BtaINT0038246 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020931 | CHN2
Description
CHN2 protein; Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q0VD41]
Coordinates
chr4:67086655-67104795:-
Coord C1 exon
chr4:67104718-67104795
Coord A exon
chr4:67086740-67104717
Coord C2 exon
chr4:67086655-67086739
Length
17978 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TTCTGCGTTTTGGCTTACAGGTC
3' ss Score
11.12
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCCTCCCTGGTCCGAAGGGCCGCCCTCACACACAACGACAACCACTTCAACTATGAGAAGACACACAACTTTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCACACATTCCGAGGCCCGCACTGGTGTGAGTACTGTGCCAACTTCATGTGGGGGCTCATTGCCCAAGGGGTCCGGTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020931:ENSBTAT00000027880:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=11.5)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=FE(52.8=100),PF087466=zf-RING-like=PU(48.7=65.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]