RnoINT0036170 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009411 | Chn2
Description
chimerin 2 [Source:RGD Symbol;Acc:620140]
Coordinates
chr4:84424804-84439821:+
Coord C1 exon
chr4:84424804-84424881
Coord A exon
chr4:84424882-84439736
Coord C2 exon
chr4:84439737-84439821
Length
14855 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
ATTCTCTGTTTGACTCACAGGTG
3' ss Score
9.9
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCTTCACTGGTCCGAAGAGCTGCCCTCACACACAATGACAACCACTTCAACTATGAGAAGACACACAACTTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCACACATTTCGGGGCCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAATTTTATGTGGGGGCTCATCGCCCAGGGAGTCCGGTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009411:ENSRNOT00000012655:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=11.5)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=FE(52.8=100),PF087466=zf-RING-like=PU(48.7=65.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]