MmuINT0050966 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022262 | Dnah5
Description
dynein, axonemal, heavy chain 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:107718]
Coordinates
chr15:28459119-28472045:+
Coord C1 exon
chr15:28459119-28459350
Coord A exon
chr15:28459351-28470356
Coord C2 exon
chr15:28470357-28472045
Length
11006 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATAGTAAGT
5' ss Score
8.65
3' ss Seq
CTATAAATTGTGTTTTGTAGCTG
3' ss Score
7.13
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGCAAGAGATCCTCGGTTGTACTGCTGCCCCATCTACAAGAAGCCAGTTCGAACAGACTTGAACTACATTGCTGCTGTGGACCTCAAGACAGCTCAGGCCCCTGAACACTGGGTTCTCCGTGGGGTTGCCCTTCTCTGTGATGTCAAGTAACAGAAACATATGATCCAAAGTATTTTAGTCTTCGTTTCTCTGTCAGTGCTGGGCATATATAAGTCAGACTGTGTTGTGTGCAATGAATGAGATGACATCATCCCATACACTTCCTTGGACTCTTAGCTACATTTCACATGTTTTGTTATTGGTGGCTGACTCCTGCATTTCTTTAAAAAAATACTTGTGATTTAAAAGCATAGTTAACATCTCCTAATGAATTGTGGGCATCAAATCTCTAATTGTCTATTTTCTTTTTCCTTCTATCTGAAGTTTATGTTAAATGGATGCTATTACCTCCTAGAGATTGTTTGCCTGTTAATATGGTTCTACTGGTAGCAGCTAGGTTCTCTAAAGTAACATGGGAAGCTTGTGTGAAGGTTGTTTCTGTTACCTTTTGCTTTTTGGCCAGGTCAGGAGACTTATATTCAAGGTTTCAAGCAGCTAATTAATTTTACAAAACAACAGGAAATAAAAAATGGATTAAGATTATAAATAGGCAACTCAGGGTAACTTAGAGTGTAAACATGTAGAGCAACATTCAGTGATGCTTATAATTAATATGGGGATCCTGATTGATGTCTTACAAAAAGTGTGGGGTCTGTACCGACATGCACCCACACATCGTTAGAGCAATGTGAATTGATCCAAGCTTACTGTAAAAGAATTTAAACAGAGAAAGAAACATTAAAAACAAACAAACACACTCACAAGCTTAGATCCTTATTGTTCTATATCAAGGAGGTAAACACACTGAAGACAAATTTTACATATAAAGTTGTACTTAATAAAGGAAAGGAATGGACCTGCTTCAAATGTTCAACTTTAAAGCTATGCTAACAGAAACCAGGAGGTATTAGACAACTATGAAATGTGGTATCGGAAAGTGCTTTTGAAGAAAAGACAAGCACGCTAATAATTGAAACATGCCATTTACAAAGTATTGATCTCTTTGTGATTACAGCTAAATACAATGAATTTGAATGTGGACAAAAATTAAATAGTAATATGAGAAACTAAAGACAGCAATTTAAAATGCAGTAGCCAGAAGGATAGGGATGATCAAAACTGCCCTACAAGGTGTGTGAGGGATTCCAAAGGGATTTTTATTAACTAGGAAATTCTTCATTTATTTTGTTTTAAGTTTTGGTTATTAATGACCTTCTGCTTCACCTAGTGCGTATTGACTAGGAAGCGTAATCGGTGTTATGATTAGAATTGGGGTTCAGGTGTAGGTCTGATTACTAGCTGTAGTTTCTTTTGAGGTAATGGGTTTTTTATGTGTGCAGTAGGTGGAGAGGGTGTTTGTTCTCCACCACATACAGGTCTGTGATCAGTATCATTACATTGTGCTCATTATACCTGTTTAGTTAATGTGACTACTACTGATCATTGGTGATACTGCTCCCATTTAAATCGCTTCTCTTGTATGGATAAATATTTTGGTTGATCCTTGAGAATTATTGCTGATTATTTTGTTCTTAAAAACAGATAATAAAAATTAGAATGTGATGCAAATTAATAAAATATTGTTAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022262:ENSMUST00000067048:78
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(11.1=100)
A:
NA
C2:
PF0302810=Dynein_heavy=PD(6.8=92.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types