RnoINT0036163 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017939 | Chn1
Description
chimerin 1 [Source:RGD Symbol;Acc:620139]
Coordinates
chr3:60535950-60555372:-
Coord C1 exon
chr3:60555295-60555372
Coord A exon
chr3:60536035-60555294
Coord C2 exon
chr3:60535950-60536034
Length
19260 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CTTGCCCGCCTCTTCTTCAGGTG
3' ss Score
10.82
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGACATCACTTGTTAGAAGAGCAACTCTGAAAGAAAATGAACAAATTCCAAAATATGAGAAGGTTCACAATTTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017939:ENSRNOT00000068745:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]