HsaINT1007651 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000106069 | CHN2
Description
chimerin 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1944]
Coordinates
chr7:29480279-29496036:+
Coord C1 exon
chr7:29480279-29480356
Coord A exon
chr7:29480357-29495951
Coord C2 exon
chr7:29495952-29496036
Length
15595 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TTCTTCTTTTTGGATCACAGGTC
3' ss Score
8.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCCTCCCTGGTTCGAAGGGCTGCCCTCACACACAACGACAACCACTTCAATTATGAGAAGACACACAACTTTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTCCACACGTTCCGAGGCCCACACTGGTGTGAATATTGTGCCAATTTCATGTGGGGGCTCATCGCCCAAGGGGTCCGGTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000106069:ENST00000222792:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.152 A=NA C2=0.144
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0013017=C1_1=PU(5.7=11.5)
A:
NA
C2:
PF0231811=FYVE_2=FE(24.6=100),PF0013017=C1_1=FE(52.8=100),PF087466=zf-RING-like=PU(47.5=65.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains