HsaINT0044265 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000138115 | CYP2C8
Description
cytochrome P450 family 2 subfamily C member 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2622]
Coordinates
chr10:95045810-95058511:-
Coord C1 exon
chr10:95058335-95058511
Coord A exon
chr10:95045952-95058334
Coord C2 exon
chr10:95045810-95045951
Length
12383 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTGCATGAAATCACTTCTAGGAA
3' ss Score
6.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTGCAATAATTTCCCTCTACTCATTGATTGTTTCCCAGGAACTCACAACAAAGTGCTTAAAAATGTTGCTCTTACACGAAGTTACATTAGGGAGAAAGTAAAAGAACACCAAGCATCACTGGATGTTAACAATCCTCGGGACTTTATCGATTGCTTCCTGATCAAAATGGAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAAGGACAACCAAAAGTCAGAATTCAATATTGAAAACTTGGTTGGCACTGTAGCTGATCTATTTGTTGCTGGAACAGAGACAACAAGCACCACTCTGAGATATGGACTCCTGCTCCTGCTGAAGCACCCAGAGGTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000138115:ENST00000371270:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development