BtaINT0077914 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017266 | ITGA6
Description
integrin, alpha 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6142]
Coordinates
chr2:24160611-24166276:-
Coord C1 exon
chr2:24166158-24166276
Coord A exon
chr2:24160710-24166157
Coord C2 exon
chr2:24160611-24160709
Length
5448 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
GTCTTCTCCTTTGTCTTCAGATC
3' ss Score
11.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTGAGGGTAAGTCACCCTTTTTTGGATATTCAATTGCTGGAAACATGGACCTTGATAGAAATTCCTACCCTGATGTTGCTGTTGGTTCTCTCTCAGATTCGGTGACTATTTTCAG
Seq A exon
GTGTGTAATCTCTTGCTTTAAGCTTGTTTGGTAAATCTGCTTATACTAGAGTTGTTGGTTTTTTTTGACATTTTGAATTGAAATTTGTAACAACTGTACTTCAAAGGCAAAGTCTTGTATGAGTTTTGAATATTTTTTTCTCTTGAGAGTAGTACAACAATGTAATAAAAACCTATTTCGTAAAGTCTTTGTATAATTTTGAACTAATTTTTTTAAAAGGTCAGAACTGGTAGAAATTTTTTACCTTTACATTTATAAAAACTGAAACAAAGAATTTGATCGTATAAAGAATTTAAAGAAGGAAATGAATGTACTGTATTTTACCATCTATTAAGAAACTCCAAAATTTTGGTTTATATCCTTCTAGGTTTTTTCCTGTGAATATACACCTATGTTTAACAAAATTGAGATTGTAATGTACATATAGTTTTGTAACCTGCTTTTGCTGGTTTGTAATGAATAGTGGCCTTTTTCTGTGAGTGAGTATAACGCATAGTGGGTTATTTCCCTGTCATTGAGTACTTTTCTGAAATGAAGTTAACGGTTGCCTGAGACATCATATGGGTCATGTGTTTATTTAACAAATTTTGGGTTGTTTATTTTGGGTCATAGTTTATTTAACAACTGCCATACTGTCATACTGGAGAAGGCGATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGACGGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGAGTCGCAAAGAGTTGGACATGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCCCTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGAAGCCTAGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCACACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCATACCGTCATTGGACAGTTAGATTGCTTTCCAGGTTTGGTGGTTTACTTCCTTGATACACAAAGCTGGTAAGCATCCTTACTTTTCTTCATGTCCTAGATTATTTCCTTAAGATAACTTCCTGAAAGTGAGTTGCAAAGTTGAAGCGCATGTGTGTTTTAAGACTTGTGATTCCTTCAACCAAAATGATCTCCAGAAAGGCTGCAGCGGTTTGCCCATCAGCTGTGTCTCAGTGGCCTTATCCCAACAATTCCATCACTGCTGGAAATTGCCAGGAAAAATTGTGCAAAACATTTTTTTTTTAATTTAAAAAGTAGCACATTCTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTATAAAATGTTAATACAGAATTGCAGTTAAGTGCAAGTTTTCCAATATTCTTTCCTTCCATCAAACAACTTTTAATAGTTTTGAGTCTCTCTGCACTTCTAGGGTATCATCAAACAGCCGTACTGTAACTGCTGTCTTCTATTCTGGTTTGTAAAAATCAACCTCTTCCATTTTCTCTCCTTGTTAATACAGATATATCAATCTTATTCTTTTTAAAAGCTCAATGTTATTCCATAATACGCATTTAATGAGTCTTTGGTTGATGGAATTTTTAGATAGTCTGTGACTTTTAGCTATTATAAACAGTGTGTTAGATGGTGTATTGTATATATATCTCCATGTAATGGATTTTTTTTAAAGAAAAATTCCTAGAAATAGAATTGCTGGGATCAAGGTTAGCACATTTTTGTATTCATCATGTGTGTATATGCATACTCAGTCAGTCTCCGACTCCAACCACATGGACTGCAGCCTGCCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTCCAAGGCAAGAATACTGGAGTGAGTAGCCATTTCCTCCTCCAGGGGATTTTCCTGACCCAGGGATTGAACTCTCACCTCCTGCATTGGCAGCTAGATGGATTCTTTACCACTGAGCCACCTGGGAAACCCTTACATATACCCACAGAAAAGTTGTAGCAATTTATATTCACAGCAGCAACCTACCAGAGGGCCCATTTTCTCACACCTTTACTGACACCCAACAGGATGAATCTAATTTTTGCCACTGTGGTGTGATCTCATCTTTTGATTGAATTTGCAGTTCTTTGATCATTGGTGAAAATGAACCATTTGGGTTCATTGGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTAAAAAAACTATTTGGCTTTACAGTCATTTTTATCTGAAGAATCTTTTCAAAGAAATGGGCAGCGATGTTCAGTGAAACCCTAAACGAAAAATAATCTGTATGTCATGTGTACACTTGGTACTGTCGTTGCTCTGTATTCTTCTGGAAGGATGCCAAGCATAGATGTAGCCTCTATATCTAAAAGAGTATACTAACCAAAACCCCTGCGGATAATAAAATGACACCAGGATACTTTTGAAGATAATACTACTTTAAAAAAGACAGAATATACTGTGCATTTATATAATGTGGTATAAAATACTATAGAAAAATAGTCTTCTAGTTAAATGGCAAGATCTATGAAAGTCATTTTATGAGAAAGCTAAGAACCAGAAGAGACATTACAGATGGCAAAAGTGGGACATGTGAAAGTAAGTGGAGAAAAATGTATCTGGAATATTAGGCCAAAGGAAGAAGATAAAAAAAATAGTTTGAATGTATGTCTGTTACTGCCTTTATATGCCTGTTTCTCTCTGTTCATGTGTTAGGTATTAACCTTAAAATAGTCAACATTTTTAAAAGGTAGAAGAGTATAGTATAACATTTGATTACTTCAGCAGTTTCCATCAAAAAGCAATTTGAACTTCTAGTTTGAGATACATACCTCTGGTGTCAAGAAGACTTGAATTCCTGTAACAAAAGTTGGTTACCAAGACTTTCCCAGAAGATAACGTCTTTAGCCAGTTAAATATTTGTATCTGTATGTAATTGATATTTTAATACCTTTACTTTCCTGTCCCCATAAGTAGGTTGACTGTGAATCCTGTATACATGTTCCTTCTTTCCTCATAGATAGTATGAAAATGAATTTCAAAAGCCTTTGCTAATAAGATAACTTTCCTATTTTACAAATAAAAACAGAAGCCCAGGACTTGCCTGTGCTTTTGAGCCTGGATCCTGTGAGAGCAGGGCATGGTACCTAAATCTTCCCAATGTCAGTCTCCACTAAATCATGCTAGTACTATGATACTTAATAAGTAAATGCCAATTAAACACAAGACAGCTGAGCAGTAAGATTTGCTTTATGTGTTAAAAGGCATTTTTACGATTCCATATATAATGTGCTCTGAAAATTGTGTATATTGTATGTTTAAAAACAGGATTTAGGCAGAAGTGTGTGTTAAAATATTTATTTTGAAATGTATGCCGTACCAAAGCCTTAGTACTATTATATGTAAAACACTCTAGCATCTGTAGCAACTGGTATTAAAACATTTATGAACTTTTTGCCTTCTAAATATGCTCTCAAAACTTTAGAAACATACCTACAGGCATACCTCATTTCATTGCACATTGCTTTACTGTACTTCATAGATACTGTGGCAGTTTTTTGTTTTTTAAAAAATTGAAGGCTGTGGCAAGGTGTCATTTCCCCAACATGTGTTTACTTCATGTCTCTCTGTCACATTTTGGTAATTCTTGTAACATTTTTCATTTATTATTATTATAACTTTTTCATTTATTATTACTTTAATTATGGTGATCTTGGATATTACTGCTATGAATTCCTGAAGGCCCAGATGCTGATTAGCACTTTTTTTTTTAGCAATAACATATTTTTTAATTAAGGCAGGTACATTGTTTAGACATAATTCCCTTGCAACTTAATAGACTACAGTATACTGAAAACATAACTTATAGAAAACCAAAAAATTCAAGTGACTCCTTTATTGCAGTCTTAGCTTTATTGCTGTGGTCTGCAACCAAACCTGCAGTATCTCCAGTGTAAAATAACAATAGAAAGAGAAACAATTAAGATAAAGGGAAATGAAAAAAATGTGAGCATCATTTGCCCTTTTATTGGCTCCTGCCTTCCCCATGAAGGTACTCACGCTCTGTCTGGCCTACAGACAGATTGATTCCAGAAGTTCAGACTAGCCCTTAGGAATTTGGAATACATTTTCCTGTGGAACACTATTCTCCAGGATGGCTGGGTTTACCACAAACCCACCGAAGTCAGTGTGACTGAATCCCTGTGGCAATGGAATCATAGAAGCCACTCTGAGTTCATGTGGGGAGTGCCAGAGGCGGGAGGTGTACCGTCTGCCCAGCCCTTTCACACCCCAACCGCCACACCCTAGCGTTCCTGTGCCAGTGGTGCAGGGATCAAGCCATAGGCCCTTGGTGACCCCTTGGGCTGTGGCGGGTAGGGAAGAATATATAAGGGAGAAAGATGATGATTTTACATGGTGAGAAGGACTAAAGGTGTAGGATTCTGCTGCTTGTGTGTCCGTGAGGTTGGGTTAAGGCAGAGATAGGAAAGGATAAAGGATTCCAGGCTTTGCTTATAGAGATATTGTGGCGGTAGGAAAGTTGTGGTCAGTACTAGCAAGCACGTGAGGTTGGAGATAGCAGAGTCCCAGGGAGGATAGGAAGCTCAGATATTGTAAGATGGGGACCTGTAAGGTCAGGGCTTGCCTAGAGTACTAAAATGCACATATGTGTAGAAATCCTGGTAGTGAGCACCCCAGAATGTTAGATGTATGTTGGTATAACCTTTTTGGAGCTTTTTTTGAGGGGGAGGCAAGATTACCCAGAATTAAAAATGCATATATTGTTTGACTCAGAAATTCTGCTTAAGAATTTATCCTACAGATAAACAGATGAATAAACTTAGGACACATACATGTACATAGATGTATATGCAAGGATGTTTGTCAGCTGAAAGCCTTACAGAATTATAAATGTCCACCGATTAAGGGACTGGTTGAATAAATGATGTTCCATTGGTATATGCAACACCACCAGCTGTGAGAAACAACTAGATTTGTGTGTAGAGATATGAGAAGACCTCTGAAATGTGAATGAGAAAAAGCAACATGCAGACCAATAAGCATGAAAAACTCCC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Seq C2 exon
ATCCCGGCCTGTGATTAATATTCAGCAAACCATCACAGTAACACCCAACAGAATTGATCTCCGTCAGAAAACGCTCTGTGGGGCGCCTAGTGGGATATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017266:ENSBTAT00000022960:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF084417=Integrin_alpha2=PU(6.7=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]