GgaINT0125894 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000847 | GARNL3
Description
NA
Coordinates
chr17:11137384-11145282:+
Coord C1 exon
chr17:11137384-11137552
Coord A exon
chr17:11137553-11145212
Coord C2 exon
chr17:11145213-11145282
Length
7660 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTACTG
5' ss Score
4.48
3' ss Seq
ATGAAGCGTTTCTGTTCCAGCTC
3' ss Score
7.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGTGCGTCGGGCAGCGGGATGTGTGAGGGGAGGTCTTGTCGTCCCTCTCGAGCGAGACGGACCGCTGGGAGCGACGCTTGGAGCGGTGAGGTCCCGGCCTCGCCGCCCGCATGGAGCTGAGCAGCGCAGAGGCGGTCTCCACCCGGTTCCTCGGCCTTACTCAGCG
Seq A exon
GTACTGGAGCCAGGGAGGGGACTCGGGCGGAGAGCGGCGTTGCGCGGGCCCGCGCTGCCGATGACGGAGAGGCGATGTTGTGTTCGAACTGTGCGGGAGGCCTGGGGATGGGGGCTGCCGGGCTTTCGAAGGGGTAGTGCTGCAGGCACCCGGCCGGCACTCAGCGGAGCGCTGCGAGCCCCGGGGCTCGCCCACTACCTCTGGAGTTGCTGCCGGTGGCGTGAGCGGAGCCGGACGGAACGCCCGCGGGCCAGGCCTCGCAGCCTGTTCGGGGTCGTGCTCGTGTAAACGGATACCGGTAGGGTACCTGCGATTACTCGATTATTTAGAGTGCTTATGTCTATGCCTGCCTCTTCAGTGAAAAAAGATTAACCAATGCAGTATGTCGAAGGGCTGGCAGGTAAAGATGTGTAAGTAAGGTGACAGGAGAGTCAAAGAGAGCATGCAAGCTATGACTTTGTTATCAAACAATTGCAACGAGCAAGCTCACCTTTTTCTGTCACAGCTCCTCCCCACTCCCGCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAGTGGTTAAAAAAAAATTTTTTTTAGAAAAAAGCCTAACTTGAGAGAAGACCTTTTTTTTTTATTAAAAGAAAAAAAAATAACCTATTTTGCCAAAGACCAGATGAATTTAAATTATCCTAAATCCAGAAATGTTTAAAATAAAAGGAGAGTAGTAAANNNNNNNNNNAGGGTTACCCAAACCGTTTTTTGAAGGGCTGGCCGGTTAAAATAAGTAATTAGGTGACCGGAGAGTCCAAGGGGGCCCGCCACCTATGGCTTTGTTTTCCAACCACTGCAGAGAGGAAGGTCCCCTTTTTTAGTTACAGATACTTCCCACTTCCGGGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAAGAAAAAAAACCTCCTCCAAGAAATGTGCTTTCAGATGTCAAAGTCCTAAGATGCAAGACCTTTGACTTGACACTAGAGTGGTAAAAGTACATGCCTTTTAAGTTTATATTACAGAATATATGAAAACTTGCTTTGTCATTTGGCTTTCAGGACTGTTAAAGTTTCTAGGAGTTTCTGATGAAATGGGGGGAAAGCTTGTCCTCTTTCCTCTTCCTCATCTGTTTAGGATGCAATTGTACAGCAAAACCCTTGTTTTCAAACAAGTGAGAGAGGGAAATAGAGTGTGCTCTGTATACTGTACAAATGTGTTTAAACTGTATTGTTTGATTTCTTTTTTCTCATCTATATTAAAACACATGGCAATATAAGTAAACTCTAACTTACTAGGTCAAATAAGTCTGAGTCACAGGGAAGCTAGCATATATTTCAGTGCTGGCAGTTTGCCCTAATACAAAAAAAGCTGTATTTGAAACTGGCATAACTGGAGCAGGAGTATTTTTCTAGCATAGGTCAGGTCAAGACAGAGGAAGGATGTAATCTAATGAAGTAAATTAGTAAGAAAAGCTAGTAGTAACGACAGCATATTTTTAAAATGAGATGATGTGGTAAGTCAGAGAGTTGATGAGAAAAATCTCTGGTAACCAAGACTGGAAAGCTAAAGAAGCATGCACACTAGAATTTACTGTGGAATATGTGCAGTTATGCAAATAGCATGATAATCTTTATCTTGTCTTTTCATAAATTAAGGTGCTTAGCTTTGTCAAGGTTGTCTATTTAGCATTTATGTTAGTGCAAGATTCTGCTTCTAACTGCTTAATATGAAGTAGATCACAAGTATGGTATGAAGCAACTAGGTTGATAAGTACCAGAGACTACCTTTTATGTATAATTCTGATGTGAAAAGAGCTGATAGTGTGTGAAAGTTAGATGTGTTTTAGACATTTTTGAATCAGGACACAGAAGGACAAGACTATTATTACAAAAGCACTCTTGGATAACTGTTACTGACTTGCACACCATTGTATGTGGTGGTGAGCATGAGGAGTTCTTTCTGATCATATCTGAAAGCTTTTTGGAAAAAAAAGTGCATCTTTTTTTTTTCCTCAGGCTGTTACAGGAATTATTTACTACGCGTAAAATAAGTATGTTGAGCAAACGAGTGGAATGCACCCTTAGTTAGTGACGATATTAAACTGAAAGGTGCTGTTCACTCCCTAGATGTATTGGAGGCCTTCTTGGGTTCTAGATAGGTTGGAGCATTGGCAATCAGCAATAGCATGATATTCAACAAAGGTAAATGCTGGGTGAAGTAATGCCAGTCACAGACTGGGAAATGGGTAGCTAGAGAGCAGCTCTGTGAAAGATATCTGGGGTTGCTGATTGTCAGTGGGCACAACATGAGTCAGTGGTGTACACTGGGAATCAAGAGAGCAAACTGCATTTTGAGATGTGTTAAATACAGCAGAGACAGCTGGTGAAAAGGGGTGATTCTCCTGCTGTATTTTAATATTGGTGTGGCCTTACCTTGAACATGGAGTTCATTTCTGGACTCTACAATATCAGAAAAAGACTATTAAGATACTTGAATGCATCCAGAGAAGGGCAACAAAGCTGGTAAGAGGACTGGAAGTTGTGTGCTGTGAGGATGAACGGAGAATCATAGAATCGCTAAGGTTGGAAAAGATCCACAGGATCATCCAGTCCAACCATTCGCCCTTCACCAATGGTTCTTGCTAAACCATGTCCCTCAACACAACATCCAAACGCTCTTTGAACACCACCAGGGTCAGTGACTCCACCAGCTCGCTGGGCAGCCCATTTCAGTGCCTGACCACCCTTTCAGAGAAGTAGTAGAACACTCAGGCTGTCTAGTCTGGAGAAAAGAAGGCTAGGAAGTGACTTCATTGCTCTTTAAAATGTCCTGAGGAGTGGAAGCGGTGGGCGAGGTGGTGATCTCTTTTCTGGTGACCATAGCAGTGGCACAAAACTGTGCCTTCGGAGGTTCAGACTGGATGCTAGAATAAATCTCTTTACTGAGAGTGATCAGGCACTGTAACAGGCTTCCTAGTGAGGTCATTAATGTTCCATGCCTGTTAGTGTTCAAGAGGCATTTGGATAGTACTTGGATACTTTGGATAGTGTAAGTAACTCTTTGTTATTGTGAAAATGCTGAAAATAAAAAAATAAAAATAAAAATTCCAATAACCATACTCAGATTGTTACTTCCCAGGCTCTTTGCATGGGCTACCAGGCCTATTCGTTAATATCCATTTTACATTTTTATATTTCTAAATTAATTGTTTTGAAGTCATGCCTTCCTCTGCCTTGATAACCTATGCTTTTGTTATCTTAGTGTGCTCCTCTGTTGTATACCTGTAGCAATTTTCTTGTTGTCCAATGTTTATTTTTGAATAATATTTTGTATTTTATTTCTGAAGCTTTTAATTAGCATCTGACCATATTATCTCTGCAATATTAATATGCTATGAGGGGAGTTCAACTTTCAGTCTGCTGAAGTATAGGATTTAGTTTGTGCGTATACAGATAGTTGTAAAATGCCTTTGTAATTCTCCAGTTTTATTCTTCAGGTAATTCATGAGATGACATTTTTCTCTAGTTTCATCAACTTTGAGGTTAGTTTTTACTAAGGCAGGAGGGAGTTCAATTTTATAAACTTCAGCTTGCTTTTTTTCCTGCTTTGTGAACCTATCACAATTTATGAAACTCTGAAAATTACCCAGGTGTGGATGATGTCATTCAAAGCACAGTAGACCAGTGATTCTCTTTGTGACTTCAGAATGTGTTGTCTGGAATCAGGACAGACCCGTAAAAGTGTCCTCACCGCTAAGCTTCCCCAAAACTTGACAAAATTTTTTGTTAGTGACTTCTACTGTTTTCCTTTTTTTGCTTGATGACAGTACAAGGGGAGATGGTTTTAAACTGGGATAGGGTAGATTTAGATGAGATCTTAGAAATTCTTTACTGTGAGGGTGGTGAGACACTGGAACAGGTTGTCCAGAGAGGTTGTGGGTGCCTGCATCCCGGAAGCATTCAAGACCAGGCCAGATGGGGCTCTGAGCAACCTGGTCTAGCGGGAGGTATTGCTGCCAACCCCTCTGCTATAGGAACTAGATGGTCTTAAAGGTCCGTTCCAACGCAAACCATTCTATGATTCTGCGTATTTCTTCACTTAGTCAAAGGCTGAACTTAGAATTTCAGAGGTCACCAACAATCTGCTCATCTGCCACCAGTACTGACTGTGGCATACGCTCATTGGCTGAAATTGCTTTTACAGTGATTTCCAAGCACACCTAGCCACAAAAATGAATTGTATAGAATTAAAGTAGCACACATAGAAAATCCTAGCACTACTTTTACCCAACTTTTTGTGTTGAAGTCAAAATATCATGTAAAATACTCAGTGTCTTAAAACATGTTGCAATTGAGGTATTTAGTTTCCTCCATGAGGCATATGCCAAGTTTCACATGAATTGCAGAATGCAGGAACTTAGAACCTAATGCATGGAATACAATTTTTGATCCGTGCTTTCCAAATTCTCCCCAGGAGGTGAGAAGAGGTTTAATCCTGTATGAAATTAAACTTGAGAACTCTTTGTTCTTCCTGGAAGGGGAAAAAAAAATTAGATGTTCCTATTTTTGTCTGTATAGATGCTAATCTTGAAACGCTTTCCTTTTATGTTACCTTCTGTAAGAAAAGAGGAAAACTCAGGAGTAATAGTTTCAATTTTTTTCTTTACTGCAAACCATGCTGAAGTAAAGTTTGTTTCATATGCTTCCTTTCAGATGATGAAAAGACTATGCATGTGCAAAACAGCGTAAAGCACACACCTTGTAAATTGCATGTGTAAAAGGAGGGTAAAATGAGATAATCTGAAACAGTTTTGGCAGTTCAAATATGTAAATTATTGCTACAAAACAACAACGAGTACAAGTTGTAATAGGTGATGTCTCACGCACAGGTACTTTCAGGATTTGCAGTGCTCTGGGCCATCTTCTCTGTGTTGCAGAGTGAGGGGTCGTAAGTGCTGCTGCTTGCTGCAGCTTCTGTACAACAATGTGGAGCTATTAAAGGAGAAGTTTAATTCACA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Seq C2 exon
CTCAGTCTCTGAAGATCTTGGTTGCAGACGTGGAGAGTTTAGCAGGAAGCACTATGGATCTGTGGAGCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000847:ENSGALT00000038633:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]