MmuINT0036120 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000004633 | Chn2
Description
chimerin (chimaerin) 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1917243]
Coordinates
chr6:54223070-54236172:+
Coord C1 exon
chr6:54223070-54223147
Coord A exon
chr6:54223148-54236087
Coord C2 exon
chr6:54236088-54236172
Length
12940 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ACTCTCTGTTTGGCTCACAGGTG
3' ss Score
10.56
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCTTCACTGGTCCGAAGAGCTGCCCTCACACACAACGACAACCACTTCAACTATGAGAAGACACACAACTTCAAG
Seq A exon
GTAAGAGTCTGCATCCTCTCCGCTGCCGTGAGAAGGGGGTGGGAGTGGGAGAGGATCCTTGATCACTTCCATGTGGTCATAAAGGCAGGCGGCAGCAGCAGATTGCTGGGTTTTCCACATAACCCTGCTGCCTTGTGTCAAAGTGGAGGCTGGAGCAGCTGGCTCTGCGCTGCTGCCCTTCATACCTGCACGGGTATTGACTTGGTTCTGGGACCCAGGCCCACTTCCTCTTCAGTCTTCCATGCCCAGTGAGAAGGAAGCGGGGGATGCCCCAGTTGGTGGTATTTAGAAGTGCTCTGCACAAAACCTAGCAGTACTTTTCCACCCCGAAGTGGGGTCACTGCCATCCACAGGACAGTACAAACAGTTGTCCGGTTCATGATTGCTGTTCTGTCTTTTGTTCTCAGTGATTCTAAGGCGCTTGTTTCTGTGTAGACAGCTGCAGATGTCATGAGGAGAGAACCCATTCACTAGCTTGTGTGTGCACTTTGGGGTCAGGGGCACGTTGTAGCCTGGCTAAGCTTGACCCTGCCCTCCAGACTAAACAAAAAGATAGGGAGACCCGGTGGGAGTTTAAGTGGCTTTTCCCATGAACTATCTTCCTTTTGGACCAGCTCTGGATGTGAGCTGCCACCAGAAAGTTAGGGTCTGTTTCTTTTGTCCTGCTATGTTGTCCAAGAAATGTTCATAGGGGAAGCCAATGACAAACTGTGAAAATGGGACGCTGCTGTGGGAAGGAGGGACAGGACCATGTTAGAGACTTGCCTCAGCAAATGGGTGATGCTCTGTGGAGCTGGTGGGATTTTCAGATGCAGAATTCAGGAGGAAAAGAATAGGCAGAGAATCAAACTGGGGCTTGCCTTCTCTGTTGAATTCTTTCCTTCTGAGACCACTGATTGTGGGAATGCAATTGAACATCAGGGAAAGGGAACCATTTCTGCTCCTGCCGCTGAGGAGGGGGTCAGCCCTTCCTAGGGATATGTATGCAACTATTCGTTTCCATTCCATAGTCCAGTCTGTCTCTCTGCCTCTGGGTGTAGGGAGCACGAAGCTTGGGCCTTTACTTGCTATCCTTAAAGGAAGGAATGGAAGCCTTCAGTCCTATGCATTTAGCCATGAGCTGGAGAGGATCTTGGGGTATCTCCCATCTTAATCTTTCTCCCATTACTGAATGGCCAAAGGTCTGATTTGGAGTGTGAAATGTCCGTATTTATTTCCTCCTTATGATTTTCTATCTTAACCTCTGTGACCCTCTCATTCCTTAAGACGGTGTTTTTCTGACTTTTGGGGCATCCTGTGGACGCACTCCCAGGCATGACAGGATGGGTCTTGCTGGATTTGCAAATCCCTTTCCTTCCTCTCCAAAATTCCAGTGACTTTGCTCTGAAGATGCAGTTTGAGTACCTTAGCATGAAATAGCTCCTTGGGGGATGGACCCTGTGAGCTAAAAACATGTGCCCACAAGTCATTGGTACCTGGAAACCAATGCCAGTCTGTTCTGACTTAGACCTCTGAATGGGAAATTACTTTTAAGATACTTTGGAAAGGATGGTTGAATCTTATTTCCTAACTTTGCACCTGAGGTATATTGGTAGAAGAACAAAACACTCAGTGTGCCATGGAGAGAGGAAAGAAAAACCAAACAGAATATATCGTGTTGTCCCAGGGCAGATCTGTGAGACACACAGGACCATGCCTCTCTTCTGTGGCTTATACAGGCATCTTTAAACCCTTCAAAGCCCTGGAGGAGCTGCGGCTACCAGTCATGGCTGCAGTTACACTGTTCCTGCCTCTGTTCTTCAGAGTGAGCGGCTGGGGCTGGAGGAGGCATTGACTGTTCTGTTATTCATTCCTTCCACCCTAGGCCCCTTTCCCTCTCCCTTCCCTCAGCTGACTACAAGAATGTTGGGAACACATTCTAAAAACAGGTCCATGCTGTAAAGACAGCCGTGGGGCTGTTAGGAGTAAGTCACTGTCTGAAGAAAGCAGACTTTCACCAAGGGTCCCACTAACTACTTGTAATTTGTATTTCCTACCTAAATTTTACATCTGCTTTTTATTTATGTTGGCTTCTAATGAATTATAATCTGGATCTTTCTTGATTTATTAATGGAAGATAATTATGTACATATACCACTAGGCCTTTGTTGAATAACAAGAATGCACATTTGTGGTTTTGTACTTACCAGCAAATAGCTTTGACTTGTACCTGTCTGAATTCATACCTGAGATAGGGATCTGTCAGCAGATCCTGCCACCTCACCTCCCAGCAAGCCTGCTTTCTTTCCCAGTCGTGTCTGTTCCTGGGGTGCAGGGGGACCCTCATCCATGCCATACTTAGGAACTTTCTGGGGAATGAATAGAAACTCTGAGCACTACACAACACTGGGAAAGTGCCCATCTCAGATGCTCCAGAGAACAGAGCATAGCTGCTTTTCAGACAACACTGCATAGAAATAAAATCCAACCAGTGCAAAAGCTTTCAGAGTCATGCCTCGTATCATGCAACACTCAAGTACTTTACAAACTGCTTGCTAGTGCTGTGTTGGTCCACTCAGAGCTGGTTTCTGATAAACCTATATAGGAAGTTATTCAAAGGTCCTACCTTAGGTCTCTGTGATTAACTACTATTGCTCTTCATGTAAGGCCTATATTGGTCAGCTTTCTATCACTGTGACAAAATACCTGAAGTAAATCCACTTAAAAAGAGGAAAGGTTATTTTTTTTTGTCTCATGATTTCTGAGATTTCAGTGCATGGTCTCCTGCTTCTGTCATTGCTGGGGCCTGCAGTGAGACTGAGGTAAGACTGGATCAAGTGCATGTCAGAGCAAAGGTGCTCACCTCATGGCAGCCAGGGAGCAAGCAGAGGAACAGGAAAGGGCCGAATCCCAATATCCTCAAAGATCCATGCCCAATGATCTAACTCCTTCCAATAACGAAAACTTTTTTTTTTAATCTCCTAAAGTCTCTACTGCCTCCCAGTAGCACCATCACTGAGGCCCAAACCTCCAGTACAAGAGTTTCAGGGGTAACATTTAAGATCTGAACTGTAACGTATGTACTTAGCATAAAAGGAGGAGCTTGTTTGTCTCGGTGGTGACTTAATTAATCCAATTGTCCTATTTTATTTTTCTCATTAATTTATGTATTTACTTTACATACTGATTGGAGTGGGGCTTCCCCTCCCTCCTGCCCTCGCAGGCGCTCCCTCTCACCTGCTCTCCCCTTATGCCTCCCGCCATTTCTCCTCAGAAGAAGGGGAGACCTCCCATGTAGATGAACCCACCTCCAGCATATCAAGTTGTAGTAGGACTGGCACATCTTCTATTGAGGCTTGACAGAGCCATCCAGCTAAGGGAAATGGATCCAACGCCAGGCAAGAGAGTCAGAGCAGCCCCTGCTCCTGCTATTAGAGGTCCCCATACAAGGACCAAGCTGTACATCTGCTGGGACTTAGTCACGTGACACCTTCCTCTCAAGCAGTGGCCCCCCCTAGATCCCTTTTGGGACTGAATGACCCTTTCACGGGGGTCACCTAATCAGAAAACACATATATTGACACTATGATTCATAACGGCAGCAAAATTACCATTATGAAGTAGCAACGGAAAAAGAAAATTGTGTGGATCACTACAGAGTGAAGAACTATATTAAAGGGTTGCAGCATTAGGAAGGTCGAAAACCACTGGTGTAAAGGAACTGTGTTCACAGCAGGAATTTCCATCAAGTGTGCAAATTGTTTAGAGAAGGGCAGGGCCTCATGAGGCCAAGTGACTTAGAGCTTGATTCCCACCTAGCGGGTCTGTTTGTGCACATTCGGATGTCATCATCACTGTCACTGCAAACCCTTCACAGACCAGCAGAGCCCAGAAGGGAGAAGGGCTCTGATGCAAATCCTACCAGGCCGCCCACATTAGGCCACACCAGTACATGGCTTCCCCACGAAGCCTCATGGTGTCAGTTACCAGCACAGAGTCTGACCCTAGCAAGTCCTTAACTGATTTTAATTTTTTTATGGACTTTGTCTAGATCCAAAGAACACAAAATTCAAAAGGACTATTCCAAATGACTAAATGCCCGATTCTGGCACTTTCCACCCAGAGAAATAAGACCTTTGTGTTCTGTTTGGGACACGAGAGTGAGCACCAGTGGTCACGATTCATACAAGGAGACTCCTTTTGAAACTGATCCAGAGAAGAGAGTTCTTCAGCCATTTATGCCTCTCCTCCACCAATACAGAATACAGGCTGTCTGTGTGCCCGCTGCCAGAAAGTGTTGAGGGAGACAGAAGAACACTCTTCTGCCAAGGGCTTCACAGCCAAGATGCTTTTGACCACAGAGGGACATTTGGCAACATCTGGAGATGAAGATGTGGTTTTCATCATCCCAAAGTATACCAATAACATTCAGAGAGGCCAGGACAGCGCCACAGCAGAGTTATTCTTCTCTCTGTCTACATCACTGGGAAGGGGAGACCATGTCCAGGGAGTGGGGGAGCCGCTTGTTTCTCATACACAAACATGCTCTAGGTCTGACCCTGCTTAACTTCCAGCAGTCCTATAGACTTCAGCAGGAAGTAATTGTTAACCAAAGGGAAAAATTAGCACAAGACTATCTCAGTTCAAAAAGATCTGTGAAAGGCTGCATTCCCAGCAATGTTTTAGAAACACAACCCCCTCTTTTCCAAAGCATAGTTCCACTTCCAAACCTTCTCTTTCCTATGCTTTAGTTCCACTTCCAAATGTGCAGCTGCTGCCACCTGCTCTTGCATCTTGACCAGCTGCGGAGGTGGTGATCGTGAAGCTGAGCCCTTGCTTGTAGTTCAACATAAGTATTAGTGTCAACAAGGCCAAGCCTTCAAGCTTCACCTTAGGACCACATCTTTAATCCTATTTTGAATGCCCGGACAGCTACCGACAAAGGATGCTTGGTGCCCCCCCCCCCATTAGAGCCTGTCTTAGCACAGGCCCCTCTCACAGCATCTGTGCAGCGAGCCTAG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Seq C2 exon
GTGCACACATTCCGGGGCCCACACTGGTGTGAATACTGTGCCAATTTTATGTGGGGGCTCATCGCCCAGGGAGTCCGGTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000004633-Chn2:NM_001163640:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=11.5),PF0231811=FYVE_2=PU(11.9=46.2)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=FE(52.8=100),PF0231811=FYVE_2=FE(27.7=100),PF087466=zf-RING-like=PU(47.5=65.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs: