BtaINT0050636 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016784 | DNAH7
Description
Bos taurus dynein, axonemal, heavy chain 7 (DNAH7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001143874]
Coordinates
chr2:84940833-84950684:-
Coord C1 exon
chr2:84950498-84950684
Coord A exon
chr2:84941027-84950497
Coord C2 exon
chr2:84940833-84941026
Length
9471 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAGGT
5' ss Score
7.33
3' ss Seq
GAATTTTCTTTTATTTTTAGGAT
3' ss Score
10.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAGTGGGAGGGCAAGCTCCTGCTGCTTCAGGAGATTCTGGATGAATGGCTCAAGGTCCAAGCCACCTGGCTGTATTTGGAGCCCATTTTTAGTTCTCCAGACATTATGTCTCAAATGCCTGAGGAAGGGAGGCGATTTACAACGGTGGATAAAACATGGAGAGATATAATGAAAAGTGTCCTACAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
GATAAACATGTTCTGTCAGTTGTAACTATTGAGAGGATGCTGGAGAGGCTGAAAAAATCTAATGAGCTTTTGGAACTCATTCTTAAAGGACTTAATGAATATTTGGAAAAGAAACGTCTCTTCTTCCCCAGATTCTTTTTCTTGTCTAATGATGAACTTCTTGAGATCCTATCTGAGACTAAAGATCCCACTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016784:ENSBTAT00000038364:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083938=DHC_N2=FE(15.0=100)
A:
NA
C2:
PF083938=DHC_N2=FE(15.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]