HsaINT0035041 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000128656 | CHN1
Description
chimerin (chimaerin) 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:1943]
Coordinates
chr2:175689162-175711685:-
Coord C1 exon
chr2:175711608-175711685
Coord A exon
chr2:175689247-175711607
Coord C2 exon
chr2:175689162-175689246
Length
22361 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
CCCCTCTTTTTTTTTTTCAGGTG
3' ss Score
13.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
GTAAGAATATTTGCTTTTAGTCTTTTAAGAAATGCATATTACTTGAAATATATAATATTAAAGGAATATCTTATGTCTTTTTAAAACTAGGATGACTTGACTAAAATGTTCTTGCTATTTAAGGAGTGAGATGTTTTCAGCCTGATTTTACTTGAGGAATAGCTGAATAAGGCTAATAGAAATCCAACCCTGTTTTTCTCTAATGCTGTTCTAATATTGTTTTATCAATGTGTACTCACTGGTAAAAGTCTTGACTGATATTTAAAAGGTCTCAGTTAATGATGATTTTGGCATTGTTTTTATTTGTGATACAAATGTGTCTGAATACCTCTGTTGGAGATTTTATGAGAGGATTAGATCTGTGTTTCTGGTAAAAAGCTTTGGATATAAGAGGCATGTGCTGTTGCATCTGGATTGAGCAGATGGTTTGCATTTCTCATAGTTTCTGTCTTTTCTCCCCTGTTAATGAATTGACCATGATGAAAGGAGGATGGCTACCATGGGACTGTTGATGCTGCTGACACTAGCAGCTTCTCCTCACTTTTTGAGTATTTGCTTTCACCATGTATGCGTATGTGTAGTTTTTAATTATTGTGTTAATGTGGTTTATCAACTGTACTTGAATTTTCTTTCAAGGTGATATGTGTGTTGATTCAAGCTGTATGTAGATCTAGTCTGTATTTATAGCATGATATAAGGCCTTGAATTTCTGTCCTTTGCAATCTAATTCAGAGATTAAACAACGTGAGGTGGTGCATAAGTAGACCCAGTTACATTTAATAGGTAGATGCACTGGCATTTCTATAGTAACTTCCCAATAGTTAGACAACTTTGTGATGCGGTTCTTGAGACATGAATGTTCTTAGTTTAGACAAAGTATCATTAGGTTTTATTTTAGAAAGGGAATAATTTGGTTTCAAAATGTGATAAAGCTGGAAATCATGATCTTTCATTTATTTATTTATTCAACATTTATTCAGCACCTATAATGCACCAGGCTCTGAAATAGATAATTTCATTCCACATTTGCAATTTATTCTGATTTTTAACACCAGTATTTATTTTACTCAAACACTAAATACCAACACCCCCCCCCCCACCCATATGCTCTGCATTTTCCATAGTGAGGAATAGGTTTTTGTGATCTTCAGATCATTTTGGGATGAAGGAGAAATTACCTAATAAAATTATGTTTCTTAAATATGTGGGCTATGTAAAAATTGCTAATATTTTAAAATAAACTAAATAACGTTTTCTTCTTCCTCTTTAAACATATTAAGGACCTTACCTTTCAACCAATATCTTGATTTAAAATGAAATAGAGGCAACTTAGTAGATTAAATACCGGATAGAAAAGAGGTATCATATGTGTATCTAGCATTCACTACATCTTTCATTTAGGAACCTAAGCAATACATTCAGGCTTCTAGGCCTCAGTTTCTTTTTGCATGATATACAACCTGATCTAACAGGATTTTTATCAGGAAAATGACCCCAAATAAATCCTTTTGCCAATATGAAGTTATGTCAAAAAAGAAGTCTTTGGGTTACTAATAAAGAGGAAATTGTATGTACACTGTTTAGAAATAGCTGAGATCTTAAATATATCTCCAAAGATGTACTCTGATTTGTTCAGCAAAAACAGCAAAAACCTACTAAGAATGCCATTTGAGTGCTAGGTCAAGTTCATTATACATGCTTTTTATCAATATTGATTAAGAGCAACTAGGAGGTCTATTCAAGAATTTGCATAAACAAACTCTTTTTGTGTTTGTATCTTCCAGTTGTTTCTCAATTTTAACACATGGCTTTAATGAATAAATTCTACACAGCTGGAAAGTTCTGACTCTGCCATCAACTGTAACTCTTACCTTGGTATCTAAACTGCTTTAAAGATACTTGGGTGTTTTTTTTAAGCCTTAAAAAATGGAAAGCTTCTTCCTTCTCTGGAGCTGAAAAATAATGAAAACCAGCTTGGACTTGTTCTTAGAGTATTTATGCTCAAGAAAGAGTTCATTTTAGACAATGAGTTGCATTACATATTATTTAGAGTTGCTAATAAGGTCAGAAATCTCGGAATTGACTCTTTCCATTGAAGTTACTCTCTGTTATTTAAAAATGTTTCTGTGGGGTGGCACTATAAAAAATAAGAAAGGAGGAAAGTCATACTTGACTTCCAAGAACATCCCAGACTCTGTGGCAGGTGCAGTTCTCTCCCACACAGACGCTCGCTTAGAAGGTCACTGATTGTGATATACACATCTATGTATGTACAGTTCAGAAATTTGTGTGGGGAAAAACCGTAGCATTTCCATGACGATAATCATTCATGTATCCTTGTCATTATGGTGGTAAAAGTGTATTCTGTATAACCACGGGCCCACTCACCAAAGCCTCATTTCAAGGTGGTTTTCTTTTTTGCTTCTTGAACTGCCTTGTTATGTAATACTGCTCTGTGGAATCGAACAGCTGTCAAACCTTATTTCAGGGAGTGAAGCCAAGAATGCCTTCTACCTTTGGTGAAAGCACTCACTGAGGTGAAAGCCAAATAAACCAACTGGACCTAACTTCAGCCTACAGACAGGCGTTTGTTTTTGGGGTTTGGGGTTTTTTTAGTAGAATAAAACAGGAAGGCTTCCCTTTTGCTATGTTATGTAACATGGTCTCTTTTTTTTTTTTTCTATTGTTACTTATAAGGATTTGAGAAAGCATCTATCACAAGAAGGATAGTTATATCCCTTAGGGAGGTTATTTTACAGATAAATGCACCAAATCCTCTAAAAACTATTACACTATAAGTTATCTAAATCAATTAGAAAATAATTGTAATTGTCCCCTGGATCAACCTCTTATTTTAAGAGCTACCTCATCCTAATACAACATACAACACACACACACACACACAGAGAAAGAGAGAGAACAAAACAAACTCTAACATTAAAAATAAAACTCAGGCACCCTTCCAGCAATGATTGTGCCATGCATTCTGAGGCTTTCTGGGTAAAATGATAAATAAGATCCAGCCTTTGCCCTCAGGAGCTTGCTTATTATATGCACCACCTTGGGTCAATTGCTTAATCTCTCTCTACATCGGAAAAATTGAGTTCCCAGTACATGTAGATACATGGTAGCCACTATTTTTGTTACTACAAATACCCCTAAGTGGGTTTTTTTTTTTTTCTGAATCTATACTGACATTTATTTATACTTAAGGGTTCATCTGAATCCTCTTATTCCTGTCCAGTTGCAGAGATTATGATGTGATTGAAAACCTTAGCATGATCGTGGGGACTGTGCCTAGTTGTCAGGCAGAGTTAGATGTTGCATAAGAATAGCTACATTTGGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCGAAAGGTCAGGAGATTGAGAACATCTTAGCCAATATGGGGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCACGTGACTGTAGTCCCAGCTCCTCTGGAGGCTGAGGCAGGACAATCGCTTGAACCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCACATCACTGAACTCCAGCCTGGGCAACAACAGCAAAACTCCGTCTCAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAATAAAAGCTACATTTTTCATGCACTACAGAATGCAGTGAAATCCTCTATATTTATTTTACTCTTTTCAAATTAAACTGTTAAATGTTTCATCTGGTTTGTTGCTTAATTCAGATAGCTCTATAAAATAAAATCAAGAGCAGATACAATATTATAATAACGACAGAAGCTAGGCTACTTAGGCAAATTAAGTAATTAAAAGAAAACAACATTAAGAATTATAGGGAGTAGATACTAAAAATATGAGTTTAATTTTTTAAGGTAGTCTTGAATTAGTTGTTGATTTTCATTTCAGGTACTTGCAGTCTGCATGTAAATGAAAGATATAAGATATTGTATTAATAGATTTAGTGTTGCCAAGATAACAGGCAAACAGTGAATCCTGAAATGTGAATTGATATTGCAATTAAAATAACACTGTAACATGAACCTTATAATAGTTAATAAAATTACTGATTCAAGACCTACTAGGAAAAAGAGATCATACTGAACCCAGCAATCCTAGCCAACAGACTGGACACTGTGCTGTCTGGTGAACTGAAGGGCGGCAGTGGCCGACACTCTTGCTGAGGGTAGTCTTTCCTTTCCTCCCGAGGACGTGGGCAAATCCAAGCCCCCTTTGGTCTTCATTTGGTTCACATTTATAATAAAATTAATACAAAATGAATGAACAAATAATAATTTTAATATAAACTGTGAAGTTTTAAACCACATGGTCTAAGGGTTCTCTTACAGCTCTAAAATTCTCGGACTTAATTATAGTGTATTGTGAACCATTAGATTTATTACAAGTATTCCATTTTTCATTAAAATTTTATTGAAGTTCCTATGGAGACAAATTTTCAATACGTTGATTTGAAAAGGAACTAAAATTAACTATATATGAAAGAATATTTAAAACTTTATATTAACAGCAGTGAAATGTCGTATTCAGAAACAGTGTCTATCACCTCTTTCATATTATCCCCACCAACCCTCACACCACCACCTTGCCTCCCTCCATTCTTCCTTGCCCTTTCCCGATGTCTAGTAAAATGCCTGTAACTAGCAGATGCTCAAGAAGCATTTGATAAATGACTAAATGAGTACACAGTGTGACATGCGGGGGACCTTTGGTTGTTGTTACTTGAAAACCTCTTCTCATGACAGCAGGAAATTAACACAAAAATAGAGTCTTCTATTGGTCTTAAGATCTGTATTGTTACAATGTTTTCTTTTAATTAGATTTATGTGAGTTTTCAAAATGAAATAAAACCCAAGATACCATCATGTTATCTGATATTGACTAGAGAATCTGTGTACATATTTTAAATGCTCAGGAATTTGAATAGTGTTTTGAATTAATGGTATTG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Seq C2 exon
GTGCATACATTCAGAGGGCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAACTTTATGTGGGGTCTCATTGCTCAGGGAGTGAAATGTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000128656-CHN1:NM_001822:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=3.6),PF0231811=FYVE_2=PU(22.3=25.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)