MmuINT0051057 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:46198823-46232325:+
Coord C1 exon
chr1:46198823-46199009
Coord A exon
chr1:46199010-46232131
Coord C2 exon
chr1:46232132-46232325
Length
33122 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAGGT
5' ss Score
7.33
3' ss Seq
TGTTTGCTTACTGTTTTTAGGAT
3' ss Score
8.77
Exon sequences
Seq C1 exon
GGAATGGGAGGGCAAGCTGCTGCTGCTGCAGGAGATCCTGGATGAGTGGCTCAAGGTACAAGCCACCTGGCTCTATCTGGAGCCCATTTTCAGCTCTCCGGACATTATGTCTCAAATGCCAGAAGAAGGCAGACGATTCAAAGCTGTGGATAAAACCTGGAGGGATGTGATGAAAACAGTTGTACAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
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C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
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NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: