HsaINT0083276 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000123104 | ITPR2
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:6181]
Coordinates
chr12:26596476-26628351:-
Coord C1 exon
chr12:26628229-26628351
Coord A exon
chr12:26596584-26628228
Coord C2 exon
chr12:26596476-26596583
Length
31645 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTCA
5' ss Score
1.32
3' ss Seq
TTATTTTTTCCCTACTCTAGTTG
3' ss Score
9.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGATGTGATGAAGAATGCCTATAACCAAGGATTGGAATGTGACCATGGGGATGATGAGGGTGGAGATGATGGTGTTTCTCCAAAAGATGTTGGACACAATATCTATATTCTGGCCCATCAG
Seq A exon
GTGTCACATTTTATATCTTTACATTATTTTGCTCATCCTATCAATCGTGTTTTGTATCCATGGCTTGTCATATTTTCAAGTTCTGGTCCCTTCATTTATTCAGCACTTACCATCCTAGGTTTGGGCTAAAGAGAGGAACAGCCTCCCAGAATGCCTGACTATGCACCCCAAGGTATGCTAAGGGACAGTCTTCAGGAAAAGAGTGCTTGGTACCCAAAACTACTGGACCAGAAGGGAGGAGACATTCCCATGTCAGCCTGAGCCATGGATAAACCATGGCAAAAAATGAGGGTCCTGAAGGAGAGGGGAAGAGAGGCTACTGGGGAGACAGAGTGTGAAGTGAGGGGGTGCATTCAGTCCTAATCAGGACAAATTCGGCAGGTAGTTTCTGGCCTCCTTGAATTGTAGGTTGACATGCTTTCTGTAGAAGCCATAAACTGGCAGCCTCTGATTGGAAGTGTGAGGCTAAACTTTAAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACTACGCCCGGCTAATTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGCTTTAGCCGGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTTAAATTCTTTTGAAGGAACTGTTTCCATTTTATAACTTAAACAGGTGCCTGATGAGTACTATTCATAAATTTAATACAATTAACATGAAGATCAACTTTAAATTGGCATCTTTGAATGCAAATTTGTTTAGAAGTTAAACATTTTAAATGTGCATTTGCCAATTTGATTTTGTCTATGATAGCTCCTTTGTTTTTACAAAATGAAGTTCAAACTTTAGAGACTTGCTCTATCTTTCTTTCTCATCATTTTCTCCCATTGGCAATCATTCCCTTCTGTTTCCCTGTACGTTTTATCAGTTGATTGAATAAACATTGATAGATATAAAGTCAGATTCTCGGAAGATTTATTTTTAAGGTTGCTCTTTAGACATTTCTTATGCCCTTTTCTACCCTTTGTATAACTGTCTAATATATGTGAACTTGACTATAATTTTTCCAAAACCTTCCAGGAAGGAGTCAGATTCTAAAAGATACTAACAAAAGACACCACTATTGTTTTATAATATATCTGGCTCATTGAAAATATTTTAAGGTCTCTCATAATGTATCAAAATACCTATGTAGAACAGAAAGAGGTAAGGGCAGATGACTTATAGCTAGACAGATGAGCATTTTAGCTGCTGAGCAACTGAAAGCCAGGATGATGGACAAGTGGAAGGAAGCAGAAAGTGGAGATTTAGGATGTGGAAAAGGTGTCGTTTTAGAGAGAAAGAGAAGCCATGTGACACAAAGTGAGTCAAGCTAGCAAAGGAATGGCTAGAGATTGAATGTGAGTAGAAAGGAAAAAATCCCAGGCTGAGAATTAAAATCATATTGGCTACTAGAATGAACACAGAAACATGCTGACCCATATGTGTACAGGGTCAAGGAGTTACTTTAGAGGCTGTAGCACTGTGGAGGGAAGAAGGCAAGGAAGACAAGCAAGGTCAAAAAGGCAAGGTCAAAATGAGCAGTAATAAGTTTCAGAAGAAGAAAGTAGGGAAGTAGAACCACTTCTGTTTTCTTGACTGCAAGATAGTCTTGCTTTGTATGGGGGAGGTTGTCTTCTTGCACGAGTGAGCAGCTGCATGAGTAAAACCTGACTGTGTAGCTGTTGAGTGGGGAATGAACAACCAGATGAGCTAAGCTTGCCCTGGAGCCAGCAGAGTGACAGATTGGCCAGCAGACAATGAATGAACCACCTGACATCCATTAAGAAATTTAATAAAGCAGTCTCAGATGACCAGTGTCTTAGGGGTAACAGTGAAAATATCAAGGTAAAGAAAAGACTTATGTTAGGTAACTTCAGTTTGAAGCAGACTAAGCATAAAAGTAGAGGATACAGGCCAGGTGCAATGGCTCACGCCTGTAATCCCAAGACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCACTTGAAGTCAGGAGTTCAAGAGCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACCTCATCTGTACTAAAAATACAAAAATTAGTTGGGTGTGGTGGTGCATGACTGTAATCCAAGCTGCTTAGGAGGCTGAGGCACGAGAATCACTTGAACCTGGAAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCTAGATCACTCCACTGCACTCCATCCTGGGCGATAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAACGAACAAACAAACAAACAAAAAACAAAAAAAAACAGAGTACAGAATACAAATTTTTAAAAAGACGATGATACATGTTGAGAAGAATGGACAAAGAGGGTAAAGAATGCAAGCAGTGCTCAGAGATGGAAAGATGATAGAAAACATAAAGCAACCTATATATGAAATAAATTCAAAATGAAGATGGCATAAAGGCCAATTATTTTAATGAATTTGAGTTTATTACAGCGCTTGAAGAGGAGAATAGACATATGCAAAGATGATGGTGGAATTGCCCAAAAAGTGGAAATTTAGAAGTAGTAAAAAAAATGTTACAAGGCGTTAAAACAACTTGTTGAAAGGAAGATAAATCAATGATATCAATGATGTGAAAATGATTGGGGTGGATATATCGAAGTTGTTTTTTTTTTTAAACTTCCCAGAAGCAAAATGTTGGAAAAGCAATGATTTGTAGAGCAACGAAGGTCCAATATAGAAGTAGAGAAACAAAGGCAGACTCGAGAAGAGAGAGAACAAACATCAAAACAAAAGAAAGTAAAGAGAAAAGGAGATTCTGAATTGCTGAATACTTTAAGCCTCATGATTACACTGTAAGAGATTAAATATTAAATAAGAGTCCTCATGAGTCCCTCTTAGAACCCAAAGAGGGCATAGGTATGGAAGAAAAGTAGGCCAGTTGTATGTAACTGACAGTGTAGAGTTAAGCAATTGTCCGCTTATTCTATTATAGTGACACAAGGAGTCATTTCCTTGCCACCATATAAATGTATTCTTTATGGGGTAACCCCGTCACCAGTTTTTCATGAAAAATTATGAGCTTTCACTCACAGAAGAGAGACCATTGTGCTCTGCTGATCTTTCTGCAGGTGACTCCTTGGCTTTCTCTAGGCTAGGATGTCATATTTGGTTTCTTAGCAGGCCAATCCCTAAGATTGTTTCCAAGTTCCTCATGAATCTATTGTCCTCCACAAACTCACAAGGAGTGGTTGCTTGTAAGCACTGCTTCAGAAGTGGCCATGTGGCTGTGCTATAGGAATTTGGTAGAGTCCAGTTTCCACTGTTTTCATTGTGGATATGCAGTCACTGGGCTCCTGCAGGCAAATGACTGTGCAAATTGGTTTCTGGCTTTGTACAGTTTAGTAATTCCAAAACCAAGATGCAACTTCCTCTTTGTTTTACTATAATCATCTTTTGTGCAGACAGTTTATTCTGGTGCTCTCAGACTTTCAATTTTTGTTGTTGTTCTTTTCATGGTAGTAAGGTAGTTCTGCTTTTTCTGCCATGACATCTCTTTTGGCCTTTCCTGTGGTTGGTGTTACAAGAAACAAATAATGCTTCTTGTAAGTGTCTTGTCTGATCTACATAAAACTATAAGTACCTCAAAAAGGGAATTTCTTAACTTCTAATACTATAGTGTTGTGCAGAGAATTTCCTTAAAATCCAACTATGTGCACTTTTTGACTTTCTATCTTCTGCGTGTTTACCTTATGTCTCTCTGCCCCATCTCTCTGCTTTGCTCTTGGTCTTTTATATTCTTTTCTTGCTTTCTGTAGAGACAGTCACTATACACAGTCCAGAGCACTGTTCAGTACTTTGTGTATGTCCAATATATATTAAACCATGTCCAATATATATTAAACCATGTTGTTTCATTCTCTCCTGAAGCAATTTCTGTTCCTCTGTCTGAGACCCTGCATTTAATGCCTACCTGAAGTAAGAAGCATATGGAGAAATGTTATATGCTTTTCAGGTTGGGGAGAAGTATTAGATAGCAAGCTGTAGGAAGCAAAAATAACTCCTGGATCATAAGGCAAGAGAGAATGGGTCACTCTGATTGGTTATATTTAATTCTTTTCAAAATGCAGGCTTGAAAATTTTTCATGAGCTTTTCCCATATCACTAAATGGTCTTTGAAAACATAATTTTAATGTCTACATAATTGTTCTTCATTTGAATGTACCATGATTCATGTAATCACTCCTTATTGTTAGACATTTAGGTTTCTAATGTACTTGATATTATAAATTACGCTATGATTAACATCCTCATACATTAATCTTTGTCTGCCACACTGATTATTTCTCTAGGATAAATTCCAAGAAGTTTAATTACTGGGTCACAGGGTAGTAACTATTTTATGGTTCCTGATGCATATTGTAAAATTGTTTTCCACAGTTTATGATGGTGCTTGTCTTACTGAATCCTAAAATTATGACCATTTAAAAAAATATTGGCCAAACTGATAGTATTTGGAACAACAATGTTTGCTGAGTGAATTAACATATGATAGATGAAAGGAGAATCACATTTTGATTTATATCTTTTGGATTACTGGTAAAATGGACTATCTTTTAATATGTTCTTTGGTCATTTGTATTTCTTCTGTGAATTACTAGAAAGTATTTATCTCTTATTTTATAAGGTTCATTTTAATGAAGTTTAATTAGGGATAATAACTCTTTGTCAGTCATATTAGTTATATTTATTTCTTACTGATTTACTGGCTTTTATGTTTTCAGAATAATTTTCTTTCAGCACCTCGAGATCATTTAAACACTCACCTAGATTTTCTTCTGGTGTGTAATGAATTCAGTTTTTGTATCTAAT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Seq C2 exon
TTGGCCCGCCACAATAAACTGTTGCAGCAGATGCTCAAACCAGGATCGGATCCAGATGAAGGAGATGAAGCCTTAAAGTATTATGCCAACCACACTGCACAGATTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000123104-ITPR2:NM_002223:45
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.389
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)