GgaINT0108960 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012890 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase, iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr1:57781898-57791544:+
Coord C1 exon
chr1:57781898-57782018
Coord A exon
chr1:57782019-57789125
Coord C2 exon
chr1:57789126-57791544
Length
7107 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TAATTGACTGTCTTTTTCAGGTC
3' ss Score
10.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012890:ENSGALT00000021020:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.098 A=NA C2=0.538
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=FE(51.3=100)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=PD(11.5=64.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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INCLUSION PATTERN[edit]