BtaINT0036777 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008082 | CEP350
Description
centrosomal protein 350kDa [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:24238]
Coordinates
chr16:62676472-62685957:+
Coord C1 exon
chr16:62676472-62676641
Coord A exon
chr16:62676642-62685770
Coord C2 exon
chr16:62685771-62685957
Length
9129 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ATAAGAAATTTACTTTACAGGGC
3' ss Score
5.95
Exon sequences
Seq C1 exon
TATTGGGGGTCACAGTTTAGGCATTCAGGAGGATCATTCTAGCAGAAAGTCTGCCTATGATCTCTCCTCTGTGGATGTTACTTCCCAGCACTCATCAGGGGCCCAGTCTGCTGCATCGTCTCCTTCTTCTTCTTCTAAAGGGAAGAAAGGAAAAAAAGAAAAGATAGAAT
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCTAGATTCACTCACTGGAAATATTCAGAACTCACTTGTTGATGAAGAAAAAGTACACTCTGGTTCAGAACGTGGCTCTCATCAAGGAAAGAAATCTGGGACCAGTAGCAAACTTTCTGTGAAAGATTATGAGCAGACTCTTGATACCGATAGCACTTTGGAAGAAATTTCTGGGCATTCTTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008082:ENSBTAT00000010631:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.960 A=NA C2=0.836
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development