DreINT0040118 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000023886 | cacna2d4b
Description
calcium channel, voltage-dependent, alpha 2/delta subunit 4b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100422-18]
Coordinates
chr25:18925786-18928994:-
Coord C1 exon
chr25:18928912-18928994
Coord A exon
chr25:18925879-18928911
Coord C2 exon
chr25:18925786-18925878
Length
3033 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGC
5' ss Score
6.58
3' ss Seq
TGTATTGTGTTTTGTTGCAGGAA
3' ss Score
10.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAACGCCACGGTGAAGTGCAACAGGATGAAATCTCAGAAGATCCGCAGACGGCCAGAGTCCTGTCATTCATACCATGCTCAC
Seq A exon
GTAAGCTAACAAATATGTACATCAAAACGTTGTAGTATTAAAATCGAACAATAATTTTTGCAATTATTTTAAGCAATTTATTTTATTATTTTTTAATATGTTAATTATTACATTTTTAAACCCTTTAAGGCATTGTGCAATTAAAAGGTTGAGTGCATCACATGATCAGCTGCTAAATTCAAATCTGCTCTTTCAAGATGGATACAGCGATTTCTAATAAACAACATTTATTTTAGGTTTTGGACATTTAAATGCACAAAAAAACTAGCAAAACATTTGTGGTTCATAAAATACAAGCTTAGTTTAGGTCACAATTCATGTTATTAACTACTGGCTTATTACCTTTCTATTATTAAGATGTTAATAATCAATAGAAGTTATAAAGTATGATTCTGCATCCCTAATTCTGCCCAAAACTTAAACCCCCTCTTCTGCCTTATTAACTATTAATAAGAAGCTAATTAATTCAATTCATTCAGTTCAGCTTTAATTGTATAGCGCTTTTACAATGTAGATTGTGTCAGAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGATCATGGTAGTTCAGTTTTTAGTATTTGAGTTCAGATCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGATTTAAAATCATTACTGAAAATCCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCGATGCGTAGCTTTACAGATCCTGAACCATGCAAGCCAGTTAGTAGTTTATCAAGCTAGGTGTGTTAGTTAATGGATTGTTAACCAAAGTGTTACCAATGTAGCGAAATTAGCTCAGTTTATGGATATTAATGATCAATAATGACGAGTTATTATTAATTATTAACTTACAGTTAATTTAGACTAAATAAATATACCAATGACTTAGCCCGCTGGTCGTGCTCGTAGTTATTTATTTATTTAGAAAGGGAATTATAACTGCTTGTTAAGTAGATGATTAGTTTAGAAGTTTTGGTAAACTTATTTTAGTAAAGCTTTGTGGCAAATTGAAGGCTCCAGCATTTAAAGGACTTTTTCTGTGAGGCAAGCAAAAACAATTCAACGTGATTAAATTTATATTTATTGACTAGTCTAACATATAACAACAAACATACATAACATAACAACAAACATAGAAAAGAAAGCGAGAAAATAAAGACTTTAGATAAAAGAATGGCAAAATCTACCTCAGTTCCACACAACTATTAAGGACCACCAAGATTATAAAAAAAAACACCATTTTGATCAGGCGCACACAGCTTAACGCATGACTAAATACCTGGATTTAGCAACAGTATCTGGATGCAGCCTTTATGATGCAAGCTGAGACTGCATCACTCAGCAATGCAATGTCAGACACAATGCACTCAAAAGGAGCTAGGGACGTCACTGTGACGGGTAGGGTTAGGGGTGTGGTTAGGTGAGCCCATTAAAAAGCATTGGATGCAGCCCAGATTGCACTGCACCAGGTCTGCAGCCAAACCCCTTTCGGATTTAGTGGGTTTTTCTCTCTTTTGCGAGTTTCTCTGATGCGTTGAGCTTGCGATGTAGATCAGATGATACGCGAGGTACAAACTTTAAACTGAGTTTACTTTGCTGAAAAACAAGAAAAACGTGGACTCAGACAAGCCACGCGGGTACAGAAATGCAGTCTGCCCCCTCAAGGGGGGCACTTCTGGAGAGGTTCTTTCAGAGATCTTTCTGCCCAGATCTGTGTGCATAGATGAGTTTTAACTGTGGTGGCAAGTCACAGCCATTTTCTACTGACTAACCAATACTTTCAGGGTAAAGTTTGAGCGTGAAACTTCAGTCTCTGGGCTGCTCATATGCATACTTAGGGTCCTCCCGCAGCCTACGGATGGTCTTTAACTCAGGGCATTAAAGAATGCACGTCGTACAAGTTATTATCATGCAGTTTTAAGAAATACATCAACATGATTCACACGTTCTTACTTTATTGATGCTTTAAAAGGGTTAAAAGTACAAGGCGTACAGGTTATATGAGGGAATCTACAAATGACAAAAGTTAGGTGTACTTAAAAGAAAGAAATTTGGGTTCTACTGTAAATGTCTTTGTTTAATATTGAGGAATGCCTGTGTGTGTGGGCAGAAGGTTGAGGCAAAGAATGGGTTTTTCCTCTCTTTTTTATCTTATCTGCCACATTCCTTTAAAGAGAGAGCTGGGACTGTCTGCAACATTTGCTAGAGTAATGAGGTTGTCACCCAGAGATTTTCGCCGCAGTCTTGTTGGAGCCAGGGGTCATAAACCCACGCAGAGAGGAACCCAGGCCCCTTTTATAAAATCAATATGTAATTTTATCTCCGGACTGTACGTTACACCAAAATAATTAAACGATGTGCTTTGTTCACATCAGAGAACCACTCTTGGGCTTACTAGAACGCTTATTATTTTATTCTTTTTCCAGCTAAACAGCCACTTGCTTTCGTGTAAGTTGGGAGAAGTAGATAAAATAGCATGTGGTAAATCCTTGGTTCTAATTTATAGACTAACATAGTGGTGCCCGTCATTCATTATAGATCAAATAATATGAACAATATTTAGATGATTAAATGGAGCAATACATGTTCTCACAATATAATTAGGATGTTTTTCAATAATTGCAGAAAAAACAAAAAATACAATATATACAGATAAATCATCGACTGCAGTGTGTCAAACTTTGCCATGGACACTCTAAAGCGATGTGTTGTGAAAAATGATGACATTACAAAACTTACACTGAGGTATAGCAGGAGTATTTAAATGTAAAGGTGAATAGGTTAAAAATGTTTTTATACAGTATTTTTAGGGCTATCTAGTGATTTGTTTTCTAAACTAATGTTATTTATTTTTACTTAAATAATTTGAACGTTATTTTAATAAAACAATAACTCAGTGTTGCTCCTGTTATACTAAGAAATGACATCATGAAACTTTTACCTCAATATCTTAAATTTTAGTGTCATAAAATTGCATTCATAATGCTTTTGTTTCTGCTTAGTTATTCAGCTCAAATCAGCGGTATAATTGTGTTGTATTGTGTTTTGTTGCAG
Seq C2 exon
GAAAATGCGGAGGATTGTGGTGGAGCTTGCGGGATAACTTTATCTCTCACACTGTACTTCATATGTTTGGCCTCCTCACTGGCTCTCCGCTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000023886:ENSDART00000027465:36
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]