MmuINT0083793 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027111 | Itga6
Description
integrin alpha 6 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96605]
Coordinates
chr2:71827896-71833794:+
Coord C1 exon
chr2:71827896-71828014
Coord A exon
chr2:71828015-71833695
Coord C2 exon
chr2:71833696-71833794
Length
5681 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
ATTCTCACTCTTGTTTACAGATC
3' ss Score
8.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTCGAGGGGACATCGCCTTACTTCGGCTATTCAATCGCTGGGAATATGGACCTGGATCGGAATTCCTACCCCGACCTTGCTGTGGGCTCCCTCTCAGACTCGGTCACTATTTTCAG
Seq A exon
GTGCGTGTTGCCTTTGCCTTTGGTTAACCAAGCTTCAGAATGGTCTTACTCTAACTACTATTGTCTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGCAAAGGCTTGTATAAATTTGAAGATTTTTTTTGGATGGGATATAATAGTATATGATAAAAATTATGTAATTTCTTGCTCATATTGAACTGATTTGGAATAAAATGTGTCAGGACTCATGGAAAGTGTTGCTTCCTAAATATATCTTTAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAATCATGGGGAGATGGCTCTGGCTTCAAGGTACCTGCCAAGCACTGCTGGGTAGGTGTGGTGGCCCTCCAGCCCCGGAAGGGATTCCTGGAGTTAGCTAGCTAGTAACACTAGACTTTAGTAGGACTGGGTTTAATTGAAAGACCCTGCCTCAGCGAATACAGTGCAAGTGTAATCAAGGAATCTCTTGAGTCACTCAGAGTCAACGGTGCTTCTCCACACATACTCGAGTACCTGCCTACACATGAAAAACATGTACACGTACACATGAGAAGATTTATTTATGTTATATATGTGAGTACACTGTTGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGCCGGTTGTGAACCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACCCAGGTCCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCAAAAGCATTTTTTAAAAGCAACTTTCCTATTGATGAAAAAGTAAAACATATAAAGGAAATCTTATTTTCCCTTTTGTTTCAACTTGTTTTACCATCCATTCTAAAGCTCCAAAATTAGTATTATTTTTTTTATGTTTCCAATCTTCTATATGCCATGCTAATAAAAAAATACTTCCCAATTGTTTGTAACATGCTTTGGCCCGTGTGGCCTTATGACGCGTGTCCCTGTCTCTGGGTATTTTTCTGAATGAGGGTAACGAGCTGTGGATGGACATGTTTACGTTTTATCTGACCAGCTGCCGTATCGTTGGTGATGGTTTAAATGCCTCCCTTCCCTCCAGCCCATGGTACAAAAAGCAGCAGTTAAAAAAAAAACCCTCTTACTTGTCATGCTCTCTCGGTCAGTTCCTGACAGTGAGTTTCTGCAACATGAGCTCTGGCTGTGCAGCCCACAGCCAGCTCCTCACACTGAGCTTCTGAAAGGGAAGTCTCTGTGTGCATCTGCAGACTTGATTTGGGTTCACCCAGAGACGCTCAGAGGCTGTGGTCCTGCAAAGTGGGCTGCTGGATGCGTTTCCGTCACTCCTGACAATCCCCATTTGAGAAAGTTTGGTTTTTAAGTAGAAGTTCCTTGGGