTTCTGCTTATGCAGTCATTGTTGAAGGACATTTGAGTTGCTTCTGCCTTTTGGCTATTGTGAATAATGCTGCTATGAACATGGGAGTGCAGCATAATTTGTTTTTTACTTTTCCATTGTCTTTTGATCTTTAACCATTTAAAAACCAGATTAAAAAAAATTTAGCTGCCATTAAAATGTGTACACGGTTCTTTTGTGCCTTTTTTTTTTTTAAACATAGCGTGCATTTTTCTTTGCTGCTATTGAAGCATATCATCAAGATGAACAATGCCCTAAAGTCTGGGTTTATGTCCTATTTCTGCTGTCAATCATGATTCCTTAAGTTATTTAGCCTCATAGATCTCTAGTTACTGCATCAGCAAATTAAACATACAATACCTACTTCATAAGGTGTTTAAGAGCAATAAGGTAATGTATGTGTTCAAATTACAAAAAGCTGTTTCTTTATTCAAGTTACTATTATCTATGTAATTTAGACAATTCTATTGCTGGTAATGGAGGTTGAAATTTTTTTAATTATAAAGTTATACTTTGAATGTCATGTACAACTTTTGTTTCAACAGTCTCCTTAAGATACCCATATAAGTAAAATTATTTTGAATCAGAGAATAATTGTTCAGAGAATATGAACAGTTTTGTAAATCTGGGTGCGTAGTTCTTACCATAGAGTTTTTCAAAAGGATTATGTAGTTTAGTTGACAGTTGATAACCTTTTTCTCTCACCTCTGAGTTTTACCCTTAAAAATGTGGTGGTGGTTACTTTCTTATAGGGACAGAGTAGTACTTCATTCTTATTTAATATGCTTGTCTTTTTTCTGAACCATTTGATTTAAAAAGTTTATTTTTTAATAGCAAGTAGATATTAATGGAAGAAATGTCACTTCCCTTATATGGAAGTAAAGAAAGAACTGCATTAAAGTCCATTTTAAGATATTCTGGTTTGTGTTTTTCATTATTTTATTGAAATCTAGGTGTTATCTCTTAGTAGCTTCTAATACTGGGAATCAGTTTTATAAGAAATTTACTTTACAG
Seq C2 exon
GGCTAGATTCACTCACTGGAAATATTCAGAACTCACTTGTTGATGAAGAAAAAGTACACTCTGGTTCAGAACGTGGCTCTCATCAAGGAAAGAAATCTGGGACCAGTAGCAAACTTTCTGTGAAAGATTATGAGCAGACTCTTGATACCGATAGCACTTTGGAAGAAATTTCTGGGCATTCTTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008082:ENSBTAT00000010631:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.960 A=NA C2=0.836
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development