BtaINT0078542 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002313 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_776794]
Coordinates
chr5:83817062-83859428:+
Coord C1 exon
chr5:83817062-83817184
Coord A exon
chr5:83817185-83859320
Coord C2 exon
chr5:83859321-83859428
Length
42136 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATCA
5' ss Score
7.33
3' ss Seq
TTTCTCACTTTTCCCTTTAGTTG
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATGTGATGAAGAATGCCTATAATCAAGGATTGGAATGCGATCATGGGGATGATGAGGGCGGAGATGATGATGTTTCCCCAAAGGATGTTGGACACAATATCTATATCCTGGCCCATCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGGCCCGCCACAACAAACTTTTACAGCAGATGCTCAAACCAGGATCCGATCCAGATGATGGCGATGAAGCCTTGAAGTATTATGCCAACCATACTGCACAGATCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002313:ENSBTAT00000002982:50
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.341 A=NA C2=0.389
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]