BtaINT0052785 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000040584 | DSC2
Description
desmocollin 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3036]
Coordinates
chr24:26364446-26370932:+
Coord C1 exon
chr24:26364446-26364579
Coord A exon
chr24:26364580-26370704
Coord C2 exon
chr24:26370705-26370932
Length
6125 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
10.51
3' ss Seq
TTTCATATTCGATTTTCTAGATG
3' ss Score
8.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAAGAAATCAAGTGATCCAGAAGGGTGGGTCGATGTGGATGAAAACTCAGGAGTAATCACAATTTTGAAAAGACTCGATAGAGAAGCCAGAAGTGGTGTATATAATATTTCAATCATTGCCTCAGACAAAG
Seq A exon
GTAAGGACTTTGTGTTTAAGCTGGCTATGTAGACTCTCAATCATGTGCAGCCTCTGTTTTAAAATTAACAATGTACATTCAAAGTTTTTTGCTCCCCAGATGACAAGTATTGAGGGGTTGGTTATAATTTATTAACTCAAGTTTGCTTTCCAGTAGCACCTTCAGTTTTGTATGTAAGTATAAAATAATTTCGGAGAAGGAAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCATGGTAGGCTGTAGTCCATGGGGTCGCTAAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCCCTTTCACTTCTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACAGGGGAGCCTGGTGGGCTTCCCGTCTATGGGGTCTCACAGAGCCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCATTATAAAATAATTTAGTCATAGAAAATATATGACTGTACTTTATTAAAATTAAATAACCATTCATTTTAGTGAAGAAAATTACTTTAGTAAAATCAGTTTCAATTTATTTATTCATATATCTTAAAAAATACTCACTTCAGCAGGAAAGTTCATTATAGAGATAATATACTTTATTTCCTCATAGACAGTCCTAAAAGGGCTTCCCTGGTGGCGCTAGTATTAGAGAACCTGCCTGCCAATGTCGGAGACATAAGAGATTCTGGTTCAGTCCTTGGGTTGGGAAGATCCCTTCGAGGAGGACGTGGCAACCCACTCCAGTTTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGGGCCTGGCAGGCTACAGTCCATGGTGTGCAAAGAGTCAGACATAACTGAAGCAACTCAGCACACACAATCCTAAAAACGTTGTATCTTTCTACAGGAAACTAACAATACTTGGGGATTAGTATTCTGATACTATAAAATTAGAATAACAAATACTGTGAATCCACAAAATCATGTAAAATGTAAAGTCATTTCTGTGAGCCCTGCACGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTAGATAATCCCATGGACAGGGGAGCCTGGTGGACTGCTGTACATGGGGTCGCACAGAGTTGGACAAGACTGAAGCGAGTTAGCATGCATGCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAGCCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACAGAGGAGCCTGGTGGGCTGCTGTCTATGGGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGTGACTTATCAGCAGCAGCAGCATGAGCCCTGCAAAATTGGAATGTGAGCACAAAGATCAGGAATGGAATCCTCTTATTACATAAAATATAATTTTACTGTAACATACACTTGAACTTTGTGCCTCTGTAAAATAAATGTTAATTACAGTAAACATAAATTATTATACCATAGCTTGCAAAATAAGATTTTAGAAGTGATTTTGGAAGATGTTTTAGGCATTTCAGCTTTTTCTAAATTAATGAGAAGTGGCTCATATACATTGATTGATTTGGTAAAGTTGAAACCATTGTTAATTTGACTTCATCCAATTAAAGACTATCTTTAAAGACCTCAGCTTCCTTTGTCCCTTTGTCAAGATATGCTTTTAGGTCAAAGTCAGGTGAAAAGAAGAGAAGTAATATGAATATGAAGTCCATTATTTTTACATTTTATATTGCAGTTGACAAATGATTTGTTCATTGATGGGATAAAAATTAGTCTGGAATGAGAGATTTTGGATATGATTTTATTCCACATTTTCCTCTGTTGCAGAGGAGATAAAAATAAGCGAGAGAGCAAATGTTTCATGGTGTTTAGAGAGGCTCTGTATCATCATTGTGGTAGAAAATAAATGTGTAATGGGGTCTTTTCCATTCATTTCTTTTGAAGCTGGTCAGGGTAACTCCACGTATTTTTTTTTTTTAATATGAACTGAGATTGTACTAAAGTATGTTTATTGTTTATTTGTTTTTGCTCTTTACCTTTTAAAAAAATCTATATCAACTCATTCCCTTTGGACCTTCCCCACCCCACCTGCTTCCATATGAGAAATCTGTCTTCTGTGAGCACTGATCTCTGTTGCTGCTGCTGCTAAGTCACTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGTGACCCCACAGATGACAGCCCACCAGGCTTCCCCATCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGTGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTTGTTCAGTTGTGTCCAACTCTTAGCGACCCCATGGATTGCAGCCTACCAGCCTCCTCCATCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCATTGCCTTATCCGACTGATCTCTGGGCTTATGCTAAATTCCTCTCTCCGGCTTCCCTACAGCTCTTGCTTCTTCCTCTTTTAAAAATTCTCCCTCAAGTCTTCAATGTCTCAACTTTTCCACACATTCCTCTCATATCGCTGTAGTTTTTAGTTGTACTGCCTTCCCCTCTTCTAAACATAGGTCTTTTTTAAGCTTTGAGTTCAGTTTCCTTTCTTGATCTAACCTCAGTTGGCAGTTTCACCCAGGTGTCTCCTCTGTGTAGTTGAGTTTTACATTTCTTCTGTTCTAAGATTCACAGTGTTGGGAGGAGGAGTGTGCTTTCAGATTTGTAAAAGCATTTAGCAGGAGAGTGTCATGCACATAAATTGTGGACCACCTTCCAGGACTTTTTTGAAATTGGTATTTACCCATATAGAATTGGAACCAGGACTTCTCAAGTGGCACTAGTGGTAAAGAACCTGCCTGCCAATGCAAGAGACATAAGAGATGCGGGTTTGATCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGGCATGGCAATCCACTCCAGAATTCTTGCCTGGAGAATCGCATGAACGGAGGAGCTACAGTCCATAGGGTTTCAAAGAGTTGGACACAACTGAAGGGACTTGGCATGCACACAAGCTTATAGAATTATATTAATATTAGAAGGTGAGCATTACATGCATATACTCCAGTAAATAAAATAATATTATTTATTACTAACACATGAAGAACAGAGCTGTGAGACACTGAGTTAGATGTCTAAAACCTTTGGTTGACATATTCTATACCGATACTGATCACAGTGTGCAAAAAAAAGGTTTATTGAACAACTCTACACATTTCATGAAAGGGGAATTCAAGCATTTATTACAGTGGTAGAACAGCAAACACTGCAGAGGTCAATTTTTAAAGCCATTACAATTAATCAGATTCAGTCAGTAAGACGTGCTTTCACCTCTGTGTGTGGACCCAAATCGTGTTCTGCAATCCGTATTTTCAGAGAGATCAGGAAAACACCACGCAGCATGAGAACCAGGAAAATCTGAGGGAAGAGAGTATTCTGTCCTAATAGGAAAGTTTGTCAGGCAGATAAAATACATGTTTGCGTATATTCCTGCTACCTTTCTGTCTTTTTTTTTAGAGTTGTCCATAGTGAGAGGTAGTTGCCTTGTTTCTTGTATCTCATTTCTTTTCGAGTTCTCTTTTCTTCTTGCTGGACTGTATCCTTTACTAGTTCTTTCAGTGGTGCGATGTGGGTGATAAACCCTGTCAGTGTTATTGTTCTGAAAAATATTTCAATATCATCCTCATCTTTGATTTTGTCATTTGACTTGCTTTAAAATTTTGAGTTAACTCCTTCTTTCCCTCAGTACCCTGCAAGTGATACTCCATCGTCCTTTGGCATTTCTTGTTGCCAATGCTTATTTTAGTGTCTATTGTCTTTTTGTAGGTCATACATCCAGATAACTTTTGTAGTCCCTAGGTTATGTTCAGTATATAGTTTTAATTCAGTGTTTATGCTGAGAATTTAGTTTTATTCACCCAGCAGTGCAGTCAGATCAGAACATTAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCATGTTTTTCTTTAATTCTGGGATATTCTCAACCAGTGCTTCTTTAAATATTGCTTCCCTACCATTTTATTTATCCTTTTCTTCTAGAGTCCCTATTAGATGATTATTAGGTTATTTCTACTGGAATTTCGGCTGTCAATTGCATTCTTATTTAAACAGTTAACTTTATGTTTTTGAAGATAGTAAATATTCATGATTTGAAGCTATCTTGCATAGAGTGAATTAATCTTCTGATTAGTGATTTTGTTGGCTTTCCTTTAAACATTAACCTTGCTCATTCTGGAATTTTAATTTGCAGGATATTAAATAGGAGGTATTGACTTGCCTTCAACTTCAGACTTTTCCTCTATTCCACTATCAGTTCAGTTCAGTTCAGTCACTCAGTCGTGTTGGACTCTTTGTGACCCCATGAATTGCAGCACACCAGGCCTCCCTGTCCATCACCATCTCCCGGAGTTCACTCAGACTCACGTCCATCGAGTTGGTGATGCCATCCAGCCATCTCATCCTCTGTCATCCCCTTCTCCTCCTGCCCCCAATCCCTCCCAGCATCAGGGTATTTTCCAATGAGTCAACTCGCATGAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTTTCAGCTTCAGCATCAGTCCTTCCAATGAGCACCCAGGACTGATCTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTTGGTGCTCAGCTTTCTTCACAGTCCAACTCTCACATCCATACATGACCACTGGAAAAACCATAGCCTTGACTAGATGGACCTTTGTTGGCAAAGTAACGTCTCTGCTTTTGAATATGCTATCTAGGTTGGTTATAAGTTTCCTTCCAAGGAGTAAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGTAATCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAAAAAAATAAAGTCTGACACTGTTTCCCCATCTATTTCCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTCGTTTTCTGAATGTTGAGCTTTAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGCTTTTTAGTTCCTCTCCACTTTCTGCCATAAGGGTACCCCAGAGCAATTTTGTAGTTGCTTCCACCATGTCCTTTTCTGTGGCCCCCAGTTCAGCACCAGTTTCTTAACTTGATGGGCTATGGCTCCTGGCCCAGGATGACCCTGGAAATACAAGGGATCCTGTTGTGGGGTTGAGGTAGTGGCTGCAGGGCTCTGCCTGGTCTCCTCGCTCTCCTTAGGAGGGCAGCTTCGTATGAGACACAGCCCCAGGTTGCAGATGGCACAAGTTTATTTCATCCTCTTTTCCACTCCTCATAACCGTGCCCTCCTTATTAATAAGCAGAAAGAAAAAATAGTTTAGAGACACAAGTCCTGGATTTATGTTCACTTTTAGGCTTCACAACTGTGTTACTCATTTGTAGCCGGGACCCATGCCCACTTCATCTTCGAATCTCCCAGGTTTTCCACTGCAGTGCTCTGTACAAAGTAATTACTCAGTAAGTTTATTGACTGTATTGATAGATGGGTTCCTTAGGCTACCTCAGAGTGATTATTCAGGTTTGCAAGTGATTTCCCACTTCTGGGGTCTTTTGTGTGTTAAACATTCCTGTGTACTAATTTTGTTCTAATCTTCCACATGCATATCTTATGCCTTTTACCCGTTTTACTTTTCCTGCCCCCAAACCTTAAGTGCTTTCCACATGCCTTCCCTTTCATTGTGTCCAGAACATAGGTCTGTGCATGTGATCTCCCCCCTTGTCAAATCTCCTTGTGTTTTGACTATACCAGAAATGCCCTTTTTGGCCCTCTCTTCCTTCCTCTTTTGAAAAATCTGTCAAACCTCACCTCTACAAAAATTCCATGTCTATTGCAGCTTTTTAGTGAATGGGCGACAAATCTAAAAAGCAGTTATTTTCTGTACAACATCTTTGAAATGGATTATGTCTTTCTTTTAACGTAACTTAGCGATGTAACCTAGGACTGTGCCTGTTCCTGTCATTTCTATGGTACAAGTGCCTAATAATGTGTAATTTTCAATGTGTAATTGCCTAATAGAAACTCAAAAATCAAGAAATTGTATTTTCATATTCGATTTTCTAG
Seq C2 exon
ATGGGAGAACATGTAATGGAGTCCTGGGGATTGTTCTTGAGGATGTGAATGATAACGGCCCAGTCATACGTCAGTGGACGGTGGTCATCTGTAAAACCGTCATGTCATCGGCCGAGATTGTTGCTGTAGATCCTGATGAACCCATACACGGCCCACCCTTTGACTTCAGTTTGGAAGGTGTTTCTGATTCAGAGGTACTTAGAATGTGGAGACTGACAAAGGTTAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000040584:ENSBTAT00000011306:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.174 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002812=Cadherin=FE(50.0=100)
A:
NA
C2:
PF0002812=Cadherin=PD(14.4=16.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]