BtaINT0048645 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019980 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr4:101869621-101883410:-
Coord C1 exon
chr4:101883290-101883410
Coord A exon
chr4:101869658-101883289
Coord C2 exon
chr4:101869621-101869657
Length
13632 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
TTGCTTTTCCTCTTCTTTAGGAC
3' ss Score
11.95
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAATAGAAAGCTATAAAAATGGAGGCAGCCTGCTAATTCAGGGACCAGACCACTGTTCACTCCTTCATTACGCAGCTAAAACCGGCAACGGGGAGATTGTGAAATATATCCTTGACCACG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCGTCCGAGTTATTGGATATGGCAGACAGTGAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019980:ENSBTAT00000026616:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.462
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(20.2=46.3)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]