BtaINT0072548 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000015235 | HMCN1
Description
Bos taurus hemicentin 1 (HMCN1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001192537]
Coordinates
chr16:68690924-68696806:+
Coord C1 exon
chr16:68690924-68691161
Coord A exon
chr16:68691162-68696743
Coord C2 exon
chr16:68696744-68696806
Length
5582 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TGCTTTTGTCTCTATGGTAGGAG
3' ss Score
7.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTACACCGAGGACTACGTTCAGACAGGCCCTGGGCAGCTGTATGCCTACTCAACCCGGCTGTTCACCATTGACGGCGTCAGCGTGCCTTATACATGGACCCACACCGTCCTCTACGACGAGGCACAGGGAAGAATGCCTTTCTTGGTAGAAACACTTCATGCATCCTCTGTGGAATCTGACTACAACCAGTTAGAAGAGACACTGGGTTTTAAAATCCACGCTTCAATTTCCAAAG
Seq A exon
GTAATTTGGTTAAGGGAAAGTCCAGCTCTTCATGCTACGTAGTCCCTTCTAAATGGGTAAAAGAATTGCACGGATGCCATTCAAAATAAGGATGTCAAGGTATAGACTGAATGTAACATGTTTTTCATGTGTATTGTCTATGTTTTATAAATAAAGTCCTATGGTAAGTCCAATCCAATTAGCATTCTAGTACATTTGGTTTGCTAATATGCATCTTCATATTTTAATAGCATATTGAAGTTGTTACTGTTCTAGCCTATATACACAGAGCAATTTAAAAAGATATCCTCTGTCAATGATTTTTCTTTGGGTAATAAACTCCATTTGTTCTTGTTTTGGATCTTACAAGATTTTTTTAAATTCCTGAAACAGGATGTAAAGGTGTATCTTAACCTAGTCCAAAAAAAAAAAAAAAATGTTTCTGTATTTTAAAAGAAAAACTGGGGAGTAATCAGCAGAATTCCAGCTGGCATTTATTGTTCTTGGAAATTATAGCTTTTGAACTGCTTCCTCTTGATCTTAGTAGCCCCCCTATGCTGGTGGGTTTTGATGTATCTATATTCTGAGATATCCTTTTTCATTTTTGTTTTATTTAAATATTTATTTTTTATTTTGGAGTATAATTGCTTTACCTTGTTGTGTTGATGTCTGCTGTACAACAGTGTGAATCAGCCTAAGTATACATATGTCCCCTCCCTGTTGAACCTCCCACCCCTCTAGGTTGTCATGGAGCACTGGGCTGAGCTCCCTGTGTTATACGGCAACTTCCCATTAGCTGTCTATTCTACGTATGGTAATGGATATGTTTCAGTGCTACTCTCTCAGTTTGTCCCACCCTCACCTTCCCCCAGCTGCCTCTCTATTCCTGCCCTGCAAATAGGTTCATAAGTACAATTTTTCAGTGGTAAGAGGCACCATGACAATTAGCATTCCATATCCCATGGGGTTTGACGCTTGGAGATGATACTTGCATGAGGTTATGTTATAGACACTAACTGTTTGGATGATTTTAATATTGAACTTTAGGCTCCCATGAGTATATTTAAAATGATTCGGAGTAGTCTGGGGAGTGTGTGTTTTGCTTTGTGCTGGCTTTCCTAAAATAAATCCAAGTAGATTTAGCCAGCATCATTTTGCTTATCATCTTTAGCACATACACTAAAAATGCATTTTCACTGTTTATACCCTTGCTCTCATCAGCCGTGCATGTAACTGTTTTCTTCTTCAGCATCAGAACTGCTTCATCAAATTTGAGGTCATAGTAATTTAAGAATATATTCACATTTTTTGAACTAATCTCAGATTCATGAAGCCTCATAGCCCCACACCTTCTCCACCCACGTCTGTCACCACCACCTTATTTCACTATTGTCATGCATGTTACTTTAACTTGGACACGAGAAAAGAGCCACTGGAACAAAGAGTTATATTTTCTTTTCCCCAGTAATACCTACTTTTCAAATTTAATCTCCACTTCTACTTTTTCCAGTTCTCCATACAATTTTTTAAAAAAAAAATCTTTAGCACAAGATTTTGGTTAAAATGAATTTATATTATCTGGGACTAGAGGAATTAAAATGATTTTTGAAAAGTCATGTACTTTCTACCCAATCGTGTTAAGTCCTCTAAACTTGAAACTGCTTGATGGTCTTTATGGTTTCTGTCTATTGAGGGATTTGAGTCCCACGGTAGAAGGAAACACTGTGAGACATTTAAAACCTCTTACTATTCTTGCATACTATGATTCTGTGAATCACAGCTGATGCCGTTGCCCATTGGTTGTTACTATTCCTGTTTGTTTTAATAATTGTGCACCTGCCGTTTCTTTTTAAATGACCACCAGGGGGCAAGCCTGCATTCTGAGTTGCTTCACCAGCATGTTCTTTCTCTTTGTTGGGTCTAAATTAGAACTATGGTTACAGTGCAGTTAGACTTGTACAGACCTTGATTTCTAGACACAGAGATTTTGGTTTACCTAGTCTAAGGTAGGACCTTGGAGTCTGTATATTTAACACAGCCTCTGAATGATTCTGCTGTATCTAGTCTTTACTATATGATCCAAACCTAGGTTGCCCACATCATAGTGACTGTAAGGAACCTTCATACTGGTTGAAAACACAGATTTCCCAGGCTTCTTCCTTTGCCATTCTGACTGGGGTAGAACCAAGGGATCTATATTTTTAATAACCTCTCCAACAGATTATAGTATCAGTAAAGTTTGGCAGTTATTAGTCTATAAAGATCCTAACTTAATTGTTTGAAGCATATTCTGAGTATACTAATATGACAGTATACTGATAGAAGTGACTGCAAGGAAGAGCATTAAAATCTTGGCAGTAGTTTGTCTCAAGTGAAAGGGCACAGAGAATTTTATACTTATCAATGTTTTTACAATTATATATTACCATAACACACAAACAAACATTTTGTATTACCTTCCTACTATGTCAAAAAAGAAAATCACGATATAATTCAAAGTCAGGTTCTTTAACTACAAGAGAAAGAATAAAAGGAAAATATGTATTTTATGTTCTTTGATATGAAAATCTTTGGACATTATAGATAGAAGTATTTATATGGCTGAACCAATATTTAGAACCCAGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGTGAGCCCGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGAATGCGACTTAGCAGCAGCATGATGTTTAAAAACGAAAACAAAAAAAAGCAACAGTTATTCTTGGTAACATTCTGACTAAAACAATGTACAATGAACCATCCATTTACATGACAGTTGCATTCCTGGAAAGTTTATTGTATATTTTAATCACACACAAAAATGTTTAATAATTGGAAGATGAGTTCTAGCCATAGATAATTACAAACAGCTTTCTGGATTCCACAAAAATCTTTTGGGGAAAGGGACACATCTTCATCTTGCATCCTTAACCCACGCATTGCAATATTTAAAACCTGCCCTGGGGTCCACCCCACTCACGAAACAGGCTTCATATTAAATCTTGTCATCATCAAGACAACCAAAGTCTCTCCCAGGAAACTTCCCAGATGCTGCCTTATGGAAGCTATCTCCCTGTTTAGAACCAAAAATCTAAAGCTTCTATCAGATAATAACATATTTATGTGACACATTTTTCCACAACTGTGGCCCCAACACAGTGCTGTACATAACATACTGGCTACATTAAGGCATATGTAAATAAGTGAATAAAAATGAAGCATGAATTATAACCACCTGAACTGTATTCCTTTTAAACCTTTATGTTGGCGTATAGTTGCTTTAGTGTCAGTTTCTGCTGCAGAGTGAAGTGCATCAGCTGTATGTATACAGCTACCCCTCCCACACCTCAGGTCATCACAGAGCTCGGAGCTGAGCTCCCTGCACTATACCGTGGGCTCCCCCATCTGTTTTACACATGGAAGCACACACATGTCAGTGCCAGCTCCCAGTTCATCCCACCTGCCTCTCCCCTTGGCGTACCCACACATCCATTCCCTACATCTGTGCCTCTATTCCTGCCCTGCAAATAGGTTCATCTGTACCATTTTTCCAGATTCCATATACATGCATTAATATCAACATTTTTTTATTTCACTGTGTGTGACAGACATTTCTCTAAAGAAGACATACAGATGACCGAGACACATGAAAAGATGGCCAAAATTACTAATTATTAGAGAAATACAGATCAAACCTACAATGAAGTATTACCATATCTCACATAGGTCAGAATTGCCATGATCAGAAAATCTATAAATAAAAAAATGCTGGAAAGGATGTGGAGAATTCTCTTGCACTATTTGTGGGAATGTAGATTGATACAGTCACTATGGAGAACAGTATGAAGGTTCCTTAAAAACTAAAATAGAACTACCATATGACCCAGCATTCCACTACTGAGCATTTGCCCTGAGAAAACCATAATTCAGAAAGACATCTGCACCCAGTAATAATCATAGCACTATTTACAATAGCCAGGACATTGGAAGCAACCTAAATGTCCATTCACAGGGAAAAGAAGATGTAGTGCATATACATAATGGAATATTACTCTGCCATAAAAAGAAATGAGATTGGGTCATCTGAATTGTATTCTTGAGTTCAGTGGCTGAAAGTCATACGAACTTGCATCTAAATCCTTGTTCCAGATTATCTTTATAATTTTATTACCTTTGACTTTAGGTTACTTACATGACCTCAGTCTCAAATTCTTCATCTGGAAATTGGTTATGACTGGAGTCGGGGAATTCTGAGATTTAAATATAGCACACGAAGCACACAGCACTGTATGACAGTCAACAATCACTTAGCAAACATTTCTATCCCATCCATTCTGCCCCCATTCCCTTGAAGGTACAGGAAGGCTTGAATACTCTCAGGGTCATTTTTACACTTGGACAGGAAATGGATCATGAACCTCTGCTTTCTCTTCAAGGTTTTAAGCAGTTTGATTGCCTAGAAATAGCAAGTATGGCTTTAGCTTTCTAGTCAAGGAATTGTATTCACTGGAGTAGTATTTCTTCCACCCTCCACAAATATGTATGAGAGTTTTGAACAGTGTCATGGTCTCAGCAGGGCTTAAATAATTTTGCAATCAGAGACTCTCCAAAGTAGAGTGAATATGAAAAATAAATACCCAGACTCACTCTATGAAGAACACCTAAAGCAATAAAAGTAAACCATCTTGTGTATTTGGAATTGAAGGAAAATCTAAGATAATTTCTAAGAGATTGAATATAAACTCAGTGTATTATATGACTGACATAAAATTCCCCTTAAGAGAAATCTATTATGTCAATGATCGTCTTTTAAGGTGTGTGTGTGTGTTTATATTACTTTGGTAACTTGAAAATGAGTTTAAGTTTTTGCCTCTCATTAATGTTTATATTTGGAAAATAACTTACATCAAAATAGAGTTACTTCCTAAGAAAAGAGATTCCCTAAGCTACCTATTCTTGTTTATATGT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Seq C2 exon
GAGAACGCAGTAATCAGTGTCCCCCTGGGTTTGCCTTAGACTCGGTTGGACCCTTTTGTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000015235:ENSBTAT00000061144:98
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.025 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF074747=G2F=PD(26.1=61.2)
A:
NA
C2:
PF146701=FXa_inhibition=PU(4.9=9.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development