BtaINT0065550 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000006948 | GARNL3
Description
GTPase activating Rap/RanGAP domain-like 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:25425]
Coordinates
chr11:98001678-98028516:+
Coord C1 exon
chr11:98001678-98001820
Coord A exon
chr11:98001821-98028446
Coord C2 exon
chr11:98028447-98028516
Length
26626 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
5' ss Score
7.52
3' ss Seq
ATGAAGCATTTTTGTTCCAGCTC
3' ss Score
4.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCTGTCTCGGAAGACCTAGGCTGTAGACGTGGGGATTTCAGTAGGAAACATTATGGATCTGTGGAGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000006948:ENSBTAT00000009123:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.271 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development