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTAATTAGTGTTAATTCAAATGTAGAGAAAATGAAGTTCCTAAATATTCCGCTTCCTCAGAATGACGTAACGGGTGAGAGCAGCTCTGTTGTTTTATGGTCAGTAAAAGACCACAGGTATTGTTGTTCCTAACCTGGTTAATGTAAAAATTTAATGTCTAGCCAGACGAGGTGGCTCATGCCTGTAGCCCCAGTACTTGGGAGGTTGAGACCAGCCTGATTTACATATTAAAGTCCAGGCCAAGTAGGTCTACCGGTTTTAAAATAATATGTAAAAAATTAGACCAGCAAGCTGGCTCAGTGCCACCTAAGGTCCATCCCTGGGTCCTCTGGGTGCAGAAGAAAAGAATAGACCCCTACAGTTGTCCTGTATGACATAGTGGTAGCCTGCTATAAACATGCTGAGTTAATTTTTAAAACTGATGGAAAATGTAGATAGTGTTGGATTTTTATTAAAAACTACATGATATATTACATTATATACATCCCTATATGATGTTCTTAAAGTTCATAGGATATAGGATAGCAACCACTTACATTAATACATATACTTATTACATATACATATATTACTTTATATTCATTGAGAGGTTATTTTCTCACAGACTTAACAGTATTATATATGAATCTAATTTTTGCTAGTTAAGTGATCTTACCTTTTGATTTAATTTACATTTCTCTCAAAATGAGCCATCTGAAAGCCAGGCATAGTGGTGCACACCATGGGGGATTGGGGGGGAGGGGCGGGAGGAGGGGGAGCGGGGAAGGCAGTCGGATCTTTGTAAATTCAAGACCAGCCTGGGTTTACAGAGTAGACTGCCAGGTCTACACAGGGAAACTCTGTCTCAAAAACAAAAACAAAAAATAAAGAGAGAACAGGAACCATTTGATTGATTGGGTTTTGGGGTTTTATTTTTATTTGTTTTGTTTCTGAGACAGAGCCTTGCTCTGTAACCCAGCCTGGCCTGAAACTGGCCCACTCTTTCTTTGACTTCTTCCAAGGTGCATGGATTATATTGGATTATAGCAGTGTGTTATCACACACATGTGGTTTCTGGTTTGGATTGTTTGTTCATTTTTCTTTTTAAATTTGACTTTAGAGTATTTTTATTTCTTAAAATTCCCTTTAGAGAAATGGGTAATAAGGTGTAACGTCATGCGGCAGACTGGGCACTGCGGGTTTGGTGCTATGGGCTCAGAGCTGAGGGCTCTGTGCTGTAGGCTCAGAGCTGACTTTGAGAAAAATGTGAGGTGTTACAGGCATCCTCTGCAACTGAAATATAATCTTCCTCCAAAGACTCCTGGGAGAAGAAACCATCTCAGGACACTTTCATTGTTAGTGAGACGTGCACTTGATGTTGCTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTCAACTCAGACCGTCCTCCAGCCTGAACCTCCCAAGTGTCTTTGAAATTAGCCATGTGGCAGATTAACCATAAGAGTTGCCTTGTGCATGAAAAGACACACTTCCTATCATGTTATATGCTGTGTTCTGCGTGTGTTATGTGTTTTAAAAATTTAAATTAAAGCAGACTCACAGCCAAGTGTGTTCAAATATTTTGGAATGTATGTACTAATGAAGAAATTAATATGCAAAACCCTGGATGGCAACTTATTTTAAAATGCATGAATAAGTACAATAAGTAAAAGGATACAGATTTTTCACTTTCTGAGTTTGCTGTCAGAACTCAAGACTGCATCTAGTTAGTGTCCTGGAAATCCACAGCTGTCTGAATGTACGATAGGATGAGGTCAGTAGGAAACATGGAGAAATGGGGTATGTGGGAGTATTCACTGTTCCTGGGCCTGCCCTCCCCATCACCGTTCCTCATGCCTGCCTTCCCCAGGATGGGCTTGGCACCCTCTGCAGCTACCAGTGCATTGATTCAAGAAGGTTGAGGTGGCTGTCTGGGGTTTGGAAGATTTTCCTATTAAAAACATGTTCATCAGGATGTTCGTGTTTACCACAAGCTCACCAGGGTCCTGGCTGAATCCTCATGGTAGTGAAACTCTGTACTCACTCTTAGTTCTGGAGGGAGCAATGAAGGTGAAAGGTTAGGCAGGATTTTCCCATCATGCCCCTCTGCCCACAAGCACACTGCCACCAGGTGCTGATGCTCCTTATGGCTCAAGCCAAAGGCCTCTGCTGTCCTTTTTCTCTGCTCCAGAGAACAACATAAGGGAGAAAAGATGTTTTCATGTAATGAGCAGAGCCAAAGGGTAGGACTTAGAGTATTGTTTGTAGGCTTGGAGCTCAGCAGAGATGGGGAATGGTTAAGGGTTTAAGTTTTGGTTTGCAGAGAGACTGTGGGGCTTTGTTAAAGACACAAAGTCTTACTATGTGCTCAAGATGGCCTCAGCCTCCGAATCACCATATGCGTGTTACAATACCCAGATGTTAGTCTGTTTTTACGGTGAGGAATGGAAGAATCCAACAGATAAAGAAGGGTAAATAAGTAGTTCATGATTGGCAGTCTTACTAAAATTAACATACAGGGCAGACGCCTGTTAACAACCACATGTCAGGTGGCTCAGTATAAATCTTTGGAGGTTATTGAATTTATCATTAAAACATGTGTAATTAAAATGCATGTATTACCGTACTCTAGGACATAGCATTTACCAGAAAGACAGAGGTAGCGAATGCCATCCTGAATGTAGAGAAAGGCAATGCTTATGCTGGTGAGAACTTAAAACTAGTTCAACCATCCTGGGAAGCAATGTGGAGGTTGTTTCTTTAAAAGTAAAAGAACTCCCCTGTGACCCAGCAGATGCATCAGCTAAGGAAGTGAAATGAAGGCTGCAAGAGATACCCAGGCTTCCATGTTTATCGCAGCTTTATTCAAAACAACCTAAGCATCAGCTGATGGGTAAAGACAATGTGCATGTGCACAGCGGAACACAGTTCAGCTATTAAAATGAAACCTTGTCATTGTGATAGTGCGATGAAATTAGACACTGTGATAAGTGAAACAAGCCAGGCACAGAAAGACAGTGTCACATGATCTCACTCATGGGTGCAATCTAAAATCACCAAACTCACCAACGTTGAGTTAGGGGTGTGGAGGTTGGGAGGGGGAGGGGGAGGAGAGGTGGAATTAGTGAGTGTTGAGTGACAGACAGGTTCTCACTATGAAGCACTGGCTGGCCTTGAACTTGTATAGTCCAGGAAGTCCTCAAATTTGCAGTCCTGCCTCAGCCTCTCAAGTGCTAGAATTACAAACTTGTGCCATCATGCCTAGCTGTTTTCTATACTTTTATATATGTATGTATAGGTTTTTAGAAATTCAGTAAAACAAAGTTTATTTGTTTCTCTATGTAGTGAGGCAGGTTCTTGTTATATAACCTTGGCTGGCCTGGAACTCTATATGTAGGCCAGACTAGCCTTGAGCTTACAGCATCCCTCCTGCCTCTGCTTCCTGAGGCTTTGAACATGCATGTTCTTTGAATTGGAAGCTCTACTGCTGGGGATTTATTCATAAGTAAACTCAAGTGTAAGCACAGATTTCTCTTTTTTTAAAAAAATTATTTATTTATTTATTTATTTATTATATGCACAGTGTTCTTCTGCATATATGCTTGCATGTCAGAAGAGAGCACCAG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Seq C2 exon
ATCCCGGCCAGTGATTAACATTCTAAAAACCATCACAGTGACTCCTAACAGAATTGACCTCCGCCAGAAGTCCATGTGTGGCTCACCTAGCGGGATATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027111:ENSMUST00000028522:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0183918=FG-GAP=WD(100=77.5)
A:
NA
C2:
PF084417=Integrin_alpha2=PU(6.7=94.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types