BtaINT0046185 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000037795 | CYP2C87
Description
Bos taurus cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 87 (CYP2C87), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076427]
Coordinates
chr26:16043710-16052648:+
Coord C1 exon
chr26:16043710-16043892
Coord A exon
chr26:16043893-16052506
Coord C2 exon
chr26:16052507-16052648
Length
8614 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATA
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
AAAAATCAAATCATTCCTAGGAA
3' ss Score
4.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTCAATATTTTCCCTGTGCTCCTTGATTTTTTCCCATGGAGTTATAGTTATAAAAAACTTTATACAAATACTGCTTATGTAAAAAATTATGTTTTGGAGAAAACAAGGGAACACCAAGCATCCCTGGATATTAACAATCCTCGAGACTTTATTGATTGCTTCCTGATCAAGATGGAGCAG
Seq A exon
GTAATAGGCTAAAGACAGCTCAATTATTTGATTACTTGTGCATTTTATAGATCATTGAATCTTCTGTATTTACCAAGGATGTTCCAGTGGTCTGGCAAGCAATGCTGACAAGCATTTTAAGTACTTGTGTGCATGAATCTATGCTAACCATAATGGTTAGCATAGATAGATGTAATATTTAGTCATTAAATAAGTGAAATACCTTGATTTTGCTCTTTGGGTGCTAATAATCTACCCAAGGAAAAACAGAATGATGTCATAGGTGAATTGGAAACTGATAACAATGAGTTAAAAGTAACAAAATATCATAGTATAATATGATGATGAACATGATCATAGCATACACAGTGTAAAGGGAATAAAGAATGACTAGGTCTAACTGGGCTTCCTGCTTGGCTGGTAGTTGCAAATAGATCAACATATTTGCATCGAAGGACAAGGGAGGGAATATGAGATGGATGAATGATGTATGTATGATGCTGTTTACATAGGCATGTGATGGCAAAGAGTAGGTGTGTGGACAGAAGAAGCCTTAATTGAGTGTAAAGTAAATGGATTAGCAAAGATACGGAGTTATATTATATGATGTGAGCATGAACCCTGCACCCCATGTTGGAAAGACCATTTTCCCCACATGAATTATCTTGGCAACCTTGTCAGAAATCAACTGACTCATAATTTGAGCATTTGTGCAATCTGGCATCTGTTTCAGTAAGCTAAATGTCAGTTTTTACATCAGTGGCACATCATCTGGACATCTTAATTACTAGTTTCGTAATTAGTTTTGAAGTTGAGTAGTGTGAGACCTCTAATTTTTTGTCATTTTATAAGATTGTTTTTGTTTTTCTGTGCCACTTAAATTTAGGATAAACTTGTCAATTTATGCAAAGAAATCAGTGGTGATTTTTATAGAGATTGTGTGAAATCTGTCAATTCATGGAGTAATGTTATTTAAAAAATTAAGGTGAAATTCACATCAATTCAGTTCAGTTGCTTAGGCATGTATGATTCTTTGTGTCCCCATGGACTGTAGCATGCCAGGCATCCCTGTCCATCACCTACTCCCAGAGCCTACTCAAATTCATGTCCACTGAGTTGGTGATGCCATTCAACCATCTCATCCTCTGTTGTCCCCTTCTCTCCTGCCTTCAATTTTTCCCAACATCAGGCTCTTTTCCAATGAGTCAGTTCTTCGAATCAGGTGGCCCAAGTATTGGAGCTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAATATTCAGGACTGATTTCCTTTAGGATTGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGCCTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACCGTTCAAAAGCATCAATTCTTTAGCATTCAGTTTTCTTTATGGTCCAACTCTCACATCTATATATGACTCCTGGAAAAGCCATAGCTTTGACTATGGACCTTTGCTGGCAAAGGAATGTCTCTGCTTTTTAATATGGTGTCTAGGTTGGTCATTACTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCATCTTTTAATTTCATGGCTGCAGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAACCCAAGAAAATAAAGTTTCTCACTGTTTCCATTGTTTCCCTATCTATTTGCCAGGAAGTGATGGGACCGGATGCCATGATCTTTGTTTTTTGATTGTTGAGTTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCATGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTCATTTTCTGCCATAAGGGTGGTGTCATCTGTGTATCTGAGGTATTGGTATTTCTGCCGGCAGTCTTGATTGCAGCTTGTGCTTCATCCAGCCTGGCATTACATGTATGTACTCTGCATATAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAATATACAGCATTGACGTACTCCTTTCCCAATTTGGAACCAGTCTGTTGTTCCATGTCTGGTTCTAACTGTTGCTTCTTGACCTGTATACAGATTTCTCAGGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGCATTCCTATTTCTTTCAGAATTTTCCACAGTTTTCTGTGATCCACACAGTCAAAGGATTTAGTGTAGTCAATAAAGCAGAAGTAGATGTTTTTCTGGAACTCTCTTGCTTTTCTGTGATCCAGCGGATTTTGGCAATTTGTTCTCTAGTTCCTCTGCCTTTTCTAAATCCACTTGAACATCTGGAAGATCTTGCTTCAGGTACTGTTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTGCTAGTGTGTAAGATGAGTGCAAATGTGTGGTAGTTTGAGCATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGAGATTGGAATGAAAACTGACCTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTCTCAAATTTGCTGGCATATTGAGTGCAGCACTGTAAAAGCATCATCTTTTAAAACATGAAATAGATCAGCTGGAATTCCACCACCTCCACTAGCTTTGTTTGTAGTGGTGCTTTCTAAGGCTTGCCTCACTTTGGACTCCATGATGTCTGGCTTGAGGTGAGTGATCACACCATCATGGTTGTCTGGGTCATTAAGATCTTTTCTGTATAGTTCTTGCCAGCCTTTCTTAGTATCTTCTGCATGCCATGCAATTAATAGTGTACATTTTGGTTGTATTTAGTGCATTCACAGTGTTGTGTGATCACTAGTTCCTGTTTCAAAACTTTCTCATCACTGTACAGAAGCATATGATGTCTATTAAATGATTGCTGTCCATTCTCTCCACCCCATCACGTGTCAACTTAACCTGCTTTATGTCTCTATGATTTGCCTTTTATGGATTCATTGTATAAAAGAACTCATAGTGTCACCCCTTTTGTTTCTGGCTTCTTTCACCCAATATAATGTTTTAGAGTATTTTCTAAGTTGTGATATGTATGAGCACTTTGTTTTTTTCATTTATGGATGAATAATATTCAATTGTATGTGTGTACTATAATTTTTTATGCATCCACATTATGGTCAACATTTGCGTTGTTTTTCTTTGGGTGTTCTGAAAGATACTGCTACTAATATTTGTGTACGAATTTCTTCATGGGCACATTTTCCTTTTTGTTTGATATTTTCCTTGGAGTGGAATTGAGTAGACATATGATATTAATAATTTTATGTCTAACATTTGAGGAATAGTCAGACTTTCCAACAGTGACTGCAGCATTTATATTCCCACCAGCAATGTATAGAGTTCCTGTTTTCACACATAATTGCCAATACTTACTTTCTAATTTTTAACACTATTAAACCTTGCTTAAGTAATGTGAAATTGCATCTGGTTGTGACTATATTTTGTGTTTCCTTAATGAACAGTGACGTTGAATGTATTTTCTTGTTTGGAAAAATATCATCTAAGCCCTTTGCCTTTTTAAAACTGGGTTCCTTGTCATTGTTGTTGAGCTGTTTTTCCAACATATTGGTTGTCATTTCACATCTTTCATTATGCTTTTGATACATAAACATTTTAATTTTATTGAAATATGATATATATTAGACAGATACATATGTACACACGTGTATATATTTGTTACTTTGGTGTCAAATTTAAGGATCAGTTGTCATTTCTGAGTTTCTAAAGCTATACTACAATGTTTTCTTCTAAGTGTTTTATAGATTTAACTCTTGTAAAATATTTTTCTGTTTTTTTAGAATTTATTTTTAATTGGAGGATAATTGCTTTACAATATTGTGCTAGTTTCTGCCATACATAATGGCAGAAAACATAAATCAGCCATAGAAATACATATGTCTCCGCCCTCTTGAACTTCCCTCCCACCTCCCACCTCCCACCCCCAACCCCATCCCACCCCTCCAGGTTGTCAGAGAGCGCTGGCCAGTGTGTTAATCTGATACATGTACATATTATAGAGTGATTACCACACTAAGTGAAGTTGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTTGTGACCCGTGGACTGTAGCCCACCACATTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGATCTTCCCAACCCAGGGATTGAACCTCGGTCTCCCGCATTGTAGGCAGACGCTTTACCATCTGAGCCACCAGGGTTACCACACTAGCATTGGGTTAAGTCCTCTATCTACTCACATAATTACTATTTCCTTTTTTCTATGGTGAGGACATTCAACACATTATTCTGTTAGTAACTTTCACGTGTATAATACAGTATTATTAGCTATAATCACCACTATGTACATTAGATCCCCCAAACGTATTCATCATACACCTGGAGATTTTTATCCTTTGACCAATTATCTCCCTATTTCTCCTGCTACTCCCACCCCAACTCCTGATAGTTGCTATTCTGCTCTCTCTTTCTGTGAGTCTTTTTGAGTTAGGCATTAAATATATATGTGTGTGTATCATATTTAAATTTTTCATCTATTTTGAGTTAAATTTTTTATATGGAGTGAGACAGGGTCCATTCAACGTTGCTGTTCATTAAGGAAACAAACACAAACACAGGGTCATGTCCTGTGTTTTTCCTGCACCTGGTTGTTTCTGCACCATGTCACTGTCAGTGTAACTATCTCATAGTAACAAAATATTTCTAATTCTTCCCTCCATCCCTTGTAGCATGCTGTCATTCATTCCACCTGTATATAAGCAGATATATATTTATATATGAAGTATTCATAAGCATTACTCCATCAAATACATTGCTGTTATTTTGAACTTTTAGCTGTTAAATAAGTTATGAATGAGGAAAAGAAAACTTTTTTATGTTTATGCATTCTTTTCTTTGTAACTCTTTATTTCTTTATGTAGATGTGGTTTTGATTGATATGATTTTCCTTCTCTTGAAAGAATTTCTTTTAACACTTCTAGCAAGGTAGTCATACTGGTAACAGATTACTTTTATTTTATTTTATTTTTTTTTTGGTCTGAGCAGTTCTTCATTTTTATACCCAGCAGTTTTGCAGGGTACACAGTCTTGGTTTGTGGTTTCTTTTTCTCAACACTTTAAATAT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Seq C2 exon
GAAAAACACAATCATCAGTCAGAATATACATTTGAAAACCTGACAATCACTGTATCTGATTTGTTTGGAGCTGGGACAGAGACAACGAGCACCACACTGAGATACGGACTCCTCCTCCTGCTGAAGCACCCCGAAGTCACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000037795:ENSBTAT00000027159:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(13.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]