BtaINT0050621 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021972 | DNAH5
Description
dynein, axonemal, heavy chain 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2950]
Coordinates
chr20:59544882-59560606:+
Coord C1 exon
chr20:59544882-59545113
Coord A exon
chr20:59545114-59559911
Coord C2 exon
chr20:59559912-59560606
Length
14798 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTGAGT
5' ss Score
11.45
3' ss Seq
TCTGATGGTTTTTGTTGTAGCTG
3' ss Score
8.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGTGAGAGATCCTCGGTTATACTCTTGTCCCATCTACAAGAAGCCGGTCCGAACAGACTTGAACTACATCGCTGCTGTAGACCTCAGGACAGCCCAGGCCCCCGAACACTGGGTGCTGCGTGGAGTTGCCCTTCTCTGCGATGTCAAGTAATGTGGGGCGTGTCCCTCACCCAGTAAATGCAGGATCCAGAGTATCACAAGCTCTGTTCTTCTGTATGGATGTTGTGTACATCAGGTTGATTGTACGGTGTGTGAATTGCATCGGGGTTCCCTGCTCCTTCGCTGGATGCTTGCTTATATTTAGTCTGTTTCACCGTTAATGACCAATCACTGTGTGTTTTGAAAAGCTATCTGGTGATTTAGAAGTAAGGTTTATAACTTTCTATTCAAGCTTGGCCCTCAAATCCAGAGTAATATGTTTTCTTCTTTCAACGCCAAAGACTGACTAGGGTAAATAGATGGTATTAGTATTTCCCTGGAAGGGATTATTCTTCTGTTAATGTGGTTTCGGTGACAGCCCAGTTCTCTAAGATAACATGACAAGTTTGTGCTAATTCTGTTTCTGTTGCCTTTTGCATTTAGGTCAGGTAAGAGATTTCTTTTCATGACTGAAGTTGCCAGTTAAACAGATCTGAAAAATGGAAGGAAATAGAATGGTGGGTTAAGAATGTGAATAGATGAATAGACAATGCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021972:ENSBTAT00000061278:78
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(11.1=100)
A:
NA
C2:
PF0302810=Dynein_heavy=PD(6.8=92.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]