BtaINT0046183 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000037795 | CYP2C87
Description
Bos taurus cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 87 (CYP2C87), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076427]
Coordinates
chr26:16031965-16042388:+
Coord C1 exon
chr26:16031965-16032114
Coord A exon
chr26:16032115-16042227
Coord C2 exon
chr26:16042228-16042388
Length
10113 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGGGT
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
AAATGTTTGTTATTCTTCAGGGT
3' ss Score
7.96
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATCGTATTCAGCAACGGGAAAACGTGGAAGGAGACCCGCCGCTTCTCCCTCATGACGCTGCGTAATTTCGGGATGGGCAAGAGGAGCATCGAGGACCGCGTTCAAGAGGAAGCGCGCTGCCTGGTGGAGGAGCTCCGAAAAACCAACG
Seq A exon
GTGGGTGATCCTGTGCTCTGTAACTCTGACCTTAGCAGTCTTCTCTCTCTCTCCGGTGATGCTCTTGGCAACATTTCCAGGCAGCCACATCTTTCCTATGGGTGGTGGTTGCCAGTCTTTAGATGAAGGGGAGGAGGGTGTGAAGCACAGACAGCCAGGGGAGCTTTTGTGTATCTACGATTGTCTCATGATGGTACACACCATGTAGGTATATATGTGTTTTAATAATACTCTATCCTGCACTTTGTGTTCAATTCAGAAATCACAAAGGATAGTTTTGAGTCTTTTCCTGAAAAAGAGAACAATGTCTTTCCTGTAGCATTAAAGTGGGTTTTCTATTCCAGAGCTTTTTACCAGGGAATACTTGTTAATTGGACAGGGTGAGAATGACACTTATGGGGGTGTCACACTTATGATGAGAATGACACTCATGAAACAGTGACATTTATGTTCATTTAATTGAACAATTTTTATACGTACAGCCTCACAGACATGTCTGAGAGTCACTTCAGGGCCCAAGGCTACAATTCTGGCAAATAGTAATGACATTTAGGGATTTTAATCGTTTCAGTTCAGTTCAGTTCAATTGCTCTGTCGTGTCCAACTCTTTGCGACCCCATGAATCACAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCATCACCAATTCCTGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTCAGTGAGGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCGTCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGAGTCTTTTCCAATGAGTCAACTCTTTGCATGAGGTGGCCAAAGTACTGGAGTTTCAGCTTTTGCAGCATTCCTTCCAAAGAAATCCCAGGGCTGATCTCCTTCAGAATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCACGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTTGGCGCTCAGCCTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACAGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGACGAACCTTTGTTGGCAAAGTAATGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAACTTACCTTCCAAGGAGTAGGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCCCAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCACTGTTTTCCCATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCGGATGCCATGATCTTCATTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCACTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTGAGTTCCTCTTCACTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGCATATCTGAGGTTATTGATATTTCTCCCGGCAATCTTGATTCCAGCTTGTGTTTCTTCCAGTCCAGCGTTTCTCATGATGTACTCTGCATATGAGTTAAATAAGCAGGGTGATAATATACAGCCTTGACGTACTCCTTTTCCTATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCCAGTTCTAACTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGATTTCTCAAGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTATTGTGATCCACACAGTCAAAGGCTTTGGCATAGTCAATAAAGCAGAAATAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTTCCATGATCGTTTAGGTATGTCTTAATGCAGTTCTCAATTATGACTTCATTTAAATGTAGCATTAAAAAAAAAAAAAAACATTTACTGTGTATTTGCCTTTACTGTGTATTTGAGCTTTCTCCATTGTAATTTTCCCATTTCTAGTTGTGGCTTTTTCTTTTCTCTTAGAGAAGTCTCTTTACTATTTCCTGTAAAGTTGATTTGGTGATGCTGAAGTCTTTTAGCTTTTGCTTGTCTGTAAAATTTGATTGAGAATCTGATTGAGAAACTTGTGAGTAGAGCATTCTTGTTTGTCGATTTTTTCTTTCAATCACTTAAAAAATTTTTTTTAAGTATGTCAGACCACTTTCTTCTGGCCTGCAGAATTTCTGTTGAAAAGTCAGCTGATTGTGTAATGGGAGTTTCCTTATGTTTAACTTGTTAATTTTCCCTTGCAGCTTTTAATCTCTCTTTAATTGTTTGACATTTTAATTACAATGCATATTGATTTATTGCTTTTTGGGTAAACCTGTTCAGGACTCTGTGTTTCCTGGACTTGGTTGTCTGTTACTGATCCCAGGTTAGGGAAGTTTTTAGCTATTTTGTCTTCAGATGTGTTCTCTGACCCTTTATCTTTCTCTTCTTCTCCTGGAACCTCTATAATGTGAGTGTATGATTGCTGGTGTCAGAGTCTCCTAAACAGCCCTCATTTCTTTTCATTATTTTTTCTCTTCCTTGTCAGTGATTTCTGCTTCACTGTCTTTCATCTCAGTGATCCATTCCTCCATTTCATTTAGTCTGTTCTTGATTCCTTCTAGTGTATTTTTCATGTCAGTTATTATATTCTTCATCTCTGTTTGGTTGTTCTTTATATTTTTCAATTATTTCTTAAAAACTACTAACTTCTTGCTTAGTGTATCCATTCTTCTCCAAAGTTCTTTGATCATCTTTTTTTTTTTTTCCATTTGAGTCATGTGGCATATGGGATCTTAGTTCCCTGACCAGGGATGAAACCTATACCTTCTACAGTGGAAACACAGTTTCTTAACCACTGGATCATCAGAGAACCCCTGATCATCTTATTGATCATTACCCTGAACTCTTTCTTGAGTAAATTATATATCTCTACTTCACTTTGAAACACGTTCTTCTGTTGCCCCATTTTTTCTCCCTAACTTGCTATTTTTATTTCTGTATATCTGGTAGGTTGGTTATAATTCCTGACCTTGGAGAAATAATGTTTTTTAGGAGATGTCCAATGTATCCCAACAACACACTGCCCACTCATCATTAGAGCTGTATTGATCAGGATTTCCCCCATGTGGACTGTGTTTGTCTTTCTATTGTGGGCTGACTACTGTAGGCAACCTGGTAGTCTTGGTTGACCTTGGTCAGATTGGCTGACTGTTCCTGCCTTGTACAGAGGTTGCCAGTTGCTGCTTGGTCGTGCTGTCCCAAGAAGTGGCTGATTGTGGAACCCTGGGGCATTCCAGAGGTAGTGCTGGTTCACTAGTGGGTGAGTCAGGGTTCATGAGATCCAAGGATTGGTGCCTGACCACTGGAAGGTAAAGCCAGGTGCTGGATCACATGCTGGCCCAGGGGAGCAGAGCCAGATCCTGGAATCTGCCTAAGGGGCCCAAGGATTCCAGAGTTGGTATGGGACTGCTGGTTGGTGAGACTGGTTCCTGACACAGCAGGTTGTGGGTTCTGGGATATTCAGAAGCTTGTGTTGGCCTGCTGGTTGTTGAGGATGGGGCAACAGGAAAGGCGCTGGCCTTTTAGAATTGGGTGGGTTGGGTCCATAATCTGCAGTGCTCTGGGGCTGGTGTCTGTCCACCAGTGGGTGAGGCTGGTGCTGAGCCTAGGCAGGTCTGAAGTCCAGCAGGTTGGCGCTGGCCTGATGATAACTGGGCTGGTCCACAGACTGTAGGCCTGTGGTAGTCCTGTGACCGGTGTCCACTCATGTTGCAAAGGGCTGGTCACAAGGCTAGGGCAGGCCTACTGGTTGGCAGAGCCAGGGCCTAGCTGGTGCTATTGTATGTATGTGCAGTCAGTCGTGTCCAGCCCCATAGACTGTAGCCCACCAGGCTCCTCCATCCATGGAATTTTCTAGGCAAGAATACTGAAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTGCAGGGAATCTTCCTGACCCAAGGATCAAACCTGTGTCTCTTGCATCACCTGCATTGGCGGGTTCTTTACCAGTTAAGCCACCATTTACCTACTGGTATGTGGACTGGGTCTGCATGCTGTGGGGTTGTCATTGTCCTGGGGTTCTTATCCACATGCTAACGGTGAGGCTTGTCTGACGAGAGCAGGCTTGCTGGTGCGTAGGGCTGGGGATTCTGGCACTGGTGCCTGACCAGTGGTGTTTGAGCTGAGTCCTTTGCTTTCTGATTGTAGGGCCCTGGAATTCCTGGGTCTAGTGCCTGTGCAGTGCTGTTTGGAGCTGAGTCCTGGTCCTCTGGTGGACAGGGCTGTGTACAGGGGTGGTTGTAAGGTCAGAGAATCTTAAGGCAGCCTCTCTGCTGGTGGGTAGGGCTATGTCTCCATTCAGTTAGCTGCTTGGCCTTGGGCAAGTCCTGGTGCCTACAGGCTCTTGGGAGGTAGGAGGGGGCTGGGTCATGATACTAAGCTAGAGGGAAGATTCCAAAATGGCACTTGCCAGCACCAGTGTCCAGGGGGCAGAGCAAGCTCCCCAAAATGGCTCCTGCCAGTATTTATGGCCCCAGGGTGAGCCCCAGGTGCCTCCAACCTCTCTGGGAGGCTCTTCGAGATCAGCAGGTGGGTCTGACCCAGGCTTCTTTCAAATGAATGCTTCTATGCTGGGTACAAAGCCTGTGAAATTTTGTATGTCCTCCTCATGAGTGGAGTTTCTATTTCCTCAGCCCCCTGGGACAGCTGAAAGTAAGACCCGCTGGCCTTCAAAGCCAGACATTCTGGGGATTCATCTTCCTGTTGCAGGACCATCAGGCTGGGGAGTCCAGTGTGGGGCTCAGAAAACTCACTTCTTGAGGCAGTCTCTGCAATTGTAATTTTTCTTGCCTTTGTGCTTTGCTTATGTCGGGGTGTGGTACTTCACCGCTCCTTCTCATCTCCTTGTGATTTCTTCTTTATATCTTTATTTGTTGAAGATCTTTTCTGGTGGCTTCTGGTTTTTTTTCGTCGATGAAACCAGAAAAAAACCTTTCTTCTGTATATTGTTATAGTTTGGGGATGCCCATGAGAGGAGATGAGCTCAGGATCTTCCTGCTCTGCCATCTTTGCTAGTCTCCTCCCACATTACTTTATCTGTAATTGTTGATGGAC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GGGAAACAACAAATATTGATTTAAAGTTTCTAACAGTCTACCTGTTGTTTCAAAGATAAAAGTGTTTCATGTGTATGTTTTAATGGTGTGTTTAAATGTTTGTTATTCTTCAG
Seq C2 exon
GGTTGCCCTGTGATCCTACTTTCATCCTGGGCTGTGCTCCCTGCAATGTGATCTGCTCCATTATTTTCCAGAACCGTTTTGATTATAAAGATCAGACTTTTTTAAATCTAATGAAAACAATAAATGAAAATATCAAGATTTTGGGCTCTCCGTGGATTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000037795:ENSBTAT00000027159:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(10.9=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(11.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]