DreINT0058139 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000060165 | dnah7
Description
dynein, axonemal, heavy chain 7 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-282]
Coordinates
chr9:25225393-25233715:-
Coord C1 exon
chr9:25233529-25233715
Coord A exon
chr9:25225587-25233528
Coord C2 exon
chr9:25225393-25225586
Length
7942 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
AACATATGTTTCTTTCTTAGGAC
3' ss Score
10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
AGACTGGGAGGATAAGCTGCTTTTACTTCAAGAAATTATGGACGAGTGGTTGAAGGTTCAAGGCACATGGCTTTACCTTGAACCCATCTTCAGTTCCCCAGACATCATGGCTCAGATGCCAGAGGAGGGACGTCGCTTTACTGCTGTCGACAAAACATGGAGGGACACCATGAAACAAGTCAGCTTG
Seq A exon
GTGAGTTAGAAAATTTAAACACAAGTTTGGGTTTGTTTATATCAAGAAACTCTTTGGAGAAGTTCCTGACATACCTTTTGTGTAAAACTGTAGTGTTTTCATGACAAATGAGATGGCTATGAGACACAAACCCAGACACAGTCACTCATCTAGAGACTCTTCAGCAAGTAATTGGCAACTGCAGTCTCGGTGCGATGAAAAACATCAATATCTGTTGTCCTTCTCTAAACGGAAAAAAGTAGCTTGGCTGTACCGTCAAATAGATATTATGGATTTTGTCTAGAGGGACTCAAATCTGGGGGTGTGCAGAGAACAAGGTCGCTGATCAGAATGAGGCAAGCTCTCTCCCTTCACAAGGTTTGAGAAAGTGTGTCTCTGTACTAGATAAAAAATATATATATTTTTAAAGAGTTTAAAGACATAAATTAATCACACTATGTGCTGAAAGTTCTAATATAGTCTCTAAAGTTCTATAAGCTTGACCATGTAAAAATAATTTATATATACCATATCTGAAGCTGCTCTGTTGAATAGCATGTTGTTGAAAATCAGTGCTGCGCTTAATTTTCCAAACTGTAATATTAACATGTCCACTAGGTGTCTCTCTTCATCTGCGGTACCCACAGAGCTGTTTGCCGTCTCCAGATTGTATTTACCCTTTTCTAATGCATTTCTAACTTTTCCCATTTGACAGAAACTGAGATAAACATTCTGTAATTAAATTCAAAATTCTGGGCTTCTTTAAGGATGTTTTCTTTTTGAATAATTCCTACACCACTCAACGATTTCCTCATAATGAACCATAAATGGCTCTTCTCGGAAAAGCAAACATATATTATTTCAGCTGGGAGGCAGGTGCTGTTGCTTGTTCTTGCTGGATTCTTGAGCAGCAGTACATAAAGAAAGGTATGCTTATGATATCAGATTCAGTAGAGTGTTTGGGGCAAACATCAGCATAGATGCAGATCTAAGCCCAGTTTATTTTTTTTCTTTGTAAGGTTAGTTCACTTCAAATTGAAAATTCTCTCATCATTCACCCTCATGTCATTTCTAATCCATAAATAAATCAAAGATGACTGTTTTTTTTTTCAAATTTAACCTCTGAAATTTAACCTCTGCTCACCAAAAACACTTTAAAACCATGAAAGTTCATAGGGTTGTGGAGCCCTGTGAAATCATGAAAATTTGGCCCACTTGTTTTAAAAAACAAACACGGTGGCCCAGTGGATAGCACTATTGCCTCACAGCAAGAAGGTCTCTGGTTTGAGTCCCTGCTGGGCAAGTTGGCATTTCTATGTGGAGTTTCATGTTCTCCCTGTGTTGGTGTGGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTATAGGTGAATTGAATATACTAAATTGGCCATAGTGTATGTGTGAATGAGTGTATGGGTGCTTCCCAGTACTTGGTTTTGGCTGGAAGGGCATCCGCTACATAAAACATATGAAATAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCTGCGCTTGATAAATAAGGGACTAAGCTGAAGGATATTGAATGATTGAACTTAAGATACATGTATAAAGATTTTGTAATTTTTTTTGTAAAGTTTACTACAAATGATTGTAAAATATCGTAAATGAGATTGCGTGTTTGATAAACTAAAATAAATATATATATAAACAAACATAACAAAAACACATCTGAGAAATGGTCACAATAAATATGTTTTGGAGAAATCCACTGGGCCTATAAGGGACAGGGCCAGAGGTGAACACCTGTATTACATGTTGGACAGGTCAGCACTGCTTCAAAATGTTTATAAAGCAGTGTCGAACTAAACCGTGGCCTTTGGGGGAGCCCTTTTTTTCTAACCCCTGGGGGGTCGCTTTGAACTTGAGAGTCCCTTGCCACATATAGGCTATAAAACACACAGGATCCCTGTCCTTAAACAGCAAAGTATAAACAAAAATCTATAAATATAAAACAAATATTTATATAATTGTAACTAATGTTACAAAGTAGGCCAAATGAACAAAACACCACGACAGATTCGGTTTACTTTCTTGCTAAAAAGTTTAGTTTTTTCCATCAATTAACTTTATTTGACCTTTGAAAATATCTTTTGAGGGATTTAATTTTTATTTCATCCTTGTCTAATTTTACCTGCAGTGCTTCTGTGATGGGAATACATTAATTTATATTAAATCAACAAACACGAATATGTTTCACTTAACATCAAAAAATATAACCTCGTTATACAGCCTATCATTTTTCTATTCGCTCTATAAGATCAAGATGATGACATTAAGGACAGCATATGCTTTTTTATTTTACATAGGCCTATAGAATATCATGGGATCTCACTTTTCACTCTGGTATAACATAATCACGAATTGAAAAATGAAAGTAGCACCATTGAAAAGGGTTTCCTTTTTGTCAAGTTGTCCAACATGTTTACAGCAATGTCACGGTGTTTAAAAAAAGAACATTGTATTGGTCTACTGTATGAAGCAAATGAAACGAAACACATCATGTGTTTCGGGAAATGAATAAGCAGTGTCTCAACATCCATATGAAAGCATCTGGCTGTCAGGACTTTGCTCCTCAGCGCTCCCACACCTTGATGCTCATAACAAGAATAGCATCTGTAGTTACCTTTTTTTTAGGTGAAGTGTAAATCTCCGTCATGCATGAATGAATTATATGTTTGCACTTTTACACGTAATAATCCATGATCACATTACACAATCAATACTGAAACCGCAAGCCAAAATAACACATTGTCAATATCTCCCCAAAACTTCACAAATCATGTTTTCAGGCTCCCCCTAACTCACATCCTGTTCATAAAGGATAAAAAGGAGTGAATATTAATTAAGTGGTTTAATCCAAGAATTCCCAATGGACTCTATCACTTTATATGATGTACAAATTAAAATTTGGTTTTTATTTACATTTAAATAAACGTGACTTCCACCATACATGTTTAATACATGGAAACAAACCTTACTGGTTTTTGTTTATTGAGCTTCCATGGCCAATACTGTATATATTATGAAGCCATTTCATGATAAAAAATTGGAGTGAACAGACTTACAGTGAAGGGTAAGAAATCTCTCAAATTTAATCAAATACATTTTAACTGTTTTAAAAAAATAAACAATTCCTTTCGGGTTTGGAATGACATGATGGTGAGTAAATGATCACAAAATTCTCATTCTAGGACGAGCCAACCCTCTAAGTCGGGATCAGGGACATATGAAGCTATTCCGCAATTAAAAGGCTACTGTAAATGATAAGGAATGCATTGATGAAGAAAACACGATCAGCAAGTGTGAATATCTGGATCTGTTGAGCAGCCCACCTGCATGTTTCTGCACCCTGTGAAAGGAAGCGGATGATTTTCAGCATCTCTTCATTCAAGCGCATCCTGGCAGCACTCACCCTGCCGCTCTAATGTAATTCAGTGTGACAGAGGGAGAGAATCATTAAAAGAGTAATTGGCATAAAAACATCCCCTCTCTCTTTCATTACAGTCATCCAATAGTGTCTTTTCATGTTTTAAAAGGGTAATTTTGTGTAGGCTTTGGTTATTAACAACCCCTCATTACTTCCTCTCAGTCTCTGTCAAGTAACTCAGGCTGTTTTTGTCATCCAAAAGTGATCGTTAAACTTCAATCTCAGTTCGTGAACGTGAAGTCTAGTCAGCGTGGGTAATAGAAAATCAATAGCAATCCGAAAAGGGGAAAAAGCAATTATTATCTCTTTACAGGTGAGCAGCATCTGTGAGGGGTGGAGAGGGAAGGGAACGTGGTATCCAATTGTTTCCTTTCTTTCTAATGAAGGAAATGGCCTTCACACAACCTTTGGAGGAACGTTTGAAAATCATACAGCCAATGATGAGTTTTCCTAGTGGGAGACCCCTTTCATAAATGATCTCTTTTGTAAAAGTTGGAATATACGGTTATGAATATAATCTTTTCATCACTGGATTTGAACGTTTAGAGCAGCGAATTAAAAAATGTTAGGGTATTTCTTTACCTATGATTTGCAGGCTCAGGAGCTGAGCTTGAAAACTTCTCAGCGATCTGTCTGATATAGCCAGCTACTGACAAAAATATACTTTACTGGTCTGTTAAATTATTACTGATGTTCTTGGTATCGAAATGTTTTCTCATACATGCAGTTTGTGATTTTCTTGATTATTACATTTCAGCATATACTTCGCTTGAGCTGCCTTAAATAATGCCTTGACATTTGTTCTGAAGAGGTGTTTAAAAAGTTTGAATCCCACAGATTTATAGTAAATTGAAGGCAAAACCCATTCAACCCATGTTCTGGACCTTTTTACAAATGAAATCAAAACTAACCATATGATTTTGTTAGCTGACATAGCTTTGTGGTGGATAATCTGTGCATGTCATTAAGAAAAAGCAAAATAGTTTAGCCTTGTAATTTTTACAGTTAAACTTTCAATTATGTCTGTCTGAGGTATTTAGCATGGTTAACATACTTAACCACACCCCTCCAACTGTCAACTTTGACAACAGAAATGATGAGAAAGACGTGTCTGATATGCCGAGTTCAGACTGCACAATTTTCAAAGTTGTCACATCACAGATGTTTTTACACTGCATGACTATCTGGGCTAGTGTTTCGTCGCTGCTTTGTTTACACTGCAAGATCGATCGGCGACAGGTGATTTTACACTGTATGACTTTAGAATCATCAACAACTTTGTCCAAACTACGTCTCACAACTGAAGTGACATGGAAACAACATGAGGTCATCTAGTATATATTTTGTTAATAACTACATCATAAGAAGAAAAATGTACTTATTTTGCTCACCTGGCTTTGAAGGGAATTAGCAATTTCTCCTCAACTTTTTTCTTTTTCCACCCGGTTGTGGTATTGATCAGAAGACACGTCAATCAGACATGGGTGCTCCTGACAAATTTACACTAGTTTTTTCTCCATTTTTGGGGTCCAAATAAAC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Seq C2 exon
GACAAGCATGTCCTGGCAGTGGTGGCCATCGAAAAGATGCTAGACAAGATGAAACACAGTAACGAGTTACTGGAACTCATTCTAAAGGGTCTGAATGAATACTTGGAGAAGAAAAGACTCTATTTCCCCCGCTTCTTCTTCTTGTCCAACGATGAGCTGCTGGAGATCCTCTCTGAGACTAAAGATCCAACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000060165:ENSDART00000137131:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083938=DHC_N2=FE(14.9=100)
A:
NA
C2:
PF083938=DHC_N2=FE(15.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]