HsaINT0047345 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157680 | DGKI
Description
diacylglycerol kinase iota [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2855]
Coordinates
chr7:137397377-137407995:-
Coord C1 exon
chr7:137407875-137407995
Coord A exon
chr7:137397414-137407874
Coord C2 exon
chr7:137397377-137397413
Length
10461 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
CTTGCTTTCTTCTTATTTAGGAC
3' ss Score
11.78
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAATAGAAAGCTATAAAAATGGAGGCAGTCTGCTAATTCAGGGACCAGACCACTGTTCACTCCTTCACTACGCAGCTAAAACCGGCAACGGGGAGATTGTGAAATATATCCTTGACCACG
Seq A exon
GTAAGTAGGCATAGTGAACTTACCAAGGATCACTTACCTGTGAAATCCATTGCATTTTGCATTTTCTAAGTTACCCTTCATCCAGGCAGTTTTCAGAATGGCAGAAATACTCTCGAACTTTTAGCAGACTCTGCCCCTGCTTATTTGAGGCAGTCGTGGTTGCAGACCACTGACACATACGGGCCATCCTATCCAAGCAATTAGTAGAAACAGTGTTCATACCAAGCTCTTTACAGGCTATTTTTCAGACTAATTAGTTTTTTTTTTTAAATAGAGGACAAAAATAAATGCAGCCTGGCATCGTGTGCTTTATTTTTTTCTAGAGCTCTTCTGTAAATTAATGGGTTGGGATTCCCTACCTCACCTGTATTTGCGGTTCATCGTTGTGAAGATTCATGAGGATAATTGTTTTGCATCTTTCCAGTTTCTCATTTTTTTTTCTGTTTGATCTCATTTATCTTTTCCACCCAAGTTACGCTTTATTCTCTTTGAAAATGTCTGGTACTATTGTGTTGTCTGTGGCAGATCATACTAACCTTCCAGACTGCTTTCTAACTGGATTTCTAATAGTTGGTGCCAGATCGTTTGCAGGAAGTAGCATGCGCTATAGCATCTGCCTCTAAAAACCCTTTGGAAGCATAAACATATTTAATGAATACCAAATCTAAACTGTTACATTGAATTTATCATGTTTTGTAGTATTTCTAGGAATAAAGAACAGGAATAAAGGGGAAAAATACTGCCTAGCTAGTCTGTTTTAAATGAGAAGGAATGAAAGAGTCTAATTCTGCTGGATCTTGGTATACAGAGAGATTGGAAAAGTTTCTTTGAGCCCTGACAGTCAGCCTGTGGCTGACTCCTTTTGTACCCAAATTCAGCCTGTAGATAGTAAGCATACTCATAAACATTCACATCCTTTTTGCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATTCAGCAAGTATGTCTTATTCCATTCATTGATTCATTCATTTAACAAATATTTGTGTAGTGCCTAACAGGAGCTGCCTGTTATAGATGGTACACAGACAAAAATAAAATACAGTCACTGTTTTCAAGCAATTGCAGGCTAAAGAAAAAAATAAGATCATGTGTATAATTAAATTTAAAACCGATATATGGAGCTGTTTTAAGTCCTATGGTAAAGCCACAGATAGATAACATAGCTACCATTTATCAAGCACATATTTGCCAATTGTTTATAGTAAACACATCCCGTCATTTGACAAGGTCCTTGCAAGGTAGGTACTAAACTATCAATCACGTTAGACACCCCTTGCTTTGTCTTCAACACCTTCTCACTGTGAAGATTCTGCTTGAACCCTTGGTCTGAAATACGGTAGAAAGGGTGGGTTAGAAAAAGGAAAGACCATGAAAACAGGAGGGCTGCGATGACAGCATTTCTTTACTCCTTGTAGGCTGGGTTGGATAATCCCAAACCTGTCTGCCCTGGAAAGCCTAGGTAGATAGGATGTATTTTTGGTGCTAAGTCTGGGGCTTGTATCATTCCATCTCCTATTTCCCTGGCTATTCAGTCTCTTGCAGTTAAAAGCGTTCCTTTCTGGGCAAGAGTGAAGCCACACTAATATCTCAGGATTTCTACTGCACAAAGCTCAGGTGAGGGTTAGATGTATACTGTCACTTTATTTTTGTTTAGCTCAGGTTTAAAATTCTCCTATTTGCTGTCTTCTTGATCACTTCCAATCTACTCTCTTTAGTTTACCCTTTACCCAAGAGATTGAATGCTTGCTTGGATACCTTAAGCCATTTGGTGCCCACCTACCCTCTCTCTGGAGTTAGGTGAGACACTGGCCATCTATTTGAGTGACAACACAATCCAGGAATCTCTCTCTCCACACCCCCCCACCCATCTTTTCACCTTTCCTGGAGAAGCAGTATTTCCTCCCCTAGTCCTAGGATCCTCTCTGTATCCACCGTCTCACTTGGTCTCATTTAGGAGGCTGCAGTCAGCTCCTTTTTTTGATGAGGCTTTGTTGAAGATGGACTCTCACATGTTTGGGGCTTTCAGCTGGGAGGGCTGTGGAAGGCCAGGACACCTAAGCCTTTCTCAACACCTCGTCTTTTTTTCCCAAGATCCTTCACAGCATGGTAGTGCTGGGGTTCCCAGGGGTGAGAGTGGAAGCTCCCAGATGTCCTGAAGCTAAGCTGGGAAGTTCTGGATGATCTCTACTGCATTCTATTGGCTAAAACAAGTCACAGGGCCAGCCCAGATTTAAAAGGTTGGGAAACAGATTCCACTGTTTGATGGCATGAGCTGTGAAAAATTCATGGAGATATTTAATCTACCACACTCCCTTATGTCCCGGTCTCTGCAGTTTAAAGTGAACAATGTCCTAAACTTCTGACTCACCTGGAATCCCTTAGAGCTTCGTTTTTCTATTTGACTTTGGTTCTGGGTCTTAAGAACCCCAGTTTCACAAATAAAAATACAAGATGGCCGGGCATGGTGGGCCCATAGTCCCAGCTACTTGAGGCTGAGGCAGAAGGATTGCTTGAGCCCAGGAGGTGTAAGCTGAGTGAGCTAGAATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAGCTGAGCCAGACTCTGTCTCTTGAAGAAAAAAAAATGATAACAATAATGAAGGTTTTAACATAAGTATAGCCCATGCAATATTTGAAATATGATTATACTAAAAATGAAAACAGCAGAACTCCTCATCTGAGTTGCCCCAGGGACATGAATGATGAGTCCTGTGCCCCAGGGACATGAATGATGAGTCCTGGGATGATATCACCTTAACACAGTAGCTTTTCACTTTCTCTACTTCCTCTCTTCCCCTGCGTCCAAAAATAGGGCCTTTAAAAGCACCGTTCATCCAAGCTCACAGGCCTTGGAGTTTCTAACCCCAAATATAGATCAGTACACACCTACTTTGCCTGGCATCAATTCATCTGGCACATTAGTCTCTGAGGGCCTTGATCAAAACCTAACATTCCAATACAAATCAGTTTCTCATCACCCCGCATTGACTCTTGCAAGACTGAGTCACACAATACCACTCCGCCCAAATGGAAGGACACAAAGGAATTCAGTCTTTTTTAGGGGGGTGGGGGTGCTTATTTTTCCAGTGCTTTGGTTAGATGTTATAAATTAATCAGCTTAATATTTATGCTCACGAGAAGAAACACAATGTTCACAGTAATCATCCTAACTTCACTTCCAGGCAAACAATTTCTGAGGTCTCAGAAGGCATCCTATACCTTTCCTGCCTCACCAGGATCTCTAATAGCACAGGAAGAAAGACTGTGGAGATGGGAGAGCACAATCCATCTCTTTTGTTTGTAAAGAAAATGTTATTATGATGTTCAGTCCAAGGATCACCGCATTTTTGATGGATGGCAATTTTTAACACTTTACTACTATAGCTGAATATGGAGACTTAAATGCAATTGATTCTTACTGAAATTAGTTTTTATCAACATTGATAGACATTGTCAATTTCATTTTTGATGTCTATCTTATCTTTTTTATTTATTCAGAAATACGGATGTAAAATCATTTGATATAGCCTAATTCACCTCATTCCACAAGAGCTAAACACTTCAGCTCAACTGTCGTTTTGTTTTTTAATATCTTTAGTTGCTGATTCAGTTTATATTAACCTTTGCATTTTATTGAAAACTATCATAGCAAAACCATTCCTCTCTTTTAGATGATAGAAACTCCTTTAAATTATAGTGTTCTTGAAGTCAGAGACAAGTACACAGAAAACATTACCCTTTTTCAATACTGTAATCACCTTCTTAAGGTGATCTCTCTTGATTGAAATACTCTCTCCTAACTTAGTAATGATGATAACTCTGGAATATCCTGACCTGACAAAGAAATCAGCCTTTCCAAGAGGCCTCAGTAAGTCTGGGATTTAGGGATGTATACCAGACTATGGCATTGTATTTTTAAATTAGCATCAGATTTGCAGTAGGTAAGTCTGATCAGTTTGAATTCATGTAAATGAAAAAAAAAATAACAAATAAAAATTTTACACTATGCCGAAGATCAAGAAAGACATTCCTCCTGGTTATTGAATATTGCAAATCTCTTAAAGCCTTTGTTGTTTATTTACTTATTTTTTACAATTTGGTTTATGTCTGTCCCATGGTTTCATATGACATAAATCTGAAAAATTGTTCAAAGACTTGACTGTAAGGATGCCTTTAGTAATAGCAATTCTGAAGGATTCACAGGCTCTTTGCCAGGTGCACAGCTGATGTTGTTTGTGGCTCTTGAGTTGACACTTCCTTTGCTTCCTGCAGCCTTACTCCTGAGCCCCTCTCCCCTCTGCTCTGCCCTCTTCTTCATTGGCTCTGGTCAGGAGTGTGGGCCGCCACCATCAAGAGGACACCTGAACAAGAGTCCTGAGATTAGTTATTCTCCCAGACACAACAAGCAGCAACTGATTTCTCTTCTATGGGCTCTTTTAAAGCAGGCTGGGGGCTGTGCCACATGAGATCTGCGGTATGTTCTGAAAGCGCCATGGGAGGCTTGAATTTTTTTCGGCTTGCATCTTCTTCCTTTGGATGTCTTCTCTCATCTATACAGCATGCTGCTTTCCTTTATGAAAAACTGGAATTTGGACATTTAGAGAGTTGAAAAGAGACTCGGGGAGGAAGAGTTAATAATTCCACAGAGACTGGGAGAGAGACTAAGGATGCAGGGATTCCAGCTGAGATTCCTCTCAGTGCTTCCCGCTTTTCAGCTCCTTTCAACCATATTTTCTGCCCGCTCCCTCCCCCCTCGTTTGCCCCTCCAACCCTCCAAGGGACTTTTGTGTTGTTTCTTTCCTTCGCCACCCTGCACACTCTGCTCTTTTGTTTTTATTCTCCCCACGCCTACCCCATTGCCTCCTACTGGTTTTCCTGATAGAAATCTCACTCATGCATTTCCTTTTTGATTTCAATGGGTTATTTTGTCTTCCCTCTTTTTCTGTCTTCAGTCTTTCT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Seq C2 exon
GACCTTCCGAGTTATTGGATATGGCAGACAGTGAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000157680:ENST00000288490:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.484
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127962=Ank_2=PU(20.2=46.3)
A:
NA
C2:
PF127962=Ank_2=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development