DreINT0046624 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101735 | chn1
Description
chimerin 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1934]
Coordinates
chr9:2530715-2538521:+
Coord C1 exon
chr9:2530715-2531111
Coord A exon
chr9:2531112-2538436
Coord C2 exon
chr9:2538437-2538521
Length
7325 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TGTGTGTTGTTGTCTGTCAGGTG
3' ss Score
10.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCCTATTGGGAGTTTTGATATAATCGGTCTGTTTTTATTGCTGTGGAATTGCTGCAGGATGCCGTCCCGCTATTAGAAGTTTTAATTAGTTTATTTTATAATCAGTGTGGGTTTTTTTTTTTTTGGTGTGTAATTGCTGCACGATGCCGTCCCGTGAGTCGTACGTGCTCCGCAAAGAGGAGAAGTCTCTGGTGCACAAGGCCAAGGCGGAGGGCAAGGATCAGGGGATGGTGGCGGCCGCTCTGGGGATGAAAATGAGTCCTCAGAAACCTCCGGCCGCTCTCTGGCAGCCACTCAAACTGTTTGCTTATTCGCAGCTCACGTCGCTGGTCCGCCGAGCCACGCTGAAGGAGAGCGAACGCGTGCCCAAATACGAGAAAGTCCACAACTTCAAG
Seq A exon
GTAAGACCTCATGGTTTACTTATGGGGTTGTTTGGGGAGGTTTGGTAGGGATTTTTGCATGTGTGAGAAGGTTTGAGGGATGATAATAATAACAATAGTAATAAAATAATAATAATGATGATAATAATAGGTGACGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGTAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGCCTTGGCTGGCTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTTGCGTGGGTTTTCTCCGGGTGCTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGAGAAATTGGGTAAGCTTAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGGGAATGAGTGTGTATGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGTAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATAAGTTGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCCACTGTGGCAACCCCTGATTAATAAAGGGACTAAGCCAAAAAGAAAATGAATAATAATAATAATGTTTTTGGCAGGATTTTGCATGTGTAAGAAGATTTGATGGATAATTATAATAATAAAAATAGCAATTATTTTGTTAATTTGCCAAAAATATTTCCAGGTTTACTTTTAAATCAGTGTAGAACTAAGACAATTTTACCAATAATAATAAAAATTAAGAAATAAATAAGTAGTAATATTTATAATAATAATAAATAAATAAACGGGCAATAACAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAACAATTTTCTTAATTTACCAAAAATATTTCCAGGTTTAATTTTGAATCACCATTGATCTAAAGCAATTTCGACAATAATAATAATAGTAATAATAATAATAATATTAATAATAAATGTTCATAACAATTAAGTAATAATAATAAACAATTTTGTTAATTTACCAAAAAGTATTTAATTTAAGGGAAAAGCAAAATAAAATTGACAAAAATGTGAGGACTTTTATAATACAACAACAGCATAAACTAGTGAAATATATGTAATGAATCAGGGTAGAACTGAAATTATTTTATTGACAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAGTGACAATAATAAACAGTTTTGTTAATTTACCAAAAATATTTTCAAGTTTATTTTTGAATAAACTGAGACAACTGAACTAAGACAATTTTGAAATTAACAATAATTTAAAAATAAATTAATTTAATTATTTAAATAATTTAATTTTACCAAAAAAAAAAATTACATTTGGGGAAAAACATTCATTTGTTTGTTTGTTTGTTGTCAGAATTGTCTCAGTTGTACTCTGATTCGTTCACAGTATTTCAGAATTTTCCGATGTTATTGCATTAAAAGTCTGCACATTTTTGTCAAATGTAATTTTTCTTTTTTCCCAAATTTTATTCTATTTATTTATTTATTTTTATTATTTTCTTATTTTATTCATTAAGTTCACATAATTGAGTTTGTGCTTAAGAACAAAAAGCTCTTTGACAAGATGAGAAAATAAACCTAGAAATATTTTTGCTATATTAACAAAATTATTTATTATTATTTTGAGGATTTATTTATTTATTTTCATTCATTTATTTTTTTCCAAAATTGTCTCAAGTTTACCCAGATGATACTTTGGTGGCATTATAGAAGTCTACAATTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAATTTTTTCTTTTAATTCTTTTTCTTTATATGTAATAGTGTTGTCACGATACTGGAATTCGATACCAATGACTACTGAAATGTTTAAAAACGTCCATTTCCCACGAACATTTGAGTGCTTTTGAGCACGTTTTTAAACAGCGCTGATTTGTCATTGTGTTCAAGTGCTCAACGGAAATGACTGGGATTGGCCGTGAAGATCATCAGTTCACTGAACTCACTGCTGTTTACTGAGTGTAAAAACGGATATAAGAACACTGGAGCGTTTTAAAACCGCGATTCAACAGCGGATCGCTCGTGTGATAGCTTATAGACCAATCATTTAATGGACATTTTTATATTCCGGTATCATGACAACCCTAATTTATATATTATTATATAAATATTATTAGTATTATTAAATATTTTTTCCTTTTTTTCATGCATCAAGTTCACATAAATGAGTTTGTGCTTAAGAACAAAAGTTCTTTACTAAAGAGATGGGAATATTTTTGGTATATTAACAATTATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAACCCTCATTTATTGAAATGTATATCAGTCTTGCTGGTATGTGAGTCACGTCCAGAGTGAACATGTCATCAGATGTTATGCAAATCCCCCCAAATGTGATTTAAATACGTCCCGAGGGGTGTGTTGTTGCCGTGGCAGCGGGTGCAGGTTGCTGGAGTCAGTTAACACCATGTAAAGCATCAGTGTGTTGTTTAAGACTGCGCTCTTCAAGTCCAGATCAGGAAAACACAGCTAATAAACACATCTCCTGCTGCACTGGAGAGGACGACAGAGACAGGGAGGTTGTTTGAGGTGACAGATGGACAGATTAAGAACTGATAGAGGATTGGGAAACAACGCGGTTTCCTGATTTGGGTTTTATCATCAGGAGCAGGTAGAGACCCCCAGCCCCCCATCTGTGGTCCAGCAACCCTCACAGACTGCTGACTCCACAATCAGCCTTTCTGCTCTTTTCTTCTCTCACGCTTGCTTTTTTCTCTCGTCGTCGCATGCTAGATGCTCAGATACAGGATGATGACTGCTTTTGGTTAATTTCTGGCTAATATGTTTAGTAAATACTGGTTAATTAAGCTAATAATAGTTATTGTTTGGTTATAAACAGGGCTATCAGCATTTACACCGAACATTCCTTTAAAGACTGTAAATGGCATAGTGTAGTCAGTCAGATCATTTCAGAGAATTAAAAGTGGGATGATAGGAGTCGTGGATTTGCCAAAGAAAATATTGGATCATTAGTAAATAGTGTGTATGCGTTTTTAAATTTCCGTTCATTAATAAACTTAATTATTTGCAGAAGAATGAGAATCCTGGGTTTATCAAATGCATAATTATTCAATTATTACATAGTTATTTTATAGTTGCAGTCACTTTAATTACATGCATTCTCAAATTTTCATTAATAAACAAAAATAACTCGTCTGCAAACGGGCGTGAGAATCCTGTATTTATCATACATTATTAATATGTTATTACAAAGTTGTAACATAGGTAATACATAATTATATAGTAATAATTAGTCGCAGTAATTGCATGCATTCTCAAATTTCCAATAACAAAACCAAAAATCTGCAGAGTGGTAAGAATCCTGGGTTTATCATATATATTATTAATACGTTATTACATATTTATAACATAATTATTACTTATTATATAGTAATAAATAGTCACTTTAATTACATGATCAAATTTCCATTAATAAACAAAAAAAACTCATCAGCGAAGGTCAATCAAAATCCTGGGTTTATTTAATGCATTATTAATACTTTATTACATAGTTGTATCATAGGTATTATATGGTAATAGTCACTTTAATTACATGCCTTTGTACATTTCCATTCATTAATAAACAACAACAAAAAAAACTCTTCTTCAAAAAGACCATGAGAATTCATTATTGCGGTATTATATAGTTATAGCATAGCTAAAACATGGTTATTATATAGTAATATATTATCACTTTAATTATATACATTCTCAAATTTCCATTAATAAACAAACAAACAAACAAATAAAAACTCGTCTGCAAATGACCATAAAAATTCCTGGATTTATTAATGCATGATTAAATCGTTGTTGCATAGTTATTATATAACATAGTAATAAACATCTCTGTAGTTACATGCAATGTTAAATTTCTATTTATTAATAAACAAAAAACTAAACTTCTGTTAAGGACCATGAGAAACCTGGGTTTATTAATGGATTAATAGGACTTTATTTCTTGGTTATTATATAGTAGTAGTGACTTCAATTGTATACATTCCCAAATTTCCATTAATAAGCAAAAACTTGTAATCCGTAAAACAAAAACATTATTAATATGTTGTTAATTATTTATAACATAGTTATTACATAGTTATTATAGAGTAATAAATTGTCTCAAATTGTCAGTAATAAACAAACAAAAAACTTGCCTGCAAAGGGTCGTGAGAATCCTAGATTTATCAAGTACATCATTAATATGTTTTTACAAAGGTATAACATAGTTAATACTAAATTTTATAGCAATAATTAGTCACAATAATTACATGCATTCTCAAATTTCCAATAGTAAACAAAAAAAATAATTGCAAAAGGTTGTAAAAATCCTGGGTTTATCATATATATATTATTAATACATTATTACATATTTATAACAATTATTACTTGGGTATTATATAGTAATAAAGAGTCACTTTAATTACATTATTAAAGTTCCATTAATAAACAAAAAAACGTATAATCCTTAAAACAAAAACATTAATAATACATTGTTACATATTTATTACATAGTTATTACATAGTTTATATATATGTATATATGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATACACACACACACACACACACTATTTATATAGTAATAAATAGTCTTGTTGTCATTAATAAACAGAAAATCTGCAAAGGACGATGAGAAGCCAGGGTTCATCAAATGCATTATTATTACGTTATTACATAGTTATAATATAGTAACTATATTGGAATAAACAGTCATTGTAGTTTCATGATTCCTAAATTTTTATCCGTTAATAAACAAATCGAAGAAAACTTTGTCATTGAATAAAAGTCAATATTCCCTTTAGTTACATGCGTTCTCAAATTTCCAAAGCATTCTGTAAATTATGATAAGAATCCTGAGTTTATCAAATGCATCATTAATGCCGCTGCTTCGTTATGACATGGTTATAATATAGTAATAAGTAGTCATTGTAAATAAAATCATTCTTACATTATTAATGAG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Seq C2 exon
GTGCACACCTTCAGAGGGCCACACTGGTGCGAGTACTGCGCCAACTTCATGTGGGGACTCATCGCTCAGGGAGTCAAATGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101735:ENSDART00000172624:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.071 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0231811=FYVE_2=PU(24.7=28.6),PF0013017=C1_1=PU(5.7=3.6)
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=FE(28.9=100),PF0013017=C1_1=FE(52.8=100),PF087466=zf-RING-like=PU(48.7=65.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]