BtaINT0040271 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000001847 | CNTLN
Description
centlein, centrosomal protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23432]
Coordinates
chr8:26984808-27016280:-
Coord C1 exon
chr8:27016057-27016280
Coord A exon
chr8:26985003-27016056
Coord C2 exon
chr8:26984808-26985002
Length
31054 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTATACTTATTTTCTTTAAAAAG
3' ss Score
-3.55
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGAAGCTAAATTCGGATTTGGCTGAGCTTCAAAAAGAAAAAGAAGATTTACTAAAGAGAGTAGAGTCTTCATCTGAAATCACATGTTTGACTGAAGAAGTTGCCCAGGTCACAGTTCCACGGATACAGATTACATCACTTGGCCCTTCAAGGAGCATGGATTTGGAAATGAAGCAATTGCAGTGTAAACTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001847:ENSBTAT00000061355:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.267 A=NA C2=0.108
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]