Special

MmuINT1007148 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
chimerin 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1915674]
Coordinates
chr2:73631746-73659757:-
Coord C1 exon
chr2:73659680-73659757
Coord A exon
chr2:73631831-73659679
Coord C2 exon
chr2:73631746-73631830
Length
27849 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCACTTTGCCCATTTTTCAGGTG
3' ss Score
9.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGCATACGTTCCGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAACTTCATGTGGGGCCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056486:ENSMUST00000112024:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.062 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0231811=FYVE_2=FE(22.3=100),PF0013017=C1_1=PU(5.7=11.5)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PU(36.4=92.3),PF087466=zf-RING-like=PU(23.8=76.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types