GgaINT0108960 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012890 | DGKI
Description
NA
Coordinates
chr1:59707704-59714968:+
Coord C1 exon
chr1:59707704-59707824
Coord A exon
chr1:59707825-59714931
Coord C2 exon
chr1:59714932-59714968
Length
7107 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGT
5' ss Score
10.13
3' ss Seq
TAATTGACTGTCTTTTTCAGGTC
3' ss Score
10.78
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCATAGAATGCTGTAAAAAAGGAGCCAATTTGCTAATCCAAGGACCTGACCACGGCTCCCTGTTGCACCACGCTGCCAAGAGTGGGCATGGCGAGATTGTGAAGTATATCCTGGAACATG
Seq A exon
GTGAGTCAGTGTGCAAACCTACGGGGAGCTGTACTGCAGCCAAGAGTGTCAGCCAGGTGAAACCACACAACGCAGTATGACTGGGAGCTTCCTCACTCATTGTCGTCACCCTCAGCCAGATGTCCACTTGCAGCAGGCATAAGCAGGAGACTAGGAATGTAGCAGCAATAACAGGGATGGCTCCAGATGAAGGGAAACTAAAATAATTATGGGTTTCGAGGAGAATGGGTATTTACACAGATTCATCAGTTGTGATGCTATGAAGACCCAGTGTGATGCTCTAGTTTGCCCTCTGGCATGAGACTCTGTGGAATTACTTTGTTTTCCTCTTAGAGCATGTGTTGTAGAAAGCATCTAATCTGTGTAAAATCATTAACAGAAATGGAAAGTCCCTCCTACCATTGATATTATTTCAGTATTTAATAACACCAGTTAGGAAGCCATGCGTTTGTTTCTAGACCGGATTTGCCTAGTTTCCTTCACAACCTTCCAATATTTTGTCTCTTTTTTTTTTCAAGACCACCTGATAACAAAAATTTGTAATATCCATTTAAAATATTTATATTTGTATGCTGTGATCTTGCCATTTCAGTTTTCTCCTTCAGACACTTTTTATCTTTGTCAATAACAGTATTGCAGGCATGTTTACATGGGCCGTGTAAGAATTTGCATGTTTAAATATGTTTGAGTTAGCAGTATTTAGGAGCTTCTGCCTGTTCAAACTACTGTGATCTTGTTGACGGATTGCTGGAAAATGATATAGGCCACAACAGCATCACTGCTCACAAACACAGAGACTATCTCTGGCAATTATAACATATTAACTAATGCCTGAAAGTTGCTACAGAAATTGCACGGAGAGAAGAAAAAAGCAGTACACATAGTAAACAAGGAGGCAATAATCCGTCTGTTAACATTTATTTTAGTTGGGGTGAGATTTGGCTTCACTTTGGCTCCTAGAGTTTAGGTTTTTACATACAACATGATATAGTTAATAGGTCTAAGTTCCTAAAGTAGTCAAAGTAGTCACTGGAGCCAAGCATGTGATCTAGTTTACAATTAGTTACCTGTATGCTTCATTTGTTTATCTAAACATAACTGTCCATCATAATTAGCTCTTGAATATCCGAGACATCTGCATGGGTCCATAGGTAACATGCAAGGCCTGTAGAAGATTCATATCCTTCCGGACTGGCAACAGGAGCCCAGACAAACATCCCTGTAATTCCAAATTCATACCAAGGCTTGCCTTTCAAAATATCATAAAATATTCATATGTGGGCAGCTGAACTGTGCTCCAGTTATTTGGCTAAGGGGAGAGTCTTTTCTGTGTGTAGAGATACCTACATCTGGTAGATACATGTAGCTGGCCTTATATCCTTATTCTGGCTCTTTTTCTCACACGTTGTAGCAAGTCTTACTATCACTAAATTTACTTCTTATTTGACTTCTCTGGATCATCTCATAGGTTACAGTTCATTTATGTGCCTCTAAATTCCATAGATAGACATAATTTCACTTAATTCTCTTACTCTTTCTGGTTTCTTCTCCTGGTGCACATGACCTGTGCCACTTCACTCTCATGGATGCCTCTCCAGGACTTTTCTTAGGCACACATACCTTAAATTACAGACTGACCCAGTTACCATTCTTTCAATGAGGGTTTAAAATGAGATCATTTAAGCTGGTGAGGATGTGAGCAGGAAATCCATGGGAATTTTTGAAGTGAATAGAGAAATGTAGGGGATTACGGACAGTTAGACAAAGACAAACCAGAAGGTTGAGAAAATGTCAACTCAGTTCCTCTCTCCCCCCTGTGTCCCCAAGGATGACAGGAAGCTTTTGCAGCTTTCCAGACATATGTCCTCTGGGCTTCTCCAAATGCATTGTTTGTTTAAAATTCTCTGGGGATCAGAGAGTGCATGGGACAATGCTCTAATAGGGGCCCCCTCTTTCTCCCACCAAGCAATTAATGAATCTCATTTCTACCCTGGGTACTTCTCAGTCACAAACAAGCTCTCTTGCTGAATCATCATCACAATGTCCTTGTTTTTATGTTGTGTTCTCTGGCACCTGGCATCTTCTCAGTAATAATTAGTGTATGAGACCCTATCCAACACTACTAATATCTGAGGCTTTCCCTGTATCTAGCTTCTCATTTCTGTCGATAGACACACTTGATAAAAATGGATCTTACTCTTCTTCTGGTCATTACTTTTGTCCATCTCTAATTCTCCAATAGTTTGTCTGTCATCGAGTTTATCAAGAACACGTGACTAGAGATGGTTAACATTAATAAGAGCTCCACAGCAAAATACTCTCCAGCACACAGCACAGGAAATCTGTTATTAATCACAGAGAAAATCTTCTGAATGTAGTTCAAACCGTGACCAACAGCAACAAAAAATGATTGTTAGCTATCTGGTGTGATGCTACTGGGGTGAATTAAATGTGGTACAGAGGTGGTAAATCCCTCCCTGCCCCCAACATACACACTCCAGGCATAGCACTGGGATTATGAAGAAGAGGAAATTGTGTTGTGCTGTCCTTTGTGGTGATGGCTTTATGCTTTCTGCACATATGCAGGGATATTAATATAAGAGATTACACTGTGATATTGATCAGAATGATTTCAGATGTTAAGGGGGGGAAAATAACCCTTCTCAAGTTAGAAAAAAGCAGAGATGAGTCAAAGAGATTGCTGTGATACTAATCAGTGGACTAGCATGAGCCTGGAATAGCAGCTGAAGCAGCAATGTAGTAGGTGTTAGAACAGCTGCAATGTAGTAGGTGTTAGAACAGCTGCTTACTGCTGCAGGAATGGTTGTGTTGGTTGCTGTTCCTTCAAAACAGTTTCTCTTCATCTCCTATGCATGAGGGGCAGATACACAGACCTACATGTTGTTCAAGAAGCCTTCATAAGTCAAGGGTCTTTTTCTTGTATTGAAGGGGTCACCTTTTAAGATCTGTCTGTAGCTGGGCTAAGAAACACTTAGCAAGAAAACGAGGGCCAAACTCAGTAGGTATCAGAATCACATCTGTTTTTTTGCTGCAGTCAACTATCTCACACCCCAATGCTTACACATTAAAAAAAGTTAACTGTTTGCTTCCTTCACACAATCAGTAGGGAACGCTTAAGAATCTCCATTAGAAAAGGATCTCCTAAATCACCGGCTGTATTTGGAATCAAACTTTATTTGGAATCTTCATCTGGAAGTTCTGAACTGTTTATGGTTTATAACAGTTATTGAAGACAGACAATCCAAGATGTGTCTTCTTTTCTTCTCTAGAAGCTCAAAAGACATGCAAGAGTTCTGTAGTTAATCTACAAAACGTCAGTTTTCAACAGAAGAACGTTACTTACAATTGCTTAAGAGTTCGTGTTGGAAACTTCTTGTGGAATAGTTAGTCCGTGCCATCCTGAACATGTTTGTGACCTCCGACCTCAATGTCCTTGCTTCACTAGATAGCATCCTCTAGTAAACAAGAGAATGCATTTGTTTTAATTATTATTAGGTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGCTTGGAAAGCAAATTCTACTGTGACAGAGATCTGTGTTGAGGACAGTCTGTCAGAGATTGAGTTTGTCTGACATTCACTGATAGCTCTAGATTTGCACAGTGCTTTATAGTAGGGAAACATTTGTGAGATGCCTAAGTAGTAAACAACTCAGATTTCCTAGAAGGCACAAAGTATAAAATAGTGTGTTTTATTTTCTAGGTTTACTAAATTTGAGGTTTATATGAGTGAGACAGTTAAAATGGAAGGCATCTTTCCATAATTGGACTACACAACATGTTACAATAGAAATTCAGAGCCAGAAGACACTAGTAGTCCAAAACAGACACTGTTAATCTTCACATCAGGTAGAAATGAGGAGTGCAAAGTTGGGGGAAGACCTGAAACAGTTCTACTTTTGCAGGTGACTGTTATTTTAAAAATATTCCCTCTTTGGCAGTAATGAACCAAATCCATTTTTGTCCTGTATATCAAAACCTTAATTAACTTATTAACCAAAGAGGATTTTGACAGATGAACTCCCAGAAATGCTGCTAGTGGAAGCTATTACTGTTAAAAACAAATTCACTTCTTCCCCAGTTCTACGAAGGGAGGGACTGATAGGACCAGGGACTGGCAAGGGTTAATAACTGTGGGTCTCCTGTGGGTAGCTGTAACCACCTCCACTGGAGAGGGCAGGGTGTGTTGCAGGCTTGGAGGCCTTTTGGACTGCGTGGTGCTGTATATTTTGGAAATGCCTCCTTTTGCCTCTCTTTTATGTTGTAATGAACTCAGCTAAAGGGCAGCTGCTTTCTAGCTGCCTTCTCGTGCTCTTCTCCTGTCCCCAGCTTGGCCTGAGAAATCAGAGAGGGGCTTTGGTGGAATGAAAGGGGGCAGAAGGAAAGAAGGAAAAAAGTTAATAATTCTACACAGACAGTCTATTGGAGATGTGAAGGAAAGAAAGTGATCTCAGCTGGGCTTCCCCTCGGTGTGTCATGCTTTTCAGCTCCTTTCAAGCAAACTTCTCCCCCCTGTCCCTATCCTGCCATTCTTTAGTCCCCAAGTCTCTCTCTTTCTCCCTCTCTCTTTTTTTTTTTTCTCCCTCCACCTCTCCACACATTTCTATCCTTTGTTTTTATTTCCCCCCCGCTGTTTTCCTTGATAGAAATCTCACTCATGCATTTCCCTTCCGGATTTCTATGGGGTTATTTTGTCCTCTCTCTCTCTGCGCCTTGGTCTCCTTTTCTTTCTTTGCCTCTTGTCCTGGAGTAAAACAGCCGCCTCCCCGCTGGGTCAGGATGACATTGCCGTTAGCTTTCCCAGTGCCAGCCCTTCCCACATCTGTGCAGCTTTTGTCCCAGGGCAGAGGGGGATTTGGAATGGTCGGTTGGCAGCGCCAGGGAGACTGATGTAAAAATGAGGTCCAAAACAGAGGGGAAAGGGAATTAGGAGGAGAGCGTGATGTGGTTTAAGAGAAGCACAAGCAAAATAAATAAGAAATAAAGGAAACAACTTGGATTGAATGTGAGTTGGGACCGTATAGTTTTAGAGATAGGCCAAAGAGAATAAAATGAATGAATCCTGACACCATGTCATGCTGTGAATTGATTAACTGCAATATCTGGCCTTAAGTCTGACCGGGCTGGAGTCAGGTTGCTCCCATTGGATATTTTGTTTGGAATAGTTTGCTAGAGAGCTCCCATGTGCACTGGTAGGATGTACCTGTCACCTGTTTAGGTTTGTACTTATAGACTGCTCACTCAATCCTCAGTACTTGGCTCCCCTCCTGACCAGTTTTCCTTTGTCCTTGGTTTTCTTTCTCACCGCACATACTGTGTTCCAGGTCTTCTGTCCTCTCAGATCATATTCTTCTAATTTTTCTCTCTTTTTTTTTCTGTTCTTACCAGAGTAAGAGTGTGCCCAATGCAGCCAGTTCAGATACTTTGCTGCACCATCCACCACAACCTTCACTGCCCCCTCTATGAGCAGAAACACACTATTACTAAGTTTACACTGCAGGTCATTCCTTGTACCTTTCTCTGGGAGGTAGTATTGCAACAAGCCATGGGAAATGGCTTATTGAACCTTTATTTCTGAAATAACATGATTTTCTTTAGTCCTGAGAGATATTATTCATCTAGTTGTTTTTATTCATCTAGTTGTTGGTTGTTTGGTTTGGTCTGTTTTTGTTGTTATTGTTGTTTGTTTTTTATCCTTAGATTCTTAGCTGTTATTTTTCTCAACAAGGGAACTCTGCTTAGACTCCTGTATCCTCCTGTGCTTATAGGAATTTGTAGGTCACGATTATGCTTCTTTTGGATGGGGAGCAGTAAACCCACAACAGCCAAGTGAAACTGCTGTGTGGTGTAGCATGAGACTTAGGAGAGTGGCTAAAAAGCTTGGAGAACTGCTGCAGTAGGTATGCAGTGCTCTGTGCACCGAATTTGAGGCATGCTACCTTTTTGACCACCTCTTTCTTATGATGGTGGAAGGTGAAGGGAAGGAACTATCTGCAGTTCCAGGAGCCATGGCAAACAGCTCTCCCAAACATACTACGCATATATGTTATAAAAGGAGTGAGGGAGAGATGGACTGCTCTTGTCCATGTCAACATATACTCACTGAAAGAAGTGAAGAGAGGTTGTGTGTGGGCCTTTGTAAGTAAATAGTGTGAAATTCCTCAGATTCAGGTGAGATTTGCCATAAGCTCTTGAGGACTCTTGAATTTGAAAGTCAAAATGTGATGAAGAGACATATTCATGCACAGGAAGCAAAATTCCTGTAAAGTTTCACTATTCCCCTTGCTAAATGCCCCCTACCATCTGACACTATGCTCCAGAGCAGTGGAGAGGATAATAGTAAGGCTGACTAGAAAAGGAAAAGTTCTCATTTCAAATGCTATCCAAATCCTAGCTTTTCCCTATCACTGTAATTCAGTGATGGAATTTGCTGCTGTAGACATCTGCCTGTAGTGAATATCAACAACAAAAGCACATCAACAAAATGAATTTTTTTGTCTCACTTAACAAAAAACTTTTCTATTTTGCTTACCCTTACTTTCCTGATCATTGCTGACCAGTAGAGTACAGGATTTGCATATCAATATAAAGACTGCTGGGAATATTCCACCCTGATCTACATTCTGTATAGTGCTGTTAAATAGAGTAGCACAGGGATGTCATTCAGGACAGAATTTGGCTAATTTCAACTTCCTAATGACATTTTCCCTCTAGTACTAACAATAGATTTTAACTTGCAATATATCAGGGTTTCCATTATATCAGCATTTCCAATGTGCTGTGCTTATGTGAACCACTTAATTGAGCAAGGTGAAGAGTGAGAAAATAAATGCCATGAATATTCATTCCCGGTATAATTTAGAAGCTGCTATTCCCTGGCACTGAGACTCCAGCAGTGACTGTGCATTCAGAATTTTGTTAGTGCAAGGGTTTGTGCAAGCAAATGTTACCTTGAAGTTAGGCATATCTGTGCTAACTGAGTTTTCTGTTGATTTCTTTTACATATTGCATATGTACATTTGCATATGCAAACAAATGCTACATAACATAATTGACTGTCTTTTTCAG
Seq C2 exon
GTCCATCTGAATTACTGGACATGACAGACAGTGAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012890:ENSGALT00000021020:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.122 A=NA C2=0.615
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(20.7=46.3)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(13.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